MedElevator Войти в исследования
← Поиск публикаций

DOI 10.1093/bioinformatics/btac500

Медицинская библиотека · Bioinformatics (Oxford, England) · 2022

This is GlycoQL.

Hayes Catherine, Daponte Vincenzo, Mariethoz Julien, Lisacek Frederique

СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПеревод пока не подготовлен

Аннотация

MOTIVATION: We have previously designed and implemented a tree-based ontology to represent glycan structures with the aim of searching these structures with a glyco-driven syntax. This resulted in creating the GlySTreeM knowledge-base as a linchpin of the structural matching procedure and we now introduce a query language, called GlycoQL, for the actual implementation of a glycan structure search.

RESULTS

The methodology is described and illustrated with a use-case focused on Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike protein glycosylation. We show how to enhance site annotation with federated queries involving UniProt and GlyConnect, our glycoprotein database.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: https://glyconnect.expasy.org/glycoql/.

Для цитирования: Hayes Catherine, Daponte Vincenzo, Mariethoz Julien, Lisacek Frederique. This is GlycoQL.. Bioinformatics (Oxford, England). 2022. DOI: 10.1093/bioinformatics/btac500.

Предметные рубрики MeSH

COVID-19GlycoproteinsGlycosylationHumansPolysaccharidesSARS-CoV-2
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…

История · было → стало

Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.

Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.