MedElevator
Войти в исследования DOI 10.1080/22221751.2023.2192830
Филогенезический ландшафт вируса обезьяны (МПВ) во время ранней вспышки вируса в Нью-Йорке, 2022 год.
Аннотация
Mopkeypox (MPOX) — зоонотическая болезнь, эндемичная для регионов Центральной/Западной Африки. Расширилась географическая эндемичность МПВ, расширив взаимодействие между человеком и обезболивающим вирусом и его способность к распространению. Начиная с мая 2022 года в Европе возникла крупная многострановая вспышка ППВ, не имеющая подтвержденных связей с эндемическими странами, которая быстро распространилась по всему миру, что положило начало усилиям по наблюдению за геномами. Здесь мы провели геномный анализ 23 пациентов из Нью-Йорка, инфицированных вирусом MPV, во время ранней вспышки, оценив филогенетические связи этих штаммов с открытыми геномами MPV. Кроме того, мы сравнили геномные последовательности клинических изолирований с образцами, проходящими через культуру из поднабора образцов. Филогенетический анализ показал, что геномы MPV, включенные в эту группу исследований в рамках линии B.1 (Клейт IIb), при этом некоторые образцы демонстрируют дальнейшую дифференциацию по пяти различным подлиниям B.1. Мутационный анализ выявил 55 несинонимных полиморфизмов во всем геноме, причем некоторые из этих мутаций расположены в критических регионах, требующихся для размножения вирусных, структурных и сборочных функций, а также в целевом регионе для антивирусной терапии. Кроме того, мы выявили значительное большинство полиморфизмов, связанных с GA > AA и TC > Заменителями нуклеотида ТТ, что предполагает действие фермента человека APOBEC3. Сравнение между клинической изоляцией и образцами, проходящими через клетку, не выявило каких-либо различий. Наши результаты позволяют впервые взглянуть на мутационный ландшафт раннего MPV-2022 (B.1) циркулирующих штаммов в Нью-Йорке.
Название и аннотация на языке оригинала
Phylogenetic landscape of Monkeypox Virus (MPV) during the early outbreak in New York City, 2022.
Monkeypox (MPOX) is a zoonotic disease endemic to regions of Central/Western Africa. The geographic endemicity of MPV has expanded, broadening the human-monkeypox virus interface and its potential for spillover. Since May 2022, a large multi-country MPV outbreak with no proven links to endemic countries has originated in Europe and has rapidly expanded around the globe, setting off genomic surveillance efforts. Here, we conducted a genomic analysis of 23 MPV-infected patients from New York City during the early outbreak, assessing the phylogenetic relationship of these strains against publicly available MPV genomes. Additionally, we compared the genomic sequences of clinical isolates versus culture-passaged samples from a subset of samples. Phylogenetic analysis revealed that MPV genomes included in this study cluster within the B.1 lineage (Clade IIb), with some of the samples displaying further differentiation into five different sub-lineages of B.1. Mutational analysis revealed 55 non-synonymous polymorphisms throughout the genome, with some of these mutations located in critical regions required for viral multiplication, structural and assembly functions, as well as the target region for antiviral treatment. In addition, we identified a large majority of polymorphisms associated with GA > AA and TC > TT nucleotide replacements, suggesting the action of human APOBEC3 enzyme. A comparison between clinical isolates and cell culture-passaged samples failed to reveal any difference. Our results provide a first glance at the mutational landscape of early MPV-2022 (B.1) circulating strains in NYC.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.