iMetaOmics · 2026
Ragomics-Meta: An open-source, scalable, reproducible, and extensible multi-omics analysis workflow.
Письмо в редакциюНазвание и аннотация: Перевод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gui Zeping, Su Huidong, Chen Yuhao, Yuan Jixing, Gao Yexiu, Yu Ze, Zhang Jing, Zhu Qingyi, Gu Min, Du Mulong, Wang Zijie, Chen Ming
Аннотация
Ragomics-Meta is an open-source, scalable, and reproducible multi-omics workflow for metabolism-centered analysis (https://www.raganetwork.com/). It integrates scRNA/snRNA-seq, spatial transcriptomics, scATAC-seq, and metabolomics modules to support quality control, dimensionality reduction, clustering, differential expression and accessibility analyses, pathway activity scoring, cell-cell communication inference, transcription-factor network analysis, and spatial metabolism exploration. By incorporating established tools such as Scanpy, Seurat, Squidpy, COMMOT, SnapATAC2, MEBOCOST, scMetabolism, AUCell, and a curated gutMGene-based resource, Ragomics-Meta enables systematic characterization of tumor metabolic programs and host-microbiome interactions. AI-assisted interpretation further facilitates biological annotation and hypothesis generation, providing a user-friendly framework for integrative single-cell and spatial multi-omics analysis.