Modanovo: Единая модель для пост-трансляционных модификационных программ De Novo Sequering с использованием экспериментальной спектральной модели In Vivo и Synthetic Peptidis.

Послепереходные модификации (ПТМ) играют центральную роль в регулировании ячеек и связаны с многочисленными заболеваниями. Поиск баз данных остается стандартом для идентификации модифицированных пептидов с тандемных масс-спектр, но затрудняется комбинаторным расширением типов модификаций и участков. Последовательность действий De novo peptide является привлекательной альтернативой, однако существующие методы по-прежнему ограничиваются немодифицированными пептидами или узким набором PTM. Здесь мы закачали большой набор спектральных данных из эндогенных и синтетических пептидов из Протеоме-Тул, охватывающих 19 биологически значимых комбинаций аминокислоты и ПТМ, охватывающих фосфорилизацию, ацетилацию и утилизацию. Мы использовали этот набор данных для разработки Modanovo, расширения архитектуры трансформатора Casano для секвенирования de novo peptide. Моданово добился высоких показателей по этим комбинациям аминокислоты-ПТМ (средняя область под кривой точного охвата 0,92), сохраняя при этом эффективность по немодифицированным пептидам (0,93), практически идентичную Касаново (0,94). Модель превосходила Δ-PrimeNovo-PTM и InstaNovo-P и продемонстрировала повышенную точность и взаимодополняемость поискового инструмента базы данных MSFragger. По независимым наборам данных была подтверждена упругость, особенно на глубине пептида, которая часто присутствует в купонированном наборе данных. Применяя к данным о фосфортротеомиках из клеток, инфицированных обезьянопоксом, Моданово обнаружил множество уверенных пептидов, о которых не сообщалось в базе данных, включая новые вирусные фосфозиты, подкрепленные спектральными данными, тем самым продемонстрировав их взаимодополняемость с подходами к идентификации, основанными на базе базы данных. Эти результаты определяют Моданово в качестве широко применимой модели для всеобъемлющей последовательности de novo как модифицированных, так и немодифицированных пестидов.