MedElevator Войти в исследования
← Поиск публикаций

DOI 10.1093/bioinformatics/btp367

Медицинская библиотека · Bioinformatics (Oxford, England) · 2009

De novo transcriptome assembly with ABySS.

Birol Inanç, Jackman Shaun D, Nielsen Cydney B, Qian Jenny Q, Varhol Richard, Stazyk Greg, Morin Ryan D, Zhao Yongjun, Hirst Martin, Schein Jacqueline E, Horsman Doug E, Connors Joseph M, Gascoyne Randy D, Marra Marco A, Jones Steven J M

СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПеревод пока не подготовлен

Аннотация

MOTIVATION: Whole transcriptome shotgun sequencing data from non-normalized samples offer unique opportunities to study the metabolic states of organisms. One can deduce gene expression levels using sequence coverage as a surrogate, identify coding changes or discover novel isoforms or transcripts. Especially for discovery of novel events, de novo assembly of transcriptomes is desirable.

RESULTS

Transcriptome from tumor tissue of a patient with follicular lymphoma was sequenced with 36 base pair (bp) single- and paired-end reads on the Illumina Genome Analyzer II platform. We assembled approximately 194 million reads using ABySS into 66 921 contigs 100 bp or longer, with a maximum contig length of 10 951 bp, representing over 30 million base pairs of unique transcriptome sequence, or roughly 1% of the genome.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: Source code and binaries of ABySS are freely available for download at http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss. Assembler tool is implemented in C++. The parallel version uses Open MPI. ABySS-Explorer tool is implemented in Java using the Java universal network/graph framework.

CONTACT: ibirol@bcgsc.ca.

Для цитирования: Birol Inanç, Jackman Shaun D, Nielsen Cydney B, Qian Jenny Q, Varhol Richard, Stazyk Greg, Morin Ryan D, Zhao Yongjun, Hirst Martin, Schein Jacqueline E, Horsman Doug E, Connors Joseph M, Gascoyne Randy D, Marra Marco A, Jones Steven J M. De novo transcriptome assembly with ABySS.. Bioinformatics (Oxford, England). 2009. DOI: 10.1093/bioinformatics/btp367.

Предметные рубрики MeSH

Computational BiologyDatabases, GeneticGene Expression ProfilingGenomeSequence Analysis, DNASoftware
Подготовка и перевод публикации
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…

История · было → стало

Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.

Тип публикации указан по данным источника. Уровень доказательности автоматически не присваивается.