This work presents thermoMLIP, a machine-learning-interatomic-potential-based workflow for efficient conformer optimization and thermochemistry prediction across the organic chemical space. By combining MLIP-driven geometry optimization with robust thermochemical corrections, thermoMLIP achieves near-DFT accuracy at a fraction of the computational cost. We further show that MLIP-based conformer searches systematically identify lower-energy structures than conventional approaches, improving thermochemical predictions across diverse data sets. Although thermoMLIP substantially accelerates thermo
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Increasing knowledge of the wide range of biological functions of ribonucleic acids (RNAs) has made them a critical target in drug development. Accordingly, modifying their function by targeting them with small, drug-like molecules for the development of therapeutic agents is attractive. However, the rational design of RNA-targeting small molecules has been hindered by the intrinsic structural complexity and dynamics of the RNAs. Here, we develop an in silico method to facilitate RNA-targeting small-molecule discovery that integrates enhanced sampling molecular dynamics (MD) simulations using
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate prediction of RNA tertiary structures is essential for understanding their diverse biological functions. While machine learning methods have gained popularity, physics-based coarse-grained force fields remain an important tool for elucidating the structure and dynamics of RNA molecules. In this paper, we introduce the iterative reweighting algorithm as a flexible framework for optimization of force field parameters. We apply this framework to develop the IsRNA2+ force field, where the IsRNA force field is augmented by an explicit base-stacking potential. The performance of the IsRNA2+
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Efficiently exploring the global potential energy surface (PES) of different materials has been a challenging yet very important task for theoretical simulation. By accurately characterizing the global PES and strategically combining the genetic algorithm (GA) with the stochastic surface walking (SSW) method, here we propose a novel method for global PES exploration, achieving efficient localization of the global minimum. Notably, by leveraging the extensive configuration network sampled during the search, this framework further enables the automated identification of long-range, low-energy tr
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Core-valence (CV) correlation causes systematic milliangstrom-scale bond contractions in main-group molecules. We develop an analytic radial model for the structural all-electron-frozen-core (AE-FC) correction otherwise obtained from explicit second-order Møller-Plesset perturbation theory (MP2) calculations. Calibrated once at the MP2/cc-pwCVTZ level, the model can be applied to geometries generated with different FC parent methods. The data set comprises 11 atomic references, 91 molecular systems, 145 radial scans, 116 angular scans, and 9966 molecular geometries with paired AE and FC energi
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Extended tight-binding methods are attractive for condensed-phase simulations because they retain an explicit electronic Hamiltonian at a cost far below conventional density functional theory. Their transferability to periodic materials, however, cannot be assessed reliably without a genuinely periodic Hamiltonian, Brillouin-zone sampling, and symmetry-aware crystal calculations. We present a periodic implementation of the second-generation geometry, frequency, and noncovalent interaction parametrization of extended tight binding (GFN2-xTB) in CP2K. The central theoretical ingredient is a mult
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Theoretical simulation methods such as self-consistent field theory (SCFT) have enabled the discovery of numerous novel ordered structures, making space-group identification an important and challenging problem. Existing methods for space-group determination are primarily designed for discrete atomic coordinates or diffraction data. However, many structures obtained from theoretical calculations are represented as periodic scalar fields sampled on regular grids within a unit cell, i.e., volumetric data. Moreover, the origin of such data is generally unknown and may not coincide with the standa
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Coarse-grained (CG) molecular dynamics (MD) simulations can simulate large molecular complexes over extended time scales by reducing degrees of freedom. A central challenge in CG modeling is the selection of the CG mapping algorithm, which directly influences both accuracy and the interpretability of the model. Despite significant progress, effective strategies for optimal CG mappings remain a challenging task, highlighting the necessity for a comprehensive computational framework. In this work, we introduce a multilevel graph-coarsening framework for coarse graining, inspired by recent advanc
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ORACLE introduces a persistent chemical state for reproducible molecular workflows. Atomic synthons and the effective atomic number combine continuous geometric and electronic evidence into element-preserving local identities that can be compared, clustered, and transferred. The state links molecular topology, interactions, symmetry, fragmentation, and primitive coordinates with quantum-mechanical observables such as atomic charges, bond orders, and spin populations. These observables refine the same chemical representation across structure generation, parameter transfer, and optimization, inc
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We develop a transferable non-Markovian intelligent dissipative particle dynamics (TNM-IDPD) model that resolves two critical challenges in coarse-grained modeling: the recovery of system dynamics and transferability across thermodynamic states. The model uses deep neural networks to directly learn the mean force field and memory kernel from atomistic simulation data, capturing both static structure and non-Markovian dynamics. It employs Bayesian active learning with minimal human annotation to achieve efficient transferability across thermodynamic states, where predictive uncertainty strategi
