Altered metabolism is a hallmark of cancer, where rewiring of cellular metabolic pathways is essential for tumor initiation, support of rapid proliferation, and adaptation to new metastatic sites. Metabolomics has emerged as a powerful tool to comprehensively characterize the metabolome of cancers and holds promise to transform understanding of how oncogenes can drive tumorigenesis and metastasis, identify cancer-specific metabolic dependencies, and provide novel therapeutic opportunities. This chapter describes methods to extract metabolites from Ewing sarcoma (EwS) cells grown in 2D or 3D cu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Three-dimensional (3D) in vitro models provide a physiologically relevant platform that more accurately recapitulates tissue architecture, cell-cell and cell-extracellular matrix interactions, and the physical microenvironment than traditional two-dimensional (2D) cultures. In particular, these models reproduce metabolic gradients, including oxygen and nutrient availability, enabling more precise investigations of cellular metabolism. This chapter describes two methods to grow Ewing sarcoma cell lines as 3D spheroids using physiological media, as well as the collection of spheroids in bulk or
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Subcutaneous murine xenograft models are one of the most commonly used in vivo experimental methods in the cancer research field. Due to the lack of syngenic animal models for Ewing sarcoma, subcutaneous murine xenograft models currently offer the simplest way to investigate antineoplastic effects of therapeutics or biological functions of target genes in vivo. In this chapter, we describe in detail a widely used procedure for subcutaneous injection in mice, focusing on the specific characteristics of Ewing sarcoma cell lines.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
By directly implanting patient tumor cells into mice in a relevant location, we can mimic both the biology and tumor microenvironment of the original tumor. Here, we describe the process of generating an orthotopic patient-derived xenograft model by injecting a single cell suspension of Ewing sarcoma cells into the femur of a recipient mouse.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Orthotopic models are based on the implantation of tumor cells directly into the organ of origin, which allows interaction between the cells and the surrounding host tissues. Here, we describe a modified version of an orthotopic model that closely recapitulates the steps required for metastasis development in Ewing sarcoma: tumor cells are injected into the calf muscles of the mouse, and once the tumor reaches a certain volume, the muscles containing the tumor are surgically resected. This procedure involves a nonaggressive surgery of the muscle, which allows for the survival of the mouse duri
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Colony formation assays enable an assessment of the cells' ability to grow in colonies under in vitro conditions. Following the seeding and an incubation period, the cell colonies are stained using a crystal violet staining solution, and the resulting colonies are imaged and assessed. This method can be leveraged to investigate the effect of genetic modifications or the application of different drug compounds on colony growth. Here, we describe a protocