MedElevator
Войти в исследования Геномическая эпидемиология и эволюция гепатита уток.
Аннотация
Вирус гепатита А (DHAV) — птичий пикорнавирус, который вызывает острые заболевания высокой смертности у у уток. Из трех серотипов DHAV-1 распределены по всему миру, в то время как DHAV-2 и DDAV-3 в основном относятся к Юго-Восточной Азии. В этом исследовании мы проанализировали геномную эволюцию штаммов DHAV-1 с использованием прежних записей GenBank и геномных последовательностей из 10 штаммов DHAV-1, возникших в результате крупной вспышки болезни в 2004 - 2005 годах в Венгрии. Анализ рекомбинации выявил внутригенотипную рекомбинацию внутри DHAV-1, а также межгенотипную рекомбинацию с штаммами DHAV-1 и DDAV-3. Межгенотипная рекомбинация произошла в регионе VP0. Диверсификация отбора, как представляется, осуществляется на участках определенных геномных регионов. Расчеты показали несколько более низкие темпы эволюции DHAV-1 (среднесрочные темпы для отдельных районов кодирования белков, 5,6286 × 10-4-1,1147 × 10-3 замены на объект в год) по сравнению с другими пикорнавирусами. Наблюдаемые эволюционные механизмы указывают на то, что для лучшего понимания появления новых штаммов и их географического рассеивания необходим анализ штаммов на основе всего генома.
Название и аннотация на языке оригинала
Genomic Epidemiology and Evolution of Duck Hepatitis A Virus.
Duck hepatitis A virus (DHAV), an avian picornavirus, causes high-mortality acute disease in ducklings. Among the three serotypes, DHAV-1 is globally distributed, whereas DHAV-2 and DHAV-3 serotypes are chiefly restricted to Southeast Asia. In this study, we analyzed the genomic evolution of DHAV-1 strains using extant GenBank records and genomic sequences of 10 DHAV-1 strains originating from a large disease outbreak in 2004-2005, in Hungary. Recombination analysis revealed intragenotype recombination within DHAV-1 as well as intergenotype recombination events involving DHAV-1 and DHAV-3 strains. The intergenotype recombination occurred in the VP0 region. Diversifying selection seems to act at sites of certain genomic regions. Calculations estimated slightly lower rates of evolution of DHAV-1 (mean rates for individual protein coding regions, 5.6286 × 10-4 to 1.1147 × 10-3 substitutions per site per year) compared to other picornaviruses. The observed evolutionary mechanisms indicate that whole-genome-based analysis of DHAV strains is needed to better understand the emergence of novel strains and their geographical dispersal.
Предметные рубрики MeSH
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.