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This work discloses an alternative synthetic route to access benzofuro[2,3-b]quinolines. The reaction proceeds via Ag(I)-assisted cascade cyclization of 1-isocyano-2-((2-alkoxyphenyl)ethynyl)benzenes, derived from the corresponding N-(2-((2-alkoxyphenyl)ethynyl)phenyl)formamide derivatives, allowing a one-pot, two-step assembly of the benzofuroquinoline scaffolds with four fused rings. The salient features of the synthetic method are broad substrate scopes, good to excellent yields, and ease of experimental procedure. A gram-scale synthesis demonstrated the scalability and practical applicabil
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
An intermolecular aza-Friedel-Crafts (FC) reaction between indoles and 3,3-disubstituted indolenines─readily prepared via NaOtBu/Et3B-promoted 3,3-dialkylation of 1H-indoles─has been developed for the synthesis of structurally diverse 2,3,3-trisubstituted indolines. Using catalytic TsOH·H2O under mild conditions, the aza-FC reaction provides direct access to biologically relevant 3-(3,3-dialkylindolin-2-yl)indoles bearing an all-carbon quaternary center at the C3 position of the indoline ring. Despite the propensity of 3,3-disubstituted indolenines to undergo the competing Plancher rearrangeme
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
(Hetero)adamantanes containing tetrel bridgeheads (C, Si, and Ge) are useful structures in select areas of surface and materials science. The synthesis of diverse (hetero)adamantane-based molecules with interchangeable functional groups for broad applications is an area ripe for innovation. The discovery of an expedient and convergent method for the synthesis of (heteroadamantane) scaffolds is described. The convenient synthetic route proceeding via a triple alkylation reaction represents a breakthrough in accessing the adamantane molecular class. Application of this transformation to the synt
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We report the hyperfine-resolved rotational spectrum of gas-phase 2-furanyloxy radical (•O-C4H3O) in the 6-36 GHz frequency range recorded using cavity Fourier transform microwave spectroscopy. These observations have yielded a precisely determined set of rotational constants, electron spin-rotation parameters, and proton hyperfine coupling constants. Our results enable a quantitative comparison of the structural and electronic properties of 2-furanyloxy with those of phenoxy and other closely related radicals, providing detailed physical insights into these prototypical resonance-stabilized π
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The influence of static electric fields on the electronic structure and dissociation behavior of the polar diatomics HF and HCl is investigated using quantum chemical calculations. Ground- and excited-state potential energy surfaces (PESs) are computed as a function of bond distance and external electric field strength to examine field-induced modifications of chemical bonding. The calculations reveal pronounced bond softening and progressive destabilization of both molecules with increasing field intensity. Notably, the ground-state PES of HCl becomes entirely dissociative at field strengths
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Coherent superposition of ground and excited states of cations can produce ultrafast charge migration that can be monitored by attosecond transient absorption, attosecond pump-IR probe, high harmonic spectroscopy, attosecond streaking, and strong field ionization. Vibrational motion on the ground and excited states of the cations leads to decoherence and decay of charge migration. Computational modeling of charge migration requires suitable methods for calculating energy differences between the electronic states of the cations and potential energy surfaces for the ground and excited states of
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alkali metal salts, as co-adsorbates, are crucial in regulating the self-assembly of molecules on metal surfaces. In this study, we report the self-assembled hybrid nanostructures formed by alkali metal salts (NaCl, KCl) and 2,2':6',2″-terpyridine-4,4',4″-tricarboxylic acid (TPTA) on Ag(111) and Cu(111) by a combined study of scanning tunneling microscopy (STM), X-ray photoelectron spectroscopy (XPS), and density functional theory (DFT) calculations. These hybrid structures exhibit distinct differences compared with the self-assembled structures of pure TPTA. Specifically, NaCl preferentially
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The photochemistry of 2-benzo[b]thienyl diazomethane (1) and 3-benzo[b]thienyl diazomethane (3), matrix-isolated in Ar or N2 at 10 K, was studied by IR, UV/vis, and EPR spectroscopy. Although the corresponding 2- and 3-benzo[b]thienyl carbenes (16, 17) were not observed, several interesting rearrangement products (C9H6S isomers) were characterized by IR and UV/vis spectroscopy. 2-Benzo[b]thienyl diazomethane (1) undergoes ring expansion (λ > 534 nm) to form the strained allene 5,6-benzo-1-thiacyclohexa-2,3-diene (8). 3-Benzo[b]thienyl diazomethane (3) undergoes cyclization (λ > 472 nm) to form
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Here we present results of a density functional theory based systematic investigation of water adsorption and dissociation on Mo3O9/Mo3O8 and W3O9/W3O8 clusters. For fully oxidized Mo3O9 and W3O9, adsorption of a single water molecule is strongly exothermic (-0.81 and -0.96 eV, respectively), while water dissociation proceeds through similar electronic-energy activation barriers of 0.56-0.57 eV. The addition of a second water molecule on Mo3O9 and W3O9 leads to the formation of a bimolecular water cluster and thus, a hydrogen-bonded network, on the oxide. Water dissociation via a proton-relay
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The molecular parameters that influence emissive-state formation and excited-state relaxation in nonconventional fluorophores remain poorly understood. Here, we use structurally related choline-carboxylic acid ionic liquids (ILs) derived from valeric acid (CAVA), levulinic acid (CALE), and 4-pentenoic acid (CAPE) to investigate how the structure, composition, and solvent environment of the carboxylic acid influence nonconventional fluorescence. CAVA exhibits negligible fluorescence, whereas CALE and CAPE display pronounced and composition-dependent emission in aqueous solution. Increasing the
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования