In this study, we report the successful extraction of DNA from landfill leachates using the cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) technique and its validation for high-throughput sequencing of bacteria and fungi. This protocol provides a simple and efficient method to obtain high-quality DNA from complex samples such as leachates and represents a valuable tool for molecular studies and diversity profiling of microorganisms in sanitary landfills.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The molecular identification of arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) from root tissues can often be limited by the co-extraction of polysaccharides, phenolic compounds, and other PCR inhibitors, particularly in woody or highly lignified roots, where cell lysis is also often difficult. Although commercial extraction kits offer standardized workflows and reduce the handling of harmful reagents, the manufacturer's protocols are insufficient for root samples with high levels of secondary metabolites. This protocol describes the optimization of DNA extraction from coffee (Coffea arabica L.) roots col
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
G-quadruplex (G4) nucleic acids have been shown to regulate a wide range of cellular processes, including replication, telomere maintenance, epigenetic landscape, and various aspects of transcription and translation. In this method, we describe an experimental purification procedure for identifying RNA G-quadruplex-binding proteins from nuclear extracts. Using biotinylated oligonucleotides allows immobilization to streptavidin-coated magnetic beads and convenient washing during the pulldown. Importantly, the experimental protocol presented here can distinguish protein interactions with structu
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Long noncoding RNAs (lncRNAs) play important roles in gene regulation and cancer progression through interactions with proteins, DNA, and other RNA molecules. Identification of lncRNA-protein interactions is therefore essential for understanding the molecular mechanisms by which lncRNAs regulate cellular processes. Among the available approaches, in vitro RNA pulldown coupled with mass spectrometry has become a widely used strategy for identifying proteins that associate with specific lncRNAs. In this chapter, we describe a detailed protocol for in vitro RNA pulldown using biotin-labeled RNA t
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The composition of long noncoding ribonucleic protein (lncRNPs) complexes has a major impact on lncRNA function, revealing a multitude of modalities for RNA-protein interactions. However, long noncoding RNAs (lncRNAs) also interact with an array of proteins during their processing that are not related to their function. For example, different proteins involved in splicing, maturation, and nuclear export are likely to interact with a newly transcribed lncRNA. Thus, a major limitation is the purification of fully complexed lncRNPs after the transient, intermediate RNA-protein interactions. Here
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Expressed sequence tags (ESTs), are short cDNA sequences obtained from expressed genes in any plant tissue of Gossypium spp. and represent a suitable approach for studying the transcriptome in the absence of a reference genome. In this study, protocols for EST development were established to explore expressed genes in cotton under diverse biotic and abiotic stress conditions. ESTs were generated by using two approaches: suppression subtractive hybridization (SSH) and next-generation sequencing (NGS) techniques. The process begins with RNA isolation, followed by mRNA purification, cDNA synthesi
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Isolation of Bacteroidota is crucial in microbial ecology laboratories because these organisms play important roles in the environment, including relevant interactions with plants and animals. Therefore, effective methods are needed for their successful isolation. Here, we describe modified Soil Extract (SE), Tryptic Soy (TS), and Reasoner's 2A (R2A) culture media that facilitate the isolation of Bacteroidota, primarily by addressing their auxotrophies and specific growth requirements. This approach enables both morphological and molecular identification of the isolates.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The preservation of phytopathogenic fungi is essential for maintaining biological collections that support research and disease management strategies. Among the most important diseases affecting vanilla cultivation is root and stem rot caused by Fusarium oxysporum f. sp. vanillae. Since 2010, a collection of pathogenic and endophytic F. oxysporum strains associated with Vanilla planifolia and related Vanilla spp. has been maintained at the Universidad Veracruzana, Mexico. This chapter describes methodologies for strain isolation, morphological characterization, pathogenicity assessment, and lo
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tissue culture-based propagation in sugarcane provides large-scale production of planting material; however, maintaining genetic stability and virus-free status is critical. Genetic fidelity assessment and virus indexing serve as key tools for quality control in micropropagated plants. This chapter discusses available molecular and diagnostic strategies for ensuring clonal uniformity and phytosanitary safety.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) represent the most abundant form of genetic variation in crop genomes and serve as highly informative molecular markers for modern breeding programs. Advances in next-generation sequencing technologies have enabled rapid and high-throughput SNP discovery across diverse crop species, including those with large and complex genomes. Reliable SNP development requires an integrated workflow encompassing germplasm selection, high-quality DNA isolation, library preparation, sequencing, sequence data processing, variant calling, stringent filtering, annotation, a
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Restriction fragment length polymorphism (RFLP) was the first reliable genetic marker used in plant molecular studies. It is a DNA-based marker that detects variation in DNA sequence at restriction enzyme sites and produces codominant, locus-specific markers that differentiate homologous and heterozygous genotypes. It provides greater accuracy than trait-based methods. The application of RFLP markers includes developing genetic linkage maps, conducting QTL analysis, characterizing germplasm, and detecting somaclonal variations. Despite being the availability of new molecular markers, RFLP stil
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
One of the most useful techniques for studying genetic variations in plants is single-nucleotide polymorphisms (SNPs), which are useful in developing molecular markers for genetic research. In this chapter, the development and validation of SNP markers using targeted resequencing and in silico analysis of genomic resources for plant genomic research and breeding are included. Key steps include genomic DNA isolation, whole-genome resequencing, raw read processing, reference-based alignment, SNP detection, and stringent filtering to identify high-confidence variants. The importance of cross-plat
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers have played a significant role in accelerating cotton (Gossypium spp.) improvement by enabling rapid genome-wide assessment of genetic variation without the requirement for prior sequence information. RAPD has been widely applied in cotton germplasm characterization, cultivar identification, hybrid confirmation, and the early development of molecular linkage maps. Its simplicity, low cost, and the ability to amplify multiple polymorphic loci in a single reaction made RAPD particularly valuable during the early phases of cotton molecular breeding.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Molecular marker-based diversity assessment is essential for crop improvement strategies in faba bean (Vicia faba L.), a diploid grain legume with limited genomic resources relative to model species such as Medicago truncatula or major crops like soybean (Glycine max). ISSR markers provide a PCR-based, multilocus fingerprinting approach requiring no prior sequence information, making them particularly suitable for orphan crops. This protocol provides comprehensive, step-by-step procedures covering the complete analytical pipeline from genomic DNA isolation to statistical interpretation. This c
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) are among the most stable and widely used molecular markers in plant genomics and breeding. Especially in cotton (Gossypium hirsutum L.), SNP markers play a critical role in identifying genetic variations associated with different development traits such as fiber length, strength, micronaire, and elongation. This chapter describes the workflow of SNP marker development in a comprehensive manner targeting fiber development in cotton. The process is initiated by high-quality genomic DNA isolation followed by sequencing carried out through high-throughput se
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNAs that are being synthesized and remain tethered to chromatin during transcription are key participants in co-transcriptional gene regulation. They contribute to essential processes such as splicing, transcription elongation, and chromatin structure shaping. Co- and post-transcriptional RNA modifications have emerged as critical regulators of RNA metabolism and may modulate the function of chromatin-associated RNAs, including their interactions with chromatin. Here, we describe a method to isolate nascent, chromatin-associated RNA enriched for specific RNA modifications, using a combination
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Assessing genetic variation in field crops is crucial for modern breeding programs and for understanding mechanisms of stress tolerance. The inter simple sequence repeat (ISSR) technique enables amplification of regions between microsatellite loci, offering high reproducibility and discriminatory power. Its applicability across species, cost-effectiveness, and independence from prior DNA sequence information make it a widely adopted method. This chapter systematically outlines the core steps of ISSR analysis, including DNA extraction, PCR optimization, gel electrophoresis, band scoring, and da
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fibrillarin is an evolutionarily conserved methyltransferase found in Archaea, algae, yeast, animals, and plants. It catalyzes the 2'-O-methylation (2'-O-Me) of ribosomal RNAs (rRNAs), small nucleolar RNAs (snoRNAs), small nuclear RNAs (snRNAs), and transfer RNAs (tRNAs) as well as the glutamine methylation (Qme) in histone H2A. Fibrillarin interacts with specific accessory proteins and snoRNA guides to perform 2'-O-Me, although it can also act independently in the case of Qme. Additionally, fibrillarin has been reported to exhibit ribonuclease activity and interact with long non-coding RNAs t
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DEAD-box RNA helicases are widespread ATP-driven enzymes that reshape RNA structures and RNA-protein complexes during many steps of RNA metabolism. In bacteria, DEAD-box RNA helicases support cellular growth and responses to stress by contributing to ribosome biogenesis, RNA degradation, and translation initiation. Growing evidence indicates that several DEAD-box RNA helicases can also form liquid-liquid phase-separated condensates that concentrate RNA and partner proteins. This behavior adds a new layer of control to RNA regulation, although the molecular factors that promote or tune liquid-l
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ribonucleases remodel RNAs to render them functional or to initiate their degradation. Our laboratory studies these pathways in detail using a variety of techniques, ranging from the isolation of RNAs in various RNase mutants to determine their implication in maturation or decay pathways by Northern blot, to proving their direct roles in RNA cleavage reactions using purified enzymes and in vitro-transcribed RNA. In this chapter, we provide in-depth protocols for the techniques we regularly use in the laboratory to assay RNase activity in vivo, with detailed notes on optimization of these metho
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования