Chromatin immunoprecipitation (ChIP) measures binding between a specific protein and its in vivo DNA-binding sites. It is challenging to perform ChIP for bacteria that reside inside a eukaryotic cell, but we have optimized this method for Chlamydia-infected cells and used it to identify genome-wide binding sites of chlamydial transcription factors and sigma factors. The ability to measure protein-DNA interactions in intracellular chlamydiae without the need to isolate bacteria from the host cell allows changes in DNA binding to be measured during the Chlamydia developmental cycle and under dif
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The obligate intracellular bacterium Chlamydia employs a unique, asynchronous biphasic developmental cycle characterized by distinct morphological forms: the replicative reticulate body (RB), the infectious elementary body (EB), and an intermediate body (IB). The simultaneous presence of these phenotypically distinct cell types throughout infection complicates the study of gene expression regulation during development. Conventional population-level assays are inadequate for dissecting the regulatory mechanisms within this mixed population. This chapter describes a robust method utilizing hybri
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Due to genome streamlining, many genes in the ~1 Mb genome of Chlamydia trachomatis are essential and cannot be deleted. Ectopic overexpression and CRISPRi-based knockdown are complementary genetic approaches to study the function of genes in C. trachomatis, including essential genes. When used in combination with inducible promoters, these tools allow researchers to determine how precise regulation of gene expression contributes to proper progression of the chlamydial developmental cycle. This chapter includes protocols which detail ectopic overexpression of a protein or conversely, transcrip
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To subvert host defenses and establish a replicative niche, obligate intracellular pathogens remodel the host cell using a discrete repertoire of effector proteins. For Chlamydia trachomatis, defining the repertoire of conventional type III secretion system effectors (cT3SS) has been exceedingly difficult as many of these proteins are present at low levels in the host cell and do not accumulate within a specific host compartment, necessitating signal amplification for accurate detection. Drawing on approaches widely used for assessing secretion of candidate T3SS and T4SS substrates, several en
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chlamydia trachomatis, an obligate intracellular pathogen responsible for trachoma and widespread urogenital infections, replicates exclusively within the confines of a membrane-bound vacuole known as the inclusion. This compartment shields the bacterium from host cellular immune detection; thus, clarifying how inclusion integrity is maintained and protected from vacuole-destabilizing host attacks may identify new therapeutic strategies. To enable such insights, we recently developed split-GFP-based microscopic reporters that can detect early forms of membrane damage and track individual bacte
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The recent application of experimental and computational drug discovery workflows has identified hundreds of new molecules that display potent, and in some cases highly selective, activity against bacteria of the genus Chlamydia. The full value of these novel antichlamydial molecules, however, depends critically on our ability to determine their molecular targets and modes of action. A particularly powerful and widely applied strategy for identifying candidate targets involves selecting for bacterial mutants that have acquired resistance to a compound's inhibitory activity, followed by determi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: In low-income and middle-income countries, where typhoid fever remains a major public health problem, WHO recommends the use of typhoid conjugate vaccine (TCV). Here, we report vaccine effectiveness up to 8 years following a single dose of TCV in Nepal.
METHODS: TyVOID was a prospective cohort study that extended the follow-up of children enrolled in a phase 3, double-blind, randomised controlled trial in Lalitpur, Nepal (TyVAC; Nov 20, 2017, to Oct 20, 2021). Children aged 9 months to 15 years were randomly assigned (1:1) to receive Vi-tetanus toxoid conjugate vaccine (Vi-TT) or
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human induced pluripotent stem cell (iPSC)-derived microglia (iMG) provide an in vitro experimental system for studying human microglial biology, neuroinflammation, and genetic risk mechanisms associated with neurological disease. This chapter describes a standardized, scalable, and reproducible protocol for the differentiation of human iPSCs into functional microglia-like cells, with particular emphasis on applications in transcriptional and epigenomic network analysis. The protocol supports high-viability floating iMG production, compatibility with pooled CRISPR perturbation approaches, and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the gastric glands, adult stem cells differentiate into multiple epithelial lineages, including pit mucous cells, acid-secreting parietal cells, and enzyme-producing chief cells. Efficient and controllable lineage specification from adult gastric stem cells is essential for modeling gastric homeostasis and disease in vitro. Organoids are a good model for investigating cell differentiation and organ formation. However, methods to achieve appropriate differentiation of multiple gastric lineages are inefficient. Here, we provide a detailed stepwise protocol for the differentiation of functiona
