Bioinformatics (Oxford, England) · 2019
The barcode, UMI, set format and BUStools.
СтатьяНазвание и аннотация: Перевод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Melsted Páll, Ntranos Vasilis, Pachter Lior
Аннотация
SUMMARY: We introduce the Barcode-UMI-Set format (BUS) for representing pseudoalignments of reads from single-cell RNA-seq experiments. The format can be used with all single-cell RNA-seq technologies, and we show that BUS files can be efficiently generated. BUStools is a suite of tools for working with BUS files and facilitates rapid quantification and analysis of single-cell RNA-seq data. The BUS format therefore makes possible the development of modular, technology-specific and robust workflows for single-cell RNA-seq analysis.
AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: http://BUStools.github.io/ and http://pachterlab.github.io/kallisto/singlecell.html.
SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: http://BUStools.github.io/ and http://pachterlab.github.io/kallisto/singlecell.html.
SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.