In this study, we report the successful extraction of DNA from landfill leachates using the cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) technique and its validation for high-throughput sequencing of bacteria and fungi. This protocol provides a simple and efficient method to obtain high-quality DNA from complex samples such as leachates and represents a valuable tool for molecular studies and diversity profiling of microorganisms in sanitary landfills.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The molecular identification of arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) from root tissues can often be limited by the co-extraction of polysaccharides, phenolic compounds, and other PCR inhibitors, particularly in woody or highly lignified roots, where cell lysis is also often difficult. Although commercial extraction kits offer standardized workflows and reduce the handling of harmful reagents, the manufacturer's protocols are insufficient for root samples with high levels of secondary metabolites. This protocol describes the optimization of DNA extraction from coffee (Coffea arabica L.) roots col
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
G-quadruplex (G4) nucleic acids have been shown to regulate a wide range of cellular processes, including replication, telomere maintenance, epigenetic landscape, and various aspects of transcription and translation. In this method, we describe an experimental purification procedure for identifying RNA G-quadruplex-binding proteins from nuclear extracts. Using biotinylated oligonucleotides allows immobilization to streptavidin-coated magnetic beads and convenient washing during the pulldown. Importantly, the experimental protocol presented here can distinguish protein interactions with structu
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Long noncoding RNAs (lncRNAs) play important roles in gene regulation and cancer progression through interactions with proteins, DNA, and other RNA molecules. Identification of lncRNA-protein interactions is therefore essential for understanding the molecular mechanisms by which lncRNAs regulate cellular processes. Among the available approaches, in vitro RNA pulldown coupled with mass spectrometry has become a widely used strategy for identifying proteins that associate with specific lncRNAs. In this chapter, we describe a detailed protocol for in vitro RNA pulldown using biotin-labeled RNA t
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The composition of long noncoding ribonucleic protein (lncRNPs) complexes has a major impact on lncRNA function, revealing a multitude of modalities for RNA-protein interactions. However, long noncoding RNAs (lncRNAs) also interact with an array of proteins during their processing that are not related to their function. For example, different proteins involved in splicing, maturation, and nuclear export are likely to interact with a newly transcribed lncRNA. Thus, a major limitation is the purification of fully complexed lncRNPs after the transient, intermediate RNA-protein interactions. Here
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Expressed sequence tags (ESTs), are short cDNA sequences obtained from expressed genes in any plant tissue of Gossypium spp. and represent a suitable approach for studying the transcriptome in the absence of a reference genome. In this study, protocols for EST development were established to explore expressed genes in cotton under diverse biotic and abiotic stress conditions. ESTs were generated by using two approaches: suppression subtractive hybridization (SSH) and next-generation sequencing (NGS) techniques. The process begins with RNA isolation, followed by mRNA purification, cDNA synthesi
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pathogenic microorganisms, defined as microbial entities capable of invading the host and causing infection or communicable disease, encompass a taxonomically diverse assemblage that includes viruses, bacteria, fungi, and rickettsiae.Cryopreservation is a technique that stores microbial cultures in a low-temperature environment, reducing their metabolism to the minimum or even to a complete standstill so that the organisms enter a semi-dormant or fully dormant state. Lyophilization (freeze-drying) is a preservation technique in which microorganisms are first frozen in a cryoprotective medium.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Isolation of Bacteroidota is crucial in microbial ecology laboratories because these organisms play important roles in the environment, including relevant interactions with plants and animals. Therefore, effective methods are needed for their successful isolation. Here, we describe modified Soil Extract (SE), Tryptic Soy (TS), and Reasoner's 2A (R2A) culture media that facilitate the isolation of Bacteroidota, primarily by addressing their auxotrophies and specific growth requirements. This approach enables both morphological and molecular identification of the isolates.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The preservation of phytopathogenic fungi is essential for maintaining biological collections that support research and disease management strategies. Among the most important diseases affecting vanilla cultivation is root and stem rot caused by Fusarium oxysporum f. sp. vanillae. Since 2010, a collection of pathogenic and endophytic F. oxysporum strains associated with Vanilla planifolia and related Vanilla spp. has been maintained at the Universidad Veracruzana, Mexico. This chapter describes methodologies for strain isolation, morphological characterization, pathogenicity assessment, and lo
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tissue culture-based propagation in sugarcane provides large-scale production of planting material; however, maintaining genetic stability and virus-free status is critical. Genetic fidelity assessment and virus indexing serve as key tools for quality control in micropropagated plants. This chapter discusses available molecular and diagnostic strategies for ensuring clonal uniformity and phytosanitary safety.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) represent the most abundant form of genetic variation in crop genomes and serve as highly informative molecular markers for modern breeding programs. Advances in next-generation sequencing technologies have enabled rapid and high-throughput SNP discovery across diverse crop species, including those with large and complex genomes. Reliable SNP development requires an integrated workflow encompassing germplasm selection, high-quality DNA isolation, library preparation, sequencing, sequence data processing, variant calling, stringent filtering, annotation, a
