MedElevator
Войти в исследования DOI 10.1128/jcm.42.5.1940-1946.2004
Система ПЦР в режиме реального времени для обнаружения ортопоксивирусов и одновременной идентификации вируса оспы.
Аннотация
Был разработан и скомпилирован в комплектной системе в условиях надлежащей производственной практики с использованием стандартизованных реагентов анализ для выявления ДНК с оспой в режиме реального времени LightCycler (Roche Applical Science, Mannheim, Германия). В поисках области последовательности, уникальной для вируса оспы, была определена последовательность нуклеотида белкового гена 14-KDa каждого из 14 вирусов вариолы изолирует хранилище вируса оспы Всемирной организации здравоохранения России и сопоставляется с опубликованными последовательностями. Для обнаружения всех евразийско-африканских видов, относящихся к роду ORTHOPOVARS: Единственное несоответствие между нуклеотидом, приводящее к уникальной замене аминокислоты вирусом оспы, было использовано для разработки пары гибридизационных зондов с специальным сенсорным зондом, позволяющим проводить надежное различие между вирусом оспы и другими ортопоксивирусами путем анализа плавки. Применимость была продемонстрирована успешным усилением 120 штаммов, относящихся к ортопоксивирусным видам вариолы, вацинии, верблюжьей оспы, мышипокс, коровопокс и обезьянопокс. Температура плавления (T(m)), определенная для 46 штаммов вирусов вариолы (T(m), 55,9 - 57,8 градуса C), существенно отличалась (P = 0,005) от температуры, полученной для 11 штаммов вируса вацинии (T(m), 61,7 - 62,7 градуса C), 15 штаммов вируса обезьянопокс (T(m) - 61,9 - 62,2 градуса C), 40 штаммов вируса коровокса (T(m) - 61,3 - 63,7 градуса C), 8 штаммов мышечного вируса (T(m), 61,9 градуса C) и 8 штаммов верблюжьего вируса (T(m) - 64,0 - 65,0 градуса C). Поскольку большинство образцов вируса оспы были получены из зараженной культуры клеток и тканей, ДНК вируса оспы может быть обнаружена на фоне человеческой ДНК. Применяя пробитый регрессионный анализ, аналитическая чувствительность была определена как 4 экземпляра ДНК-объекта вируса оспы на выборку. Этим методом не были обнаружены ДНК нескольких человеческих герпесвирусов, а также оксивирусов, не являющихся ортопоксивирусами. Анализ показал, что он является надежным методом обнаружения ортопоксивирусов с тем преимуществом, что он может одновременно идентифицировать вирус вариолы.
Название и аннотация на языке оригинала
Real-time PCR system for detection of orthopoxviruses and simultaneous identification of smallpox virus.
A screening assay for real-time LightCycler (Roche Applied Science, Mannheim, Germany) PCR identification of smallpox virus DNA was developed and compiled in a kit system under good manufacturing practice conditions with standardized reagents. In search of a sequence region unique to smallpox virus, the nucleotide sequence of the 14-kDa fusion protein gene of each of 14 variola virus isolates of the Russian World Health Organization smallpox virus repository was determined and compared to published sequences. PCR primers were designed to detect all Eurasian-African species of the genus ORTHOPOXVIRUS: A single nucleotide mismatch resulting in a unique amino acid substitution in smallpox virus was used to design a hybridization probe pair with a specific sensor probe that allows reliable differentiation of smallpox virus from other orthopoxviruses by melting-curve analysis. The applicability was demonstrated by successful amplification of 120 strains belonging to the orthopoxvirus species variola, vaccinia, camelpox, mousepox, cowpox, and monkeypox virus. The melting temperatures (T(m)s) determined for 46 strains of variola virus (T(m)s, 55.9 to 57.8 degrees C) differed significantly (P = 0.005) from those obtained for 11 strains of vaccinia virus (T(m)s, 61.7 to 62.7 degrees C), 15 strains of monkeypox virus (T(m)s, 61.9 to 62.2 degrees C), 40 strains of cowpox virus (T(m)s, 61.3 to 63.7 degrees C), 8 strains of mousepox virus (T(m), 61.9 degrees C), and 8 strains of camelpox virus (T(m)s, 64.0 to 65.0 degrees C). As most of the smallpox virus samples were derived from infected cell cultures and tissues, smallpox virus DNA could be detected in a background of human DNA. By applying probit regression analysis, the analytical sensitivity was determined to be 4 copies of smallpox virus target DNA per sample. The DNAs of several human herpesviruses as well as poxviruses other than orthopoxviruses were not detected by this method. The assay proved to be a reliable technique for the detection of orthopoxviruses, with the advantage that it can simultaneously identify variola virus.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.