STAR protocols · 2026
Protocol for integrative transcriptomic/metabolomic analysis: A case study on factors influencing the oyster-POMS disease.
СтатьяНазвание и аннотация: Перевод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Duperret Leo, Valdivieso Alejandro, Petton Bruno, Morga Benjamin, Faury Nicole, de Lorgeril Julien, Corporeau Charlotte, Degremont Lionel, Henry Sylvain, Turtoi Andrei, Pouzadoux Juliette, Romatif Océane, Courtay Gaelle, Monaco Cristián J, Toulza Eve, Lagorce Arnaud, Vidal-Dupiol Jeremie, Mitta Guillaume
Аннотация
Deciphering the molecular mechanisms underlying complex biological interactions requires comprehensive approaches that capture these interactions across multiple regulatory and functional levels. Here, we present a protocol applied to the host-pathogen-environment interactions underlying Pacific oyster mortality syndrome (POMS) in Magallana gigas. We describe steps from individual transcriptomic and metabolomic workflows using WGCNA and FELLA packages, to their integration in a biologically meaningful framework. This protocol aims to move omics integration beyond statistical correlations toward functional enrichment with cross-validation at the system level. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Duperret et al.1.