MedElevator
Войти в исследования Молекулярный допинг и внутренний силико-анализ естественных биомолекулов против Денги, Эболы, Зики, SARS-COV-2, вариантов проблем и вируса обезьяны.
Аннотация
Возникновение и быстрая эволюция патогенных вирусов человека в сочетании с трудностями с разработкой эффективных вакцин подчеркивают необходимость разработки новаторских антивирусных средств широкого спектра. Цель настоящего исследования заключается в определении в силико антивирусного потенциала шести бактериальных антимикробных пептидов (АМП), двух фитохимических (сильстрол, ирграфолид) и двух бактериальных вторичных метаболитов (лингбюабеллин А, гапалиндол Н) против вируса денге, вируса Зика, вируса Эбола, основных вариантов вируса SARS-COV-2 и обезьянопокса. Сопоставление результатов стыковки с естественными биомолекулями проводилось с помощью специальных нейтрализующих антител (позитивных средств контроля для ClusPro) и противовирусных препаратов (отрицательных средств контроля для Autodock Vina). Гликоцин F был единственным натуральным биомолекулом, который показал высокую энергию, связывающую все вирусные поверхностные белки и соответствующие вирусные рецепторы клеток. Кроме того, Lactococcin G и плантарицин ASM1 достигли высоких стыковочных показателей со всеми вирусными поверхностными белками и соответствующими рецепторами поверхности клеток. Silvestrol, androgropholide, Hapalindole H и Langbyabellin A показали переменные стыковочные показатели в зависимости от вирусных поверхностных белков и клеточных рецепторов. Три гликозина F с аминокислотной модификацией показали увеличение их стыковочной энергии до пиковых белков SARS-COV-2 B.1.617.2 индийского варианта и SARS-COV-2 P.1 варианта Японии/Бразилии и белка конверта DENV. Все мутантные ПМБ указывают на частые случаи использования валиновых и пролиновых аминокислотных ротамеров. АМП и гликцин F, в частности, являются наиболее перспективными биомолекулями для разработки широких спектральных антивирусных методов лечения, направленных на соединение и проникновение вирусов в их целевую клетку.
Название и аннотация на языке оригинала
Molecular Docking and In-Silico Analysis of Natural Biomolecules against Dengue, Ebola, Zika, SARS-CoV-2 Variants of Concern and Monkeypox Virus.
The emergence and rapid evolution of human pathogenic viruses, combined with the difficulties in developing effective vaccines, underline the need to develop innovative broad-spectrum antiviral therapeutic agents. The present study aims to determine the in silico antiviral potential of six bacterial antimicrobial peptides (AMPs), two phytochemicals (silvestrol, andrographolide), and two bacterial secondary metabolites (lyngbyabellin A, hapalindole H) against dengue virus, Zika virus, Ebola virus, the major variants of SARS-CoV-2 and monkeypox virus. The comparison of docking scores obtained with natural biomolecules was performed with specific neutralizing antibodies (positive controls for ClusPro) and antiviral drugs (negative controls for Autodock Vina). Glycocin F was the only natural biomolecule tested to show high binding energies to all viral surface proteins and the corresponding viral cell receptors. Lactococcin G and plantaricin ASM1 also achieved high docking scores with all viral surface proteins and most corresponding cell surface receptors. Silvestrol, andrographolide, hapalindole H, and lyngbyabellin A showed variable docking scores depending on the viral surface proteins and cell receptors tested. Three glycocin F mutants with amino acid modifications showed an increase in their docking energy to the spike proteins of SARS-CoV-2 B.1.617.2 Indian variant, and of the SARS-CoV-2 P.1 Japan/Brazil variant, and the dengue DENV envelope protein. All mutant AMPs indicated a frequent occurrence of valine and proline amino acid rotamers. AMPs and glycocin F in particular are the most promising biomolecules for the development of broad-spectrum antiviral treatments targeting the attachment and entry of viruses into their target cell.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.