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Restriction fragment length polymorphism (RFLP) was the first reliable genetic marker used in plant molecular studies. It is a DNA-based marker that detects variation in DNA sequence at restriction enzyme sites and produces codominant, locus-specific markers that differentiate homologous and heterozygous genotypes. It provides greater accuracy than trait-based methods. The application of RFLP markers includes developing genetic linkage maps, conducting QTL analysis, characterizing germplasm, and detecting somaclonal variations. Despite being the availability of new molecular markers, RFLP stil
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lipids are a fundamental group of biomolecules that play diverse roles in biological systems, including energy storage, membrane architecture, and intra- and extracellular signaling. They are classified into eight major categories, and more than 50 000 distinct lipid structures are currently reported in the Lipid Maps Structure Database (LMSD). Given their importance in cellular metabolism and physiology, accurate identification and quantification of lipids are essential. In ticks, lipid metabolism is closely associated with physiological processes related to survival, pathogen transmission, a
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
One of the most useful techniques for studying genetic variations in plants is single-nucleotide polymorphisms (SNPs), which are useful in developing molecular markers for genetic research. In this chapter, the development and validation of SNP markers using targeted resequencing and in silico analysis of genomic resources for plant genomic research and breeding are included. Key steps include genomic DNA isolation, whole-genome resequencing, raw read processing, reference-based alignment, SNP detection, and stringent filtering to identify high-confidence variants. The importance of cross-plat
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers have played a significant role in accelerating cotton (Gossypium spp.) improvement by enabling rapid genome-wide assessment of genetic variation without the requirement for prior sequence information. RAPD has been widely applied in cotton germplasm characterization, cultivar identification, hybrid confirmation, and the early development of molecular linkage maps. Its simplicity, low cost, and the ability to amplify multiple polymorphic loci in a single reaction made RAPD particularly valuable during the early phases of cotton molecular breeding.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Molecular marker-based diversity assessment is essential for crop improvement strategies in faba bean (Vicia faba L.), a diploid grain legume with limited genomic resources relative to model species such as Medicago truncatula or major crops like soybean (Glycine max). ISSR markers provide a PCR-based, multilocus fingerprinting approach requiring no prior sequence information, making them particularly suitable for orphan crops. This protocol provides comprehensive, step-by-step procedures covering the complete analytical pipeline from genomic DNA isolation to statistical interpretation. This c
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) are among the most stable and widely used molecular markers in plant genomics and breeding. Especially in cotton (Gossypium hirsutum L.), SNP markers play a critical role in identifying genetic variations associated with different development traits such as fiber length, strength, micronaire, and elongation. This chapter describes the workflow of SNP marker development in a comprehensive manner targeting fiber development in cotton. The process is initiated by high-quality genomic DNA isolation followed by sequencing carried out through high-throughput se
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sugarcane (Saccharum spp.) is an economically important crop cultivated worldwide for sugar and bioenergy production. However, its productivity is significantly affected by various pests and diseases, which lead to substantial yield and quality losses. Traditional breeding approaches for developing resistant varieties are often time-consuming and complicated due to the complex polyploid genome of sugarcane. In recent years, molecular marker technologies have provided powerful tools for the rapid identification and selection of desirable traits in crop improvement programs. Among the available
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alpha-gal syndrome (AGS) is an IgE-mediated allergy to galactose-α-1,3-galactose (α-Gal), typically triggered by tick bites. Genetic factors, including human leucocyte antigen (HLA) class II polymorphisms and selected single nucleotide polymorphisms (SNPs) in immune and glycan-related genes, are hypothesized to modulate susceptibility and clinical expression. Here we provide a step-by-step protocol to genotype risk markers from ethylenediaminetetetraacetic acid (EDTA) whole blood sample, combining (i) manual DNA extraction (Qiagen), (ii) SNP genotyping by a real-time/quantitative PCR (qPCR) me
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNAs that are being synthesized and remain tethered to chromatin during transcription are key participants in co-transcriptional gene regulation. They contribute to essential processes such as splicing, transcription elongation, and chromatin structure shaping. Co- and post-transcriptional RNA modifications have emerged as critical regulators of RNA metabolism and may modulate the function of chromatin-associated RNAs, including their interactions with chromatin. Here, we describe a method to isolate nascent, chromatin-associated RNA enriched for specific RNA modifications, using a combination
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования