Molecular marker-based diversity assessment is essential for crop improvement strategies in faba bean (Vicia faba L.), a diploid grain legume with limited genomic resources relative to model species such as Medicago truncatula or major crops like soybean (Glycine max). ISSR markers provide a PCR-based, multilocus fingerprinting approach requiring no prior sequence information, making them particularly suitable for orphan crops. This protocol provides comprehensive, step-by-step procedures covering the complete analytical pipeline from genomic DNA isolation to statistical interpretation. This c
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mungbean (Vigna radiata L.) is a major pulse crop cultivated extensively across Asia and is considered an important model species among legumes because of its diploid genome and relatively small genome size. The availability of reliable, economical, and highly polymorphic molecular markers is critical for assessing genetic diversity, constructing linkage maps, and implementing functional genomics-based breeding programs. Among the available marker systems, simple sequence repeat (SSR) markers are highly polymorphic, abundant, co-dominant, and extensively used for allelic characterization acros
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The translation of genetic variation into breeding gain relies on an integrated and sequential pipeline comprising high-quality DNA extraction, precise locus amplification and sequencing, accurate variant discovery, conversion of polymorphisms into diagnostic markers, high-throughput genotyping, and systematic integration into crossing and selection programs. This chapter presents a comprehensive framework for the development and application of molecular markers for aroma improvement in rice, with broader relevance to yield and stress-resilience traits in Oryza sativa. Rice aroma, a premium gr
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) are among the most stable and widely used molecular markers in plant genomics and breeding. Especially in cotton (Gossypium hirsutum L.), SNP markers play a critical role in identifying genetic variations associated with different development traits such as fiber length, strength, micronaire, and elongation. This chapter describes the workflow of SNP marker development in a comprehensive manner targeting fiber development in cotton. The process is initiated by high-quality genomic DNA isolation followed by sequencing carried out through high-throughput se
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Medicinal plants have been used to heal people with thousands of diseases. Phytochemicals are the main reason for a plant being a medicinal plant. Compared to field-grown plants, in vitro-derived plantlets have high phytochemical production. In vitro-derived plantlets are also the most reliable method for producing healthy, disease-free medicinal plants of superior quality, with enhanced phytochemical properties. Due to the presence of phytochemical compounds such as phenolic compounds, flavonoids, tannins, and terpenoids, medicinal plants possess therapeutic properties. These therapeutic prop
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sugarcane (Saccharum spp.) is an economically important crop cultivated worldwide for sugar and bioenergy production. However, its productivity is significantly affected by various pests and diseases, which lead to substantial yield and quality losses. Traditional breeding approaches for developing resistant varieties are often time-consuming and complicated due to the complex polyploid genome of sugarcane. In recent years, molecular marker technologies have provided powerful tools for the rapid identification and selection of desirable traits in crop improvement programs. Among the available
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Functional profiling of host-associated microbiota is essential for elucidating its role in immune dysregulation, such as in allergic diseases. Predictive bioinformatics tools like PICRUSt2 (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States, version 2) enable the inference of microbial metabolic potential from 16 S rRNA gene amplicon data. This chapter describes the computational workflow for using PICRUSt2 to analyze allergy-associated microbiota. The protocol begins with a standardized amplicon sequence variant (ASV) table and its corresponding taxonomy and seq
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Assessing genetic variation in field crops is crucial for modern breeding programs and for understanding mechanisms of stress tolerance. The inter simple sequence repeat (ISSR) technique enables amplification of regions between microsatellite loci, offering high reproducibility and discriminatory power. Its applicability across species, cost-effectiveness, and independence from prior DNA sequence information make it a widely adopted method. This chapter systematically outlines the core steps of ISSR analysis, including DNA extraction, PCR optimization, gel electrophoresis, band scoring, and da
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fibrillarin is an evolutionarily conserved methyltransferase found in Archaea, algae, yeast, animals, and plants. It catalyzes the 2'-O-methylation (2'-O-Me) of ribosomal RNAs (rRNAs), small nucleolar RNAs (snoRNAs), small nuclear RNAs (snRNAs), and transfer RNAs (tRNAs) as well as the glutamine methylation (Qme) in histone H2A. Fibrillarin interacts with specific accessory proteins and snoRNA guides to perform 2'-O-Me, although it can also act independently in the case of Qme. Additionally, fibrillarin has been reported to exhibit ribonuclease activity and interact with long non-coding RNAs t
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Culturing and maintaining Botrytis cinerea in vitro is essential for advancing research on fungal biology, host-pathogen interactions, and plant disease management. Reliable culture methods provide the basis for reproducible experiments, ensuring stable growth and long-term preservation of isolates. This chapter details standardized procedures for establishing fungal colonies on agar and broth media, including Universal Beer Agar, Potato Dextrose Agar, and Czapek-Dox Agar, as well as specialized formulations such as Carrot Agar and Honey Peptone Agar. Protocols for short-term maintenance on ag
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Botrytis cinerea is a widely studied model organism for plant-fungal interactions. This chapter provides simple and easy protocols for live-cell imaging techniques and subcellular protein localization studies in B. cinerea in vitro. Using a simple microscopy setup, we describe methods for imaging spore germlings and hyphae and for studying protein dynamics in response to the antifungal compound α-tomatine. The protocols highlight the application of fluorescence microscopy to visualize sterol distribution and protein localization patterns, enabling deeper insights into fungal cell biology.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Being a generalist pathogen with a broad host range, Botrytis cinerea causes tremendous postharvest loss and food waste, while the incidence of gray mold is contingent upon the pathogenicity of B. cinerea and the resistance of host plants. It can thus be anticipated that the goals for controlling gray mold can be achieved by either inhibiting the pathogenicity of B. cinerea or enhancing the resistance of host plants. To assess the pathogenicity of pathogens or the defense responses of hosts, a standardized inoculation protocol is indispensable. Notably, specific controlled conditions are also
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The availability of a high-quality genome assembly facilitates the analysis of fungal genomes. This chapter outlines the tools and steps involved in genome sequence assembly and annotation of a plant pathogen, Botrytis cinerea. We describe the use of Illumina short-read and Oxford Nanopore long-read sequencing data to assemble the B. cinerea genome. The steps include the pre-processing of sequencing data, genome assembly using Flye, scaffolding with NtLink, and polishing with Racon, Medaka, and NextPolish. The quality of the final assembly is evaluated using BUSCO, which serves as a benchmark
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Botrytis cinerea, a major fungal pathogen of crops, has been extensively studied for its resistance to antifungal plant metabolites and agrochemicals. Evaluating the sensitivity of B. cinerea to these compounds is crucial for understanding its pathogenicity and for developing effective plant protection strategies. This study describes two methods for antifungal sensitivity assessment: the spot assay, which visualizes fungal growth on agar medium supplemented with antifungal compounds, and the resazurin assay, which quantifies fungal metabolic activity in liquid culture. Using saponins as antif
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Botrytis cinerea, the causal agent of gray mold, is a highly adaptable necrotrophic fungus that causes significant losses in economically important crops such as tomatoes. Increasing resistance to fungicides and environmental concerns have stimulated interest in microbial biocontrol agents as part of integrated pest management strategies. This chapter presents standardized protocols for evaluating the efficacy of microbial biocontrol agents against B. cinerea on tomato plants under controlled conditions. Methods include preparation of pathogen and biocontrol inoculum, production of healthy pla
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Composite plants are a convenient model for obtaining a whole plant with undisturbed regulatory links between the shoot and root system, while the roots carry the properties specified by the researcher. This approach allows expressing transgenes only in roots, which in some cases may be preferable over the expression of transgenes in all organs of a non-chimeric transgenic plant. Composite plants have been widely used to study the nitrogen fixation process, mycorrhizal symbioses, and the interaction of plant roots with various pathogens. The current protocol for Agrobacterium rhizogenes-mediat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Virus-induced gene silencing (VIGS) is a powerful reverse genetics tool that enables the transient knockdown of gene expression in plants by exploiting their natural antiviral defense mechanisms. This chapter presents a detailed protocol for applying a Cowpea severe mosaic virus (CPSMV)-based VIGS system to study gene function in soybean (Glycine max), with a focus on symbiotic root nodulation. VIGS allows systemic silencing of target genes, making it especially valuable to study pathways involving systemic signaling. The protocol includes Agrobacterium-mediated propagation of CPSMV variants i
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The study of plant organogenesis presents significant challenges due to the small number of cells involved in its initial stages. Observing the initial cell divisions becomes increasingly challenging when transitioning from Arabidopsis thaliana (Arabidopsis) to other species. Lateral root (LR) initiation is an essential process for enhancing a plant's ability to access water and nutrients. In most cases, LR formation starts in the pericycle of the parent root, giving rise to a new meristem. Understanding the mechanisms coordinating LR development is important for improving plant resilience to
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Microfluidic tools enable manipulation of microliter-scale volumes within a stable microenvironment. Microfluidics has been widely adopted in various biological fields for, among other applications, controlled delivery of sensory, chemical, and mechanical stimuli to the observed organisms. In this chapter, we describe the design and usage of a custom-made double-layered PDMS microfluidic device, named BUGchip, developed for the purpose of studying plant root growth and metabolic responses in rapidly changing conditions with a high time-scale resolution. We demonstrate the utility of this devic
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Imaging has revolutionized phenotyping analysis by providing accurate documentation and records of observed phenotypes. Analyzing imaging data remains a major bottleneck in root phenotyping analysis. Advances in technology offer a plethora of analysis options at varying automation levels and price points, providing a reliable open-source pipeline for image analysis that delivers stable, reproducible results. Here, we discuss a maize seedling image analysis pipeline powered by open-source tools that enables rapid analysis of seedling root phenotypes. This image analysis pipeline uses Root Paint
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.