Analytical chemistry · 2024
Thermal Denaturation of Fresh Frozen Tissue Enhances Mass Spectrometry Detection of Peptides.
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАНазвание и аннотация: Перевод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Kruse Angela R S, Judd Audra M, Gutierrez Danielle B, Allen Jamie L, Dufresne Martin, Farrow Melissa A, Powers Alvin C, Norris Jeremy L, Caprioli Richard M, Spraggins Jeffrey M
Аннотация
Thermal denaturation (TD), known as antigen retrieval, heats tissue samples in a buffered solution to expose protein epitopes. Thermal denaturation of formalin-fixed paraffin-embedded samples enhances on-tissue tryptic digestion, increasing peptide detection using matrix-assisted laser desorption ionization imaging mass spectrometry (MALDI IMS). We investigated the tissue-dependent effects of TD on peptide MALDI IMS and liquid chromatography-tandem mass spectrometry signal in unfixed, frozen human colon, ovary, and pancreas tissue. In a triplicate experiment using time-of-flight, orbitrap, and Fourier-transform ion cyclotron resonance mass spectrometry platforms, we found that TD had a tissue-dependent effect on peptide signal, resulting in a (22.5%) improvement in peptide detection from the colon, a (73.3%) improvement in ovary tissue, and a (96.6%) improvement in pancreas tissue. Biochemical analysis of identified peptides shows that TD facilitates identification of hydrophobic peptides.