Virus genes · 2019
Genetic characterization of bovine coronavirus in Vietnam.
СтатьяНазвание и аннотация: Перевод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Shin Jihye, Tark Dongseob, Le Van Phan, Choe SeEun, Cha Ra Mi, Park Gyu-Nam, Cho In-Soo, Nga Bui Thi To, Lan Nguyen Thi, An Dong-Jun
Аннотация
A maximum clade credibility tree constructed using the full-length spike (S) and hemagglutinin-esterase genes revealed that Vietnamese Bovine coronavirus (BCoV) strains belong to a single cluster (C1); therefore, they might share a common origin with Cuban and Chinese BCoV strains. The omega values of cluster 1 (C1) and cluster 2 (C2) were 0.15734 and 0.11613, respectively, and naive empirical bayes analysis identified two amino acid positions (179 and 501) in the S protein in C1 and three amino acid positions (113, 501, and 525) in that of C2 that underwent positive selection (p > 99%). The evolutionary rate of C1 was estimated to be 7.6206 × 10-4 substitutions/site/year, and the most recent common ancestor (tMRCA) of Vietnamese BCoVs was estimated to date back to 1962 (95% HPD 1950-1973). The effective population sizes of C1 and C2 underwent a rapid reduction after 2000 and 2004, respectively.