MedElevator
Войти в исследования Кинетический анализ полного поршневого транскриптома показывает, что гены являются самыми ранними.
Аннотация
Вирус Вакцинии является прототипическим ортопкисвирусом и был вакциной, используемой для уничтожения оспы, однако профили выражения многих его генов остаются неизвестными. Используя подход, основанный на наборе данных о геноме, мы одновременно измерили уровень экспрессии всех 223 аннотированных генов вируса Вакцинии во время инфекции и определили их кинетику. Для 95% этих генов были обнаружены значительные уровни транскрипции. Самое удивительное, что классификация генов по профилям их экспрессии выявила 35 генов с непосредственным ранним выражением. Хотя аналогичный кинетический класс был описан для других семейств вирусов, насколько нам известно, это первая демонстрация его существования в ортопоксивирусах. Несмотря на уровни экспрессии выше, чем у генов других трех кинетических классов, функции более половины из них остаются неизвестными. Кроме того, гены в рамках каждого кинетического класса были пространственно сгруппированы в геном. Это изображение транскрипции по всему геному меняет наше понимание того, как ортопоксвирусы регулируют генное выражение.
Название и аннотация на языке оригинала
Kinetic analysis of a complete poxvirus transcriptome reveals an immediate-early class of genes.
Vaccinia virus is the prototypic orthopoxvirus and was the vaccine used to eradicate smallpox, yet the expression profiles of many of its genes remain unknown. Using a genome tiling array approach, we simultaneously measured the expression levels of all 223 annotated vaccinia virus genes during infection and determined their kinetics. For 95% of these genes, significant transcript levels were detected. Most remarkably, classification of the genes by their expression profiles revealed 35 genes exhibiting immediate-early expression. Although a similar kinetic class has been described for other virus families, to our knowledge, this is the first demonstration of its existence in orthopoxviruses. Despite expression levels higher than for genes in the other three kinetic classes, the functions of more than half of these remain unknown. Additionally, genes within each kinetic class were spatially grouped together in the genome. This genome-wide picture of transcription alters our understanding of how orthopoxviruses regulate gene expression.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.