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Sendai virus (SeV) vector system offers an efficient, nonintegrating approach to reprogram somatic cells into either naive or primed human induced pluripotent stem cells (iPSCs). Here, we describe a protocol to generate transgene-free naive iPSCs from human dermal fibroblasts (HDFs) and peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) using a modified, temperature-sensitive SeV system. The method leverages LMYC in place of cMYC and an optional H1FOO-DD factor to enhance efficiency and uniformity, and employs a controlled temperature shift to facilitate vector clearance.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mesenchymal stromal cells-derived extracellular vesicles (MSCs-EVs) represent innovative tools as a drug delivery system. Here, we described the standardized manufacturing process to prepare MSCs-EVs loaded with the chemotherapeutic drug Paclitaxel (PTX), starting from adipose tissue lipoaspirates of healthy donors.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alkaline phosphatase staining is routinely used to evaluate the undifferentiated state of embryonic stem cells, yet quantitative interpretation of colony assays frequently depends on manual inspection and categorical scoring that introduce subjectivity and limit scalability. ColonyQuant provides a standardized, automated framework for objective analysis of alkaline phosphatase-stained colonies from conventional bright-field images. The software performs adaptive colony detection, per-colony intensity measurement, and extraction of eight geometric descriptors that collectively characterize colo
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alkaline phosphatase (AP) is a widely utilized histochemical marker for assessing the pluripotent state of embryonic stem (ES) cells. Mouse ES cells maintained in an undifferentiated state exhibit high levels of tissue-nonspecific alkaline phosphatase (TNAP) activity, which sharply declines upon differentiation. AP staining provides a rapid, cost-effective, and reliable method to evaluate ES cell colony morphology, confirm maintenance of pluripotency during routine culture, and monitor the efficiency of differentiation protocols. Here, we describe a detailed protocol for AP staining of mouse E
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lentiviral vectors provide an efficient and reliable method for stable gene knockdown in embryonic stem cells (ESCs) through RNA interference. Here, we describe a detailed protocol for lentiviral transduction of mouse ESCs using lentiviral shRNA expression vectors. The protocol encompasses lentiviral particle production in HEK-293T packaging cells, determination of viral titer, transduction of ESCs cultured under feeder-free conditions, and selection of stably transduced cells. Additionally, we describe methods for evaluating transduction efficiency using fluorescence microscopy and flow cytom
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Teratoma formation is the gold standard assay for evaluating the developmental pluripotency of human and mouse embryonic stem cells (ESCs) and induced pluripotent stem cells (iPSCs). Following subcutaneous injection into immunodeficient mice, pluripotent stem cells spontaneously differentiate into derivatives representing all three embryonic germ layers-ectoderm, mesoderm, and endoderm. Beyond serving as a functional assay for pluripotency, teratomas provide a unique three-dimensional model system for studying early human development and lineage specification in vivo. This chapter describes co
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cell migration is a crucial biological process involved in immune responses, early stages of development, metastasis of cancer, and also wound healing. Therefore, it is important to study cell migration and the effects of compounds on this process to better understand conditions such as cancer metastasis and impaired wound healing. Wound Healing Assay, also known as Scratch Assay, is an exceedingly widespread, technically simple, and inexpensive in vitro method used to analyze collective migration of adherent cells, the procedure of which involves creating a wound in a confluent monolayer of c
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The senescence-associated secretory phenotype (SASP) refers to a collection of inflammatory cytokines, chemokines, and growth factors secreted by senescence cells. Senescent cells are those that have undergone growth arrest but remain metabolically active. The study of cellular senescence and SASP has become paramount for understanding aging and age-related diseases, including cancer and Alzheimer's disease. Moreover, investigating SASP is crucial for ensuring the safe and effective use of induced pluripotent stem cell (iPSC)-derived therapeutics in regenerative medicine. The following protoco
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bone marrow-derived mesenchymal stem/stromal cells (BM-MSCs) possess an inherent capacity to support hematopoiesis in vitro. As a result, they are often used as feeder layers for the ex vivo expansion of hematopoietic stem cells (HSCs) or coinfused with HSCs to improve the success of clinical transplants. However, MSCs isolated from non-hematopoietic tissues such as adipose or dental tissue may not be as effective as BM-MSCs in supporting hematopoiesis. Additionally, BM-MSCs tend to lose their functional ability after extended in vitro culture, which is necessary for producing sufficient cell
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The plaque-forming assay is the gold-standard method for measuring infectious viral particles. In this technique, lytic viruses infect and destroy host cells, but their spread is restricted by a viscous overlay medium. As a result, new viral particles can only infect neighboring cells, leading to localized clear areas known as plaques, which become visible after staining the remaining living cells. The number of plaques reflects the number of infectious viral particles initially present in the sample and is reported as plaque-forming units (PFU) per sample volume. In this protocol, we describe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chikungunya virus (CHIKV) is a positive-sense single-stranded RNA virus, which poses challenges for its study and genetic manipulation. Because direct mutagenesis of viral RNA genomes is technically impractical, reverse genetics systems are essential tools for investigating viral biology. To enable such approaches, infectious clones containing a full-length cDNA copy of the viral genome are constructed. The cDNA is positioned under the control of a bacteriophage RNA polymerase promoter, allowing commercial RNA polymerases to use the linearized plasmid as a template for the in vitro transcripti
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.