Bioinformatics (Oxford, England) · 2026
REACTOR: REgulon Activity analysis and Comparison Tool for single-cell transcriptOmics Research.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАНазвание и аннотация: Перевод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lindén Markus, Zúñiga Norman Sebastian I, Välikangas Tommi, Junttila Sini, Suomi Tomi, Rytkönen Kalle T, Elo Laura L
Аннотация
SUMMARY: We introduce REACTOR, a computational tool designed to detect differential activity of transcriptional regulators and their target genes (regulons) in single-cell RNA-sequencing data. It expands the currently available framework for regulon analysis by introducing a robust statistical test to detect differential regulon activity between conditions, such as disease versus control, with multiple replicates. By contrasting different conditions, REACTOR enables identification of key condition- and cell type-specific regulons. To demonstrate the use of REACTOR, we illustrate its performance in a publicly available COVID-19 dataset.
AVAILABILITY: REACTOR R-package together with an implementation vignette are available at https://www.github.com/elolab/REACTOR.
AVAILABILITY: REACTOR R-package together with an implementation vignette are available at https://www.github.com/elolab/REACTOR.