Genome biology · 2024
TEMPTED: time-informed dimensionality reduction for longitudinal microbiome studies.
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаНазвание и аннотация: Перевод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Shi Pixu, Martino Cameron, Han Rungang, Janssen Stefan, Buck Gregory, Serrano Myrna, Owzar Kouros, Knight Rob, Shenhav Liat, Zhang Anru R
Аннотация
Longitudinal studies are crucial for understanding complex microbiome dynamics and their link to health. We introduce TEMPoral TEnsor Decomposition (TEMPTED), a time-informed dimensionality reduction method for high-dimensional longitudinal data that treats time as a continuous variable, effectively characterizing temporal information and handling varying temporal sampling. TEMPTED captures key microbial dynamics, facilitates beta-diversity analysis, and enhances reproducibility by transferring learned representations to new data. In simulations, it achieves 90% accuracy in phenotype classification, significantly outperforming existing methods. In real data, TEMPTED identifies vaginal microbial markers linked to term and preterm births, demonstrating robust performance across datasets and sequencing platforms.