Genome biology · 2024
Detection of allele-specific expression in spatial transcriptomics with spASE.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаНазвание и аннотация: Перевод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Zou Luli S, Cable Dylan M, Barrera-Lopez Irving A, Zhao Tongtong, Murray Evan, Aryee Martin J, Chen Fei, Irizarry Rafael A
Аннотация
Spatial transcriptomics technologies permit the study of the spatial distribution of RNA at near-single-cell resolution genome-wide. However, the feasibility of studying spatial allele-specific expression (ASE) from these data remains uncharacterized. Here, we introduce spASE, a computational framework for detecting and estimating spatial ASE. To tackle the challenges presented by cell type mixtures and a low signal to noise ratio, we implement a hierarchical model involving additive mixtures of spatial smoothing splines. We apply our method to allele-resolved Visium and Slide-seq from the mouse cerebellum and hippocampus and report new insight into the landscape of spatial and cell type-specific ASE therein.