MedElevator
Войти в исследования DOI 10.1371/journal.pone.0082861
Молекулярная эпидемиология коксакевируса А16: выявление внутритиповой и распространенной межтиповой рекомбинации.
Аннотация
Коксакивирус А16 (CVA16) несет ответственность за почти 50% всех подтвержденных заболеваний рук, ног и рта (HFMD) в материковом Китае, иногда он может также вызвать серьезные осложнения и даже смерть. Для уточнения генетических характеристик и эпидемических структур CVA16 в континентальной части Китая в период с 1998 по 2011 год были проведены всеобъемлющие био-инфоматические анализы с использованием 35 целых геномных последовательностей CVA16, 593 полных последовательности CVA16 VP1 с 1981 по 2011 год и прототипных штаммов видов человека интоновируса A (EV-A). Анализ полных последовательностей VP1 показал, что субгенотипы B1a и B1b являются широко распространенными штаммами, и с 2000 года они совместно циркулируют во многих азиатских странах, особенно в материковом Китае, по крайней мере, 13 лет. В то время как распространенность субгенотипа В1с (всего 20 штаммов) была весьма ограниченной, лишь в Малайзии с 2005 по 2007 год и во Франции в 2010 году. Генотип В2 вызвал эпидемию только в Японии и Малайзии с 1981 по 2000 год. Оба субгенотипа B1a и B1b были потенциальными рекомбинантными вирусами, содержащими последовательности от других доноров EV-A в 5-футовом регионе и P2, P3 в неструктурных белках, кодирующих области.
Название и аннотация на языке оригинала
Molecular epidemiology of coxsackievirus A16: intratype and prevalent intertype recombination identified.
Coxsackievirus A16 (CVA16) is responsible for nearly 50% of all the confirmed hand, foot, and mouth disease (HFMD) cases in mainland China, sometimes it could also cause severe complications, and even death. To clarify the genetic characteristics and the epidemic patterns of CVA16 in mainland China, comprehensive bioinfomatics analyses were performed by using 35 CVA16 whole genome sequences from 1998 to 2011, 593 complete CVA16 VP1 sequences from 1981 to 2011, and prototype strains of human enterovirus species A (EV-A). Analysis on complete VP1 sequences revealed that subgenotypes B1a and B1b were prevalent strains and have been co-circulating in many Asian countries since 2000, especially in mainland China for at least 13 years. While the prevalence of subgenotype B1c (totally 20 strains) was much limited, only found in Malaysia from 2005 to 2007 and in France in 2010. Genotype B2 only caused epidemic in Japan and Malaysia from 1981 to 2000. Both subgenotypes B1a and B1b were potential recombinant viruses containing sequences from other EV-A donors in the 5'-untranslated region and P2, P3 non-structural protein encoding regions.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.