Viruses · 2019
A Simple Method for Sample Preparation to Facilitate Efficient Whole-Genome Sequencing of African Swine Fever Virus.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАНазвание и аннотация: Перевод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Olasz Ferenc, Mészáros István, Marton Szilvia, Kaján Győző L, Tamás Vivien, Locsmándi Gabriella, Magyar Tibor, Bálint Ádám, Bányai Krisztián, Zádori Zoltán
Аннотация
In the recent years, African swine fever has become the biggest animal health threat to the swine industry. To facilitate quick genetic analysis of its causative agent, the African swine fever virus (ASFV), we developed a simple and efficient method for next generation sequencing of the viral DNA. Execution of the protocol does not demand complicated virus purification steps, enrichment of the virus by ultracentrifugation or of the viral DNA by ASFV-specific PCRs, and minimizes the use of Sanger sequencing. Efficient DNA-se treatment, monitoring of sample preparation by qPCR, and whole genome amplification are the key elements of the method. Through detailed description of sequencing of the first Hungarian ASFV isolate (ASFV_HU_2018), we specify the sensitive steps and supply key reference numbers to assist reproducibility and to facilitate the successful use of the method for other ASFV researchers.