Bioinformatics (Oxford, England) · 2023
scHiCDiff: detecting differential chromatin interactions in single-cell Hi-C data.
СтатьяПоддержка правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаНазвание и аннотация: Перевод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Liu Huiling, Ma Wenxiu
Аннотация
SUMMARY: Here, we presented the scHiCDiff software tool that provides both nonparametric tests and parametirc models to detect differential chromatin interactions (DCIs) from single-cell Hi-C data. We thoroughly evaluated the scHiCDiff methods on both simulated and real data. Our results demonstrated that scHiCDiff, especially the zero-inflated negative binomial model option, can effectively detect reliable and consistent single-cell DCIs between two conditions, thereby facilitating the study of cell type-specific variations of chromatin structures at the single-cell level.
AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: scHiCDiff is implemented in R and freely available at GitHub (https://github.com/wmalab/scHiCDiff).
AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: scHiCDiff is implemented in R and freely available at GitHub (https://github.com/wmalab/scHiCDiff).