MedElevator
Войти в исследования Разработка новой системы внутреннего контроля " один шаг " в реальном масштабе времени для молекулярного обнаружения энтровируса А71 в Африке и Мадагаскаре.
Аннотация
Enterovirus A71 (EV-A71) является одной из главных причин болезни ручной ступни и ящу (HFMD) и может быть связано с серьезными неврологическими осложнениями. ЭВ-А71 штаммы можно подразделить на семь геногрупп A-H на основе последовательности белков VP1 Capsid. Геногруппа А включает в себя прототипный штамм; геногруппы B и C несут ответственность за крупные вспышки во всем мире, однако мало что известно о других, в частности о геногруппах E и F, которые недавно были выявлены в Африке и Мадагаскаре, соответственно. Распространение ЭВ-А71 в африканском регионе плохо известно и, возможно, недооценивается. Для обнаружения всех геногрупп EV-A71 требуется быстрый и конкретный анализ. В этом исследовании мы разработали анализ RT-PCR в режиме реального времени с помощью конкурентоспособного внутреннего контроля. Пробки и зонд TaqMan специально направлены на геномную область, кодируя протеин VP1 Capsid. Различные РНК EV-A71 были успешно дополнены геногруппами A, B, C, D, E и F с аналогичной чувствительностью и надежной воспроизводимостью. Не было выявлено ни перекрестной реакции с другими ЭМ, ни серьезного вмешательства в конкурентный IC. Экспериментальный скальпель и плазменные образцы дают последовательные и воспроизводимые результаты и подтверждают полезность ИК для демонстрации наличия ингибиторов ПЦР в пробах. Анализ в сети африканских лабораторий, состоящей из 1889 нетипичных энтовирусов, изолировал 15 ЭВ-А71 различных геногрупп. Этот конкретный анализ RT-PCR в реальном масштабе времени обеспечивает надежный и чувствительный метод обнаружения EV-A71 в биологических образцах и эпидемиологического мониторинга EV-A71, в том числе недавно обнаруженных геногрупп.
Название и аннотация на языке оригинала
Development of a New Internally Controlled One-Step Real-Time RT-PCR for the Molecular Detection of Enterovirus A71 in Africa and Madagascar.
Enterovirus A71 (EV-A71) is a leading cause of hand-foot-and-mouth disease (HFMD) and can be associated with severe neurological complications. EV-A71 strains can be classified into seven genogroups, A-H, on the basis of the VP1 capsid protein gene sequence. Genogroup A includes the prototype strain; genogroups B and C are responsible of major outbreaks worldwide, but little is known about the others, particularly genogroups E and F, which have been recently identified in Africa and Madagascar, respectively. The circulation of EV-A71 in the African region is poorly known and probably underestimated. A rapid and specific assay for detecting all genogroups of EV-A71 is required. In this study, we developed a real-time RT-PCR assay with a competitive internal control (IC). The primers and TaqMan probe specifically target the genomic region encoding the VP1 capsid protein. Diverse EV-A71 RNAs were successfully amplified from the genogroups A, B, C, D, E, and F, with similar sensitivity and robust reproducibility. Neither cross reaction with other EVs nor major interference with the competitive IC was detected. Experimentally spiked stool and plasma specimens provided consistent and reproducible results, and validated the usefulness of the IC for demonstrating the presence of PCR inhibitors in samples. The analysis in an African laboratories network of 1889 untyped enterovirus isolates detected 15 EV-A71 of different genogroups. This specific real-time RT-PCR assay provides a robust and sensitive method for the detection of EV-A71 in biological specimens and for the epidemiological monitoring of EV-A71 including its recently discovered genogroups.
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.