MedElevator
Войти в исследования DOI 10.1371/journal.pntd.0009707
Обнаружение увлажненного генома и отслеживание гантаанского вируса от геморрагической лихорадки с пациентами с почечным синдромом с использованием мультиплексной ПЦР последовательности следующего поколения.
Аннотация
Гантавирусная инфекция возникает в результате вдыхания аэрозольных экскрементов, включая мочу, фекалии и слюну инфицированных грызунов. Остается проанализировать наличие вируса Гантаан (HTNV) РНК или инфекционных частиц в образцах мочи пациентов с геморрагической лихорадкой с почечным синдромом (HFRS). Мы собрали четыре образца мочи и сыворотки для пациентов Армии Республики Корея (ROKA) с HFRS. Мы провели секвенирование следующего поколения на основе PCR (NGS) для получения последовательности геномов клинических HTNV в образцах мочи, содержащих ультранизкое количество вирусных геномов. Эпидемиологический и филогенетический анализ HTNV продемонстрировал географически однородное объединение с аподемами аграриуса, зарегистрированными в высокоэпидемических районах, что свидетельствует о том, что филогографическое отслеживание геномов HTNV позволяет выявить потенциальные места заражения пациентов с HFRS. Генетический анализ обмена показал генетическую конфигурацию, совместимую с обменом сегментом HTNV L в природе. ЗАКЛЮЧЕНИЕ/СВОДНОЕ ВЕЩЕСТВО: Наши результаты говорят о том, что целые или частичные последовательности генома HTNV из мочи позволяют отслеживать предполагаемую инфекцию пациентов с HFRS путем филогической увязки с зоонотическим HTNV из водохранилища, захваченного в эндемических районах. Этот доклад способствует повышению осведомленности врачей о наличии ГТНВ в моче пациентов, имеющих ГФТС.
Название и аннотация на языке оригинала
Urinary genome detection and tracking of Hantaan virus from hemorrhagic fever with renal syndrome patients using multiplex PCR-based next-generation sequencing.
BACKGROUND
Hantavirus infection occurs through the inhalation of aerosolized excreta, including urine, feces, and saliva of infected rodents. The presence of Hantaan virus (HTNV) RNA or infectious particles in urine specimens of patient with hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) remains to be investigated.
METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: We collected four urine and serum specimens of Republic of Korea Army (ROKA) patients with HFRS. We performed multiplex PCR-based next-generation sequencing (NGS) to obtain the genome sequences of clinical HTNV in urine specimens containing ultra-low amounts of viral genomes. The epidemiological and phylogenetic analyses of HTNV demonstrated geographically homogenous clustering with those in Apodemus agrarius captured in highly endemic areas, indicating that phylogeographic tracing of HTNV genomes reveals the potential infection sites of patients with HFRS. Genetic exchange analyses showed a genetic configuration compatible with HTNV L segment exchange in nature.
CONCLUSION/SIGNIFICANCE: Our results suggest that whole or partial genome sequences of HTNV from the urine enabled to track the putative infection sites of patients with HFRS by phylogeographically linking to the zoonotic HTNV from the reservoir host captured at endemic regions. This report raises awareness among physicians for the presence of HTNV in the urine of patients with HFRS.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.