Ознакомление с адаптацией EV71 и анализ сокращения вирулентности с помощью Silico Previsions.

EV-A71 — широко распространенный вирусный патоген, который вызывает болезни рук, ног и рта. Это одинарный RNA вирус с низкой степенью достоверности RNA полимеразы и, как следствие, спонтанные мутации часто происходят в геноме EV-A71. Мутации в геноме порождают квазиспециалы внутри вирусной популяции, которые могут быть дополнительно определены галотипами. Ин vitro вирулентность EV-A71 была продемонстрирована размером таблички в клетках Rhabdomyosarcoma (RD), что было подтверждено in vitro характеристиками роста, репликации RNA, связывания, привязанности и интернализации хост-клеток. Вирусы могут показывать различные приспособления к клеткам в различных клетках во время вирусного пассажа. EV-A71/WT (на основе EV-A71 субгенотипа B4) был продемонстрирован как состоящий из шести галотипов на основе последовательности следующего поколения, где только EV-A71/Hap2 были признаны пригодными для обработки в ячейках RD, в то время как EV-A71/Hap4 был единственным сортируемым галотипом в ячейках Vero. EV-A71/WT производили четыре различных размера (малые, средние, большие, огромные) в клетках RD, в то время как в клетках Vero присутствовали только два варианта клеток (малые, средние). В малой табличной версии, изолированной от ячеек RD, были отмечены более низкие коэффициенты воспроизведения RNA, более низкие темпы роста кинетики в vitro, более высокие TCID50 и более низкие возможности вложения, связывания и входа по сравнению с EV-A71/WT из-за мутации на 3D-S228P, которая нарушила активный участок PNA полимеразы, что привело к низкому тиражированию и росту варианта.