Моделирование и анализ врожденной иммунной реакции, вызванной носителями вируса гепатита С.

Углубленное понимание сложных систем, таких, как инфицирование вирусом гепатита С (ГХВ) и реакция на иммунодуляторы, является открытой задачей для биологов. Для того чтобы понять механизмы, связанные с уклонением от иммунитета с помощью ВКВ, мы представляем упрощенную формализацию высокодинамичной системы, состоящей из ВКВ, цикла ее копирования и иммунной реакции на клеточном уровне с использованием гибридной сети Петри (HPN). Подход, использованный в этом исследовании, включает в себя поэтапное моделирование, проверку моделей и анализ иммунной реакции принимающей страны. Это исследование было проведено с целью установления корреляции между уровнями вирусной РНК, производством интерферона (IFN) и вводом в действие генов (ISG). Результаты соотносятся с биологическими данными, подтверждающими, что модель очень полезна для прогнозирования динамического поведения сигнализирующих белков в ответ на стимул. Это исследование показывает, что инфекция ВЦВ зависит от ряда ключевых факторов иммунной реакции принимающей стороны. Воздействие белков-хозяек на ограничение вирусной инфекции эффективно опровергается вирусным патогеном. В этом исследовании анализируются также уровни активности RNase L, miR-122, IFN, ISG и PKR, а также инъекции и ингибирование TLR3/RIG1 через каналы в ответ на целенаправленные манипуляции в присутствии HCV. На момент написания настоящего доклада результаты полностью согласуются с опубликованными исследованиями выражений и западными экспериментами на пятнах. Наша модель также дает некоторые биологические представления о роли ПКВ в острой инфекции ВЦВ. Это, возможно, поможет объяснить, почему многие пациенты не могут очистить от острого ВИЧ-инфекции, в то время как другие пациенты, имеющие низкий уровень базальности ISG, спонтанно очищают HCV. Описываемую методологию можно легко воспроизвести, что надлежащим образом способствует изучению других вирусных инфекций формальным, автоматизированным и экспрессивным образом. Применяемый здесь подход к моделированию на базе сети Петри может дать ценную информацию для разработки и анализа исследований с целью оценки других связанных с болезнями комплексных путей в биологических системах.