MedElevator
Войти в исследования DOI 10.1186/s12964-026-03090-w
Динамический m6A эпитранскриптомная реконструирование координаты транскриптомной транскрипции во время инфекции MPXV.
Аннотация
ОБЩАЯ ИНФОРМАЦИЯ: Глобальное появление обезьянопокса (МПXV) подчеркивает настоятельную необходимость более глубокого понимания взаимодействия между хост-патогенами. Несмотря на то, что характерна транскриптомная реакция на инфекцию MPXV, роль эпитранскриптомного регулирования, в частности изменения N6-метиладенозина (m6A), по-прежнему в значительной степени не изучена.
МЕТОДЫ
Мы провели комплексный анализ временных транскриптомных и м6А профилей метилома с использованием целых образцов крови, собранных из MPXV - зараженных резус-макаков в 7, 14 и 21 день после заражения, с использованием различных животных в каждый момент времени. В ходе инфекции изучалась динамика изменения гена хоста и м6А. Были проведены анализы дифференциального выражения и дифференциального изменения m6A, за которым последовали интеграционный маршрут и профилирование сигнатур иммунных клеток.
Результаты
инфекция MPXV вызвала устойчивое перепрограммирование хост-компьютеров, характеризующееся подавлением иммунных путей и активацией метаболических процессов. Было отмечено глобальное увеличение объема модификаций m6A, сопровождавшееся ужесточением регулирования метилтрансферазы METTL3 и снижением регулирования деметилаза (FTO, ALKBH5) и читателей (YTHDF1-3). Ступень METTL3 или YTHDF2 сократили тираж вирусов, что говорит о роли провируса в этой системе регулирования. Интеграционный анализ выявил 38 генов с скоординированными изменениями как транскрипции, так и модификации m6A по всем трем точкам времени. Сосредоточив внимание на патогенных путях, написанных литературой, мы также определили 11 двухрегулируемых факторов. Заметно, что ДНК-JB1 был единственным геном, который делился между этими двумя независимыми стратегиями отбора. m6A пиковые значения вблизи мест начала транскрипции и в пределах 5'UTR положительно соотносятся с экспрессией генов, в то время как изменения региона кодирования показали слабую отрицательную корреляцию. Сигнатуры, подписывавшиеся под знаком "Т" и "НК", а также подписи моноцита/макропажа с постепенным увеличением сигнатуры "В". Сопоставление перекрестных данных подтвердило основные тенденции регулирования m6A, несмотря на неоднородность тканей и вирусных штаммов.
ВЫВОДЫ
Это исследование показывает, что эпитранскриптомная реконструирование м6А является ключевым коррелетом реакции хоста на инфекцию MPXV, и указывает на ДНКJB1 наряду с другими 10 двойными - регулируемыми генами в качестве потенциальных факторов для дальнейшего механистического исследования.
Название и аннотация на языке оригинала
Dynamic m6A epitranscriptomic remodeling coordinates host transcriptional reprogramming during MPXV infection.
BACKGROUND
The global emergence of monkeypox virus (MPXV) highlights the urgent need for a deeper understanding of host-pathogen interactions. Although transcriptional responses to MPXV infection have been characterized, the role of epitranscriptomic regulation particularly N6‑methyladenosine (m6A) modification remains largely unexplored.
METHODS
We performed an integrated analysis of time‑series transcriptomic and m6A methylome profiles using whole blood samples collected from MPXV‑infected rhesus macaques at 7, 14, and 21 days post‑infection, with distinct animals used at each time point. Host gene expression and m6A modification dynamics were examined over the course of infection. Differential expression and differential m6A modification analyses were conducted, followed by integrative pathway and immune cell signature profiling.
RESULTS
MPXV infection induced sustained host reprogramming, characterized by suppression of immune pathways and activation of metabolic processes. A global increase in m6A modifications was observed, accompanied by upregulation of the methyltransferase METTL3 and downregulation of demethylases (FTO, ALKBH5) and readers (YTHDF1-3). Knockdown of METTL3 or YTHDF2 reduced viral replication, suggesting a proviral role for this regulatory circuit. Integrative analysis identified 38 genes with coordinated changes in both transcription and m6A modification across all three time points. Focusing on literature-curated pathogenic pathways, we further identified 11 dual-regulated host factors. Notably, DNAJB1 was the only gene shared between these two independent selection strategies. m6A peaks near transcription start sites and within 5'UTR positively correlated with gene expression, whereas coding region modifications showed weak negative correlations. Immune lineage signatures showed gradual declines in T cell, NK, and monocyte/macrophage signatures with a progressive increase in B cell signatures. Cross‑dataset comparison confirmed core m6A regulatory trends despite heterogeneity across tissues and viral strains.
CONCLUSIONS
This study reveals m6A epitranscriptomic remodeling as a key correlate of the host response to MPXV infection and nominates DNAJB1 alongside the other 10 dual‑regulated genes as candidate host factors for further mechanistic investigation.
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.