Emerging infectious diseases · 2026
Alignment-Free Tool for Assemblies and Reads in Genomic Surveillance of Tuberculosis.
СтатьяНазвание и аннотация: Перевод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ruiz-Rodriguez Paula, Coscollá Mireia
Аннотация
Whole-genome sequencing strengthens tuberculosis surveillance, but incomplete lineage schemes can misclassify isolates. We developed Pathotypr, an alignment-free tool for assemblies and reads, using 2,145 markers derived from 26,813 genomes. Across 88,071 samples, Pathotypr improved concordance, expanded uncommon lineage coverage, and detected resistance markers, supporting molecular epidemiology and public health surveillance.