MedElevator
Войти в исследования DOI 10.1186/1471-2105-7-s4-s18
GoneumBlast: веб-инструмент для сравнения небольшого генома.
Аннотация
СПРАВОЧНАЯ ИНФОРМАЦИЯ: Сравнительная геномика стала одним из важнейших подходов к выявлению гомологовых кандидатов в гене и их функций, а также к изучению эволюции генома. Существует множество инструментов для сопоставления генома. К сожалению, большинство из них не применимы для идентификации уникальных генов и вывода филогенетических связей в данном наборе геномов.
Результаты
" GoneyBlast " - это веб-инструмент, разработанный для сравнительного анализа многочисленных небольших геномов. Для оценки глобального сходства между генами был введен и использован новый параметр под названием "объявление". При использовании генома Blast можно получить следующие результаты: 1) уникальные гены в каждом геноме; 2) гомологичные гены среди сравниваемых геномов; 3) 2D участки гомологовых геологических кандидатов в рамках всех парных сопоставлений геномов; и 4) таблица генового присутствия/информации об отсутствии и филогении генома. Мы продемонстрировали функции в Геномовом Бласте, приведя пример многократного анализа генома герпесвира, и иллюстрировали, как геном Бласт полезен для небольшого сопоставления генома.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Мы разработали веб-инструмент для сравнительного анализа небольших геномов, который позволяет пользователю не только идентифицировать уникальные гены и гомологовые гены среди множественных геномов, но и рассматривать их графическое распределение геномов и реконструировать геномную филогену. GoneyBlast работает на сервере Linux с 4 процессорами и 4 ГБ памяти. Онлайновая версия GoneamBlast доступна для общественности с помощью веббраузера с URL http://bioinfo-srv1.awh.unomaha.edu/genomeblast/.
Название и аннотация на языке оригинала
GenomeBlast: a web tool for small genome comparison.
BACKGROUND
Comparative genomics has become an essential approach for identifying homologous gene candidates and their functions, and for studying genome evolution. There are many tools available for genome comparisons. Unfortunately, most of them are not applicable for the identification of unique genes and the inference of phylogenetic relationships in a given set of genomes.
RESULTS
GenomeBlast is a Web tool developed for comparative analysis of multiple small genomes. A new parameter called "coverage" was introduced and used along with sequence identity to evaluate global similarity between genes. With GenomeBlast, the following results can be obtained: (1) unique genes in each genome; (2) homologous gene candidates among compared genomes; (3) 2D plots of homologous gene candidates along the all pairwise genome comparisons; and (4) a table of gene presence/absence information and a genome phylogeny. We demonstrated the functions in GenomeBlast with an example of multiple herpesviral genome analysis and illustrated how GenomeBlast is useful for small genome comparison.
CONCLUSION
We developed a Web tool for comparative analysis of small genomes, which allows the user not only to identify unique genes and homologous gene candidates among multiple genomes, but also to view their graphical distributions on genomes, and to reconstruct genome phylogeny. GenomeBlast runs on a Linux server with 4 CPUs and 4 GB memory. The online version of GenomeBlast is available to public by using a Web browser with the URL http://bioinfo-srv1.awh.unomaha.edu/genomeblast/.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.