MedElevator
Войти в исследования DOI 10.1038/s41598-026-38778-z
Целенаправленные метагеномии обнаруживают скрытую эпидемию ветрянки при наблюдении за Мпоксом в Уганде.
Аннотация
В регионах, где одновременно циркулирует вирус обезьянопокс (MPXV) и вирус варицелла-зостер (VZV), частичное совпадение клинических проявлений может осложнить клиническую диагностику. Во время вспышки MPXV, объявленной в Уганде в июле 2024 года, симптоматические подозрительные случаи показали, что ПЦР отрицателен для Mpox. Чтобы определить причину симптомов, мы использовали метагеномическую последовательность с целевой панелью Вирального наблюдения в 284 негативных образцах MPXV. VZV был определен в качестве основного патогена в 86% негативных случаев MPXV, что говорит о параллельном всплеске ветрянки. Использование трубопровода VaricellaGen для вызова вариантов, печатания и филогении, 118 (49%) образцов генома ≥ 70% были клап 5 на основе набора данных о однонуклеотидном полиморфизме (SNP). Эти данные подтверждают факт совместной циркуляции VZV во время вспышки MPXV в Уганде. Наши результаты подчеркивают необходимость лабораторного подтверждения MPXV и включения VZV в алгоритм испытаний во время вспышки Mpox.
Название и аннотация на языке оригинала
Targeted metagenomics reveals hidden chickenpox epidemic amid Mpox surveillance in Uganda.
In regions where both monkeypox virus (MPXV) and varicella zoster virus (VZV) are co-circulating, overlapping clinical manifestations can complicate clinical diagnosis. During the MPXV outbreak declared in Uganda in July, 2024, symptomatic suspected cases tested PCR negative for Mpox. To determine the cause of symptoms, we employed metagenomic sequencing with a targeted Viral Surveillance panel in 284 MPXV negative samples. VZV was identified as the predominant pathogen in 86% of MPXV-negative cases, suggesting a concurrent chickenpox surge. Using the VaricellaGen pipeline for variant calling, clade typing, and phylogeny, 118 (49%) samples that achieved ≥ 70% genome coverage were of clade 5 based on the single-nucleotide polymorphism (SNP) dataset. This data confirms co-circulation of VZV during the MPXV outbreak in Uganda. Our results underscore the need for laboratory confirmation of MPXV and the inclusion of VZV in the testing algorithm during the Mpox outbreak.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.