Single-cell atlases of the tumor-immune microenvironment have defined numerous fine-grained immune cell states, but each study uses its own nomenclature and procedure for annotating cell types. Transferring annotations from a reference atlas to a query dataset is complicated by both batch effects and by the presence of query populations that the reference does not contain. Here we present scDIVA, a semi-supervised deep generative model that adapts the Domain Invariant Variational Autoencoder to scRNA-seq for fine-grained tumor-immune label transfer. Three encoders disentangle each cell's expre
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chemokines are well-recognized for orchestrating immune cell traffic between tissues via the blood and lymph, yet how they guide the formation of cellular neighborhoods and niches within inflamed tissues remains largely unknown. Here, we use spatial transcriptomics to comprehensively map the chemokine landscape in the chronic inflammatory environment of solid tumors. In murine models representing melanoma, sarcoma, and carcinoma, we identify conserved and tumor type-specific patterns for individual chemokines, including exclusive or preferential expression in tumor core versus stroma and disti
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Psoriasis (PsO) is a chronic immune-mediated inflammatory disease that progresses to psoriatic arthritis (PsA) in up to 30% of patients. The transition from localized cutaneous inflammation to systemic articular involvement represents a critical window for early intervention; however, accurately predicting which patients will develop PsA remains a significant clinical challenge. Growing evidence highlights immunometabolic dysregulation as a central driver of this systemic shift. The progression from PsO to PsA is fueled by a complex interplay between immune dysregulation-centered on the IL-23/
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
With widespread use of mice (Mus musculus) in immunological research, understanding baseline immune variation between mouse models is critical. While peripheral blood immune profiles have been well-defined, strain- and sex-specific differences in leukocyte composition across other tissues remain poorly characterized. Here, we performed flow cytometric immunophenotyping of 19 leukocyte subsets and 3 T cell memory phenotypes in the blood, bone marrow, liver, spleen, and lymph nodes of seven strains of naïve adult male mice: Balb.b, BALB/c, BALB/c Ly5.1, C57BL/6J, C57BL/6J Ly5.1, BALB/c:B6J (F1),
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CD39 (ENTPD1) occupies a paradoxical position in the immunology of solid tumours. On CD8+ tumour-infiltrating lymphocytes (TILs), its surface expression serves as one of the most reliable available markers of genuine tumour-antigen experience and identifies the clonally expanded tissue-resident and cytolytically competent T cells, that are largely absent from the bystander populations, which are specific for tumour-unrelated antigens and numerically dominate many tumour infiltrates. Yet the same enzymatic activity that defines CD39, the hydrolysis of extracellular ATP (eATP) to AMP, directly f
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Juvenile idiopathic arthritis (JIA) is a common inflammatory rheumatic disease of childhood, yet the mechanisms driving immune activation in affected joints remain unclear. In this study, we analyzed synovial fluid (SF) immune cells from patients with JIA using two complementary methodologies, single-cell multiomics and flow cytometry. SF displayed a markedly altered immune landscape compared with blood. Both myeloid and plasmacytoid dendritic cells were enriched in SF, and SF monocytes exhibited signs of macrophage differentiation. B cells were strikingly rare in SF, and the few B cells prese
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Melatonin is a pineal-derived neuroendocrine hormone with pleiotropic actions on tumor biology and immune regulation. Although exogenous melatonin has been reported to exert antitumor and immunomodulatory effects, whether these actions depend on an intact endogenous pineal melatonin background remains unclear. In particular, the role of endogenous melatonin in conditioning chemokine-mediated antitumor effects has not been defined.
METHODS: A male mouse gastric cancer model was used to investigate the interplay between endogenous and exogenous melatonin in tumor growth, immune infi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Bronchial asthma is a prevalent chronic inflammatory disorder of the airways, with children representing a particularly vulnerable population. Early intervention is critical for the management of pediatric asthma. The pathogenesis of asthma is primarily characterized by a Th2-immune response that drives excessive secretion of inflammatory cytokines, leading to allergic airway inflammation. Emerging evidence indicates that gut microbiota-derived metabolites modulate immune cells and influence asthma development and progression. Among these metabolites, indole derivatives with immuno
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study aimed to investigate the molecular interaction between PD-L1 (CD274) and members of the dual-specificity phosphatase (DUSP) gene family (DUSP1, DUSP2, DUSP4, DUSP6, and DUSP10) in gastric adenocarcinoma (GC) using integrated bioinformatic and experimental approaches. Bioinformatic analyses based on UALCAN, GEPIA, TIMER 2.0, and STRING databases revealed significant dysregulation of PD-L1 (CD274), DUSP2, DUSP4, DUSP6, and DUSP10 in tumor tissues, while DUSP1 was downregulated. Gene expression patterns were associated with tumor stage and patient prognosis. Promoter methylation analys
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RATIONALE: Lymphangioleiomyomatosis (LAM) is a rare disease characterized by the proliferation of neoplastic smooth muscle-like cells in women. The role of the immune system in LAM progression is unclear.
OBJECTIVES: Investigate the influence of T cells on TSC2null smooth muscle cell behaviour at cellular and transcriptome levels.
METHODS: Archival LAM and control lung tissues were compared by gene profiling with NanoString analyses where elevated CD8 T cell accumulation was observed in LAM vs. control tissues. Acknowledging the limited translational potential of animal models, a human T cel
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Breast cancer liver metastasis (BCLM) represents a major clinical challenge. Characterizing the differences between primary and metastatic tumors could help identify therapeutic targets for preventing and treating metastasis. Through single-cell transcriptomic sequencing of matched primary tumors and BCLMs from 13 treatment-naïve patients, we uncovered a fundamental paradox in metastatic progression: BCLMs exhibited a highly immune-infiltrated microenvironment characterized by cytotoxic T cell expansion, inflammatory macrophage polarization, and depletion of regulatory T cells, yet they succes
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tissue-resident immunity constitutes a first line of defence against pathogens and enables rapid innate and adaptive memory responses1-3. However, experimental studies have been hindered by a lack of holistic human in vitro models that enable epithelial infection in the context of tissue-resident immune subsets. In lung, differing notions of transient versus sustained residency of tissue-resident memory T cells (TRM cells) have challenged the extent to which anamnestic recall immunity to respiratory pathogens occurs locally or in concert with secondary lymphoid organs4-6. Here we generated lon
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
γδ T cells have an unconventional biology as they develop as functional cells in the thymus, to thereafter adapt to postnatal cues and persist into adulthood in peripheral blood. Single-cell transcriptomics enables investigation of underlying molecular programs of γδ T cell effector functions in health and disease. However, the effect of age is often underestimated, and control transcriptome datasets of young healthy individuals are rare. Here, we generate a cost-effective single-cell transcriptomic reference of peripheral blood γδ T cells (106,711 cells) from 223 individuals from 1 year to 90
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Persistent HIV-1 latency in long-lived CD4⁺ T-cell reservoirs remains a major obstacle towards viral eradication. Current antiretroviral therapy (cART) exhibits limited clinical efficacy, highlighting the need for new therapeutic interventions. Here, we identify the CDK12/CDK13-Cyclin K (CCNK) complex as a regulator of HIV-1 latency. Pharmacological inhibition of CDK12/CDK13-CCNK with the SR-4835 inhibitor robustly reversed HIV-1 latency in the absence of additional stimuli, both in T cell models and in primary CD4⁺ T cells from people living with HIV-1 receiving cART. Targeting of CDK12/CDK13
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Currently, no immunotherapy is approved for T cell acute lymphoblastic leukemia (T‑ALL). High initial response rates to CD7‑directed chimeric antigen receptor (CAR) T cells are limited by profound T cell aplasia and CD7‑negative immune escape, underscoring the need for alternative targets. Here, we show that CD28 is overexpressed on T‑ALL blasts from children and adolescents compared with lymphoid progenitors from healthy donors and is uniformly upregulated in nodal T-follicular helper cell lymphomas (nTFHL-AI, nTFHL-F). Using CRISPR/Cas9-mediated CD28 knockout to prevent fratricide, we genera
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: This study was evaluated the impact of Mesobuthus eupeus (M. eupeus) whole venom and its derived fractions on the expression levels of immunomodulatory and functional factors of mesenchymal stem cells (MSC) and their capacity to induce regulatory T cells (Treg) through small extracellular vesicle (sEV) mechanisms.
MATERIALS AND METHODS: Human umbilical cord-derived MSCs (UC-MSC) from a single healthy full-term mother were treated over a 24-h period with 100 μg/mL of whole venom (WV), F1, F2, F3, and F4 fractions, separately (in triplicate). Then, the expression of Galectin1, Gal
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Poly (ADP-ribose) polymerase inhibitors (PARPis) have improved outcomes of BRCA-associated breast cancer; however, treatment-related toxicity remains a major clinical challenge. Currently approved PARPis broadly inhibit multiple members of the PARP protein family. However, preclinical studies suggest that inhibition of PARP1 alone is sufficient to drive antitumor efficacy. In contrast, inhibition of PARP2 has been implicated in hematological toxicities seen in patients receiving PARPi therapy. Therefore, selectively inhibiting PARP1 may reduce toxicity for patients. Here, we charac
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Late-stage non-small cell lung cancer (NSCLC) is rarely curable1, underscoring a need to intervene earlier in the disease process. Growing evidence suggests that antitumour T cell responses are mounted but become progressively dysregulated during early tumorigenesis2,3. Tracking and targeting preinvasive T cell regulation may inform new approaches to detect and intercept lung cancer development. Here we explore how the T cell network is remodelled during NSCLC development via multi-omic, cross-tissue immune profiling in patients with preinvasive lung lesions surveilled by autofluorescence bron
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chronic placental inflammation (CPI), an umbrella term encompassing chronic chorioamnionitis, chronic villitis, and chronic deciduitis, is associated with preterm birth (PTB), yet its cellular and molecular determinants across gestation remain poorly defined. Here, we constructed an integrated multiomic atlas of CPI by profiling placental and extraplacental tissues from preterm and term pregnancies using imaging mass cytometry, single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics, and T cell receptor (TCR) repertoire mining. CPI emerged as a gestational age-dependent immune continuum rather tha
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tolerogenic dendritic cell (tolDC) vaccines are a promising antigen-specific therapy for multiple sclerosis (MS), yet their efficacy is limited by poor homing to secondary lymphoid organs and rapid loss of the tolerogenic phenotype in native inflamed lymph nodes. Here, we developed a 3D-printed tolerogenic artificial lymph node (tol-aLN) that creates a protected immune niche for durable tolerance induction. tolDCs were loaded onto a porous gelatin methacrylate scaffold engineered for sustained C-C motif chemokine ligand 21 (CCL21) release, recruiting naïve CD4+ T cells and shielding tolDCs fro
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования