Mass Spectrometry Data Management System (MSDMS) is a comprehensive software solution for managing small molecule mass spectrometry (MS or MS/MS) libraries in MassBank format. Starting from large public libraries, MSDMS enables the creation of one or more custom libraries without having to run reference compounds or manage unknowns. Custom libraries improve the quality and speed of identification by LC-MS/MS screening of exogenous and endogenous compounds in complex biological samples. With a container-based architecture and Docker Compose configuration, MSDMS can be deployed as a website or a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent advances in mass spectrometry instrumentation and computational analysis have established label-free data-independent acquisition (DIA) as a powerful tool in quantitative proteomics, offering depth, throughput, and reproducibility. These developments now enable large-scale projects with hundreds or even thousands of samples, opening new applications in systems biology and biomedicine. However, large-scale datasets require special consideration during data preprocessing. Here, we present a practical guide for preprocessing large-scale DIA datasets, illustrated using a public dataset. We
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Analytical chemistry, and particularly mass spectrometry (MS), plays a central role in the molecular characterization of biological and environmental samples. These data are essential for understanding the molecular mechanisms underlying healthy aging, disease onset and progression, and the complex chemical composition of environmental systems. Over the past decades, MS has undergone unprecedented technological advancements. Current state-of-the-art instruments enable the thorough characterization of deep proteomes at the single-cell level and achieve comprehensive coverage of metabolites and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene expression and knockdown systems are powerful tools for studying the function of single genes and their interactions within pathways. Plasmid transfection and viral transduction have revolutionized the field of molecular biology and paved the way for various gene-editing strategies such as TALEN, Zink finger nucleases, and ultimately CRISPR. In Ewing sarcoma (EwS), almost as many genes are repressed by the expression of EWSR1-FLI1 as are upregulated by the fusion oncogene. Here, we present a useful point-by-point protocol for generating transgene expression systems in EwS that allow (cond
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CRISPR-based technologies have transformed experimental biology by enabling precise, efficient, and programmable manipulation of the genome and epigenome. This chapter provides a comprehensive and practical guide to genetic and epigenetic editing using CRISPR technology, with a particular focus on applications in Ewing sarcoma cell models. We describe strategies for CRISPR-mediated gene knockout (CRISPR KO) via nonhomologous end joining (NHEJ), precise gene knock-in (CRISPR KI) through homology-directed repair (HDR), and reversible transcriptional modulation using CRISPR interference (CRISPRi)
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The EWSR1::FLI1 (EF1) chimeric transcription factor is pathognomonic in Ewing Sarcoma (EwS) and is often the sole oncogenic mutation harbored by EwS tumors. Disrupting the function of EF1 to study its role in tumor biology using small molecules has proven challenging. Here, we describe complementary strategies to incorporate inducible protein degrons into the endogenous EWSR1::FLI1 locus in patient-derived EwS cells. These systems enable precise control over the timing and level of EF1 protein abundance as well as downstream functional analyses.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tumor models allowing for the in vivo investigation of molecular mechanisms driving tumor progression and metastasis are important to develop novel strategies for cancer treatment. Unfortunately, for Ewing sarcoma, no adequate genetic animal models are currently available, although there is progress in zebrafish. Nevertheless, mouse xenotransplantation models are the state-of-the-art to model Ewing sarcoma in vivo. Here, we describe an alternative Ewing sarcoma xenotransplantation model in embryonic and larval zebrafish. This zebrafish model offers live imaging and easy compound testing opport
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The chorioallantoic membrane (CAM) assay provides a rapid, cost-effective, and ethically advantageous in vivo model to investigate tumor growth, angiogenesis, invasion, and metastasis. The CAM of the developing chicken embryo forms a highly vascularized and naturally immunodeficient environment that supports the implantation and proliferation of human or murine cells without the need for immunosuppression. This chapter presents a detailed and standardized protocol for performing tumor xenografts and metastasis analyses on the CAM, including optimized conditions for egg handling, embryo viabili
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ewing sarcoma (EwS) is a paradigmatic fusion-driven cancer in which oncogenic FET::ETS transcription factor fusions orchestrate complex regulatory, epigenomic, transcriptional, and proteomic programs. Despite extensive molecular profiling, biological insight, and translational progress, EwS are strongly shaped by how data are generated, structured, and shared across heterogeneous initiatives. Fragmented cohorts, uneven molecular depth, and limited longitudinal sampling influence both integrative analyses and systems-level interpretation. This chapter is organized around this structural reality
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
As with any other microscopic technique, in atomic force microscopy (AFM), artifacts and problems can arise. Some of these happen due to improper use of the microscope by the operator, and some are due to particular characteristics of the sample. Some occur depending on the type of instrument or from probe damage. Some of them are artifacts inherent in the technique. Knowledge of these issues is important for correct data acquisition and interpretation, and in many cases, training in AFM is inadequate. In this chapter, we show examples of common artifacts in AFM and describe, where possible, h
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Supported lipid bilayers represent a very attractive way to mimic biological membranes, especially to investigate molecular mechanisms associated with the lateral segregation of membrane components. Observation of these model membranes with high-speed atomic force microscopy (HS-AFM) allows the capture of both topography and dynamics of membrane components, with a spatial resolution in the nanometer range and image capture time of less than 1 s. In this context, we have developed new protocols adapted for HS-AFM to form supported lipid bilayers on small mica disks using the vesicle fusion or L
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The mechanical properties of cells and subcellular components are important for a mechanistic understanding of biological processes. The quantification of the mechanics of cells and biomolecules using biophysical methods has matured thanks to the development of nanotechnologies such as optical and magnetic tweezers, the biomembrane force probe and atomic force microscopy (AFM). Force spectroscopy allows the determination of the forces required to unfold protein domains and to disrupt individual receptor/ligand bonds. Analytical models allow a phenomenological characterization of the underlying
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Escherichia coli cells containing the amyloid curli protein CsgA bind to abiotic surfaces and the extracellular matrix protein fibronectin. Here, we describe procedures for following bacterial attachment to glass surfaces and provide protocols for coupling bacterial cells to AFM tips. Using single microbial cell force spectroscopy in physiological environment, we show methods to probe mechanical parameters and the dissociation of curliated E. coli cells from fibronectin surfaces by quantifying Young's modulus, unbinding forces, and de-adhesion works.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In recent decades, antimicrobial peptides (AMPs) have emerged as some of the most extensively studied alternatives to conventional antibiotics. To gain deeper insights into their mechanisms of action and development, AFM has played a crucial role as an imaging and force spectroscopic tool. Here, we describe the methods used for examining the effects of AMPs on bacteria using imaging and force spectroscopy techniques. These approaches have proven essential for elucidating their mechanisms of action and identifying potential outcomes.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RATIONALE: Nitrogen (N) abundance and isotopic compositions in silicate rocks are commonly measured by sealed-tube continuous-flow isotope ratio mass spectrometry (CF-IRMS), but combustion protocols vary widely. It remains uncertain how the quality of data obtained from different published methods compares for differing sample types.
METHODS: To address this uncertainty, nitrogen abundance ([N]) and isotopic composition (δ15N) were measured in granite, plagioclase, alkali feldspar and biotite using tube-cracker CF-IRMS with seven different combustion protocols: One followed a combined tube- a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Molecular testing for pathognomonic gene fusions is mandatory for the diagnosis of small round cell tumors. In particular, in Ewing sarcoma, the identification of specific chimeric fusion genes is critical to distinguish it from other histologically similar subtypes. As the clinical relevance of gene fusion detection continues to grow, many laboratories have adopted targeted next-generation sequencing approaches to overcome the limitations of conventional singleplex assays. We were among the early adopters of targeted RNA sequencing using anchored multiplex PCR, a technique that enables the si
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Developing new effective therapies for Ewing sarcoma (EwS) is crucial to improving patient outcomes, especially in cases of metastatic or recurrent disease. In various stages of drug discovery and especially early preclinical development, cell viability assays are often used to assess the antitumor efficacy of compounds of interest. Here, we review and provide guidelines for the application of resazurin- and ATP-based cell viability assays for drug sensitivity screening in EwS. This includes dose-response drug screening to identify metrics such as potency and to compare sensitivity across mult
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This chapter presents concepts, guidelines, and data processing procedures for the analysis of targeted and untargeted proteomics data in bioengineering contexts. The pipelines have been successfully demonstrated in microbial systems such as Rhodotorula toruloides, Pseudomonas putida, and Aspergillus niger. The methods described in these workflows involve popular open-source software tools and downstream algorithms that enhance data annotation, quantification, and reproducibility. These procedures can be used to quantify metabolic pathway enzymes and validate engineered strains. While focused
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the development and design of cell-targeted nanoparticle-based systems, the density of targeting moieties plays a fundamental role in allowing maximal cell-specific interaction. Here, we describe the use of molecular recognition force spectroscopy as a valuable tool for the screening, characterization, and optimization of targeted nanoparticles toward attaining cell-specific interaction. By tailoring the density of targeting moieties at the nanoparticle surface, one can correlate the unbinding event probability between nanoparticles tethered to an atomic force microscopy tip and cells to th
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
With the rapid development of sequencing technologies, whole-genome sequencing (WGS) is now easily accessible across various domains. Bacterial WGS has started to be routinely used in research and public health laboratories for clinical diagnostics, outbreak risk prediction, and pathogen characterization. WGS of foodborne pathogens allows for rapid, accurate identification and typing of pathogens, and detailed characterization of genomic features such as antimicrobial resistance genes, virulence genes, and plasmids. Salmonella, an important foodborne pathogen, is the leading cause of deaths as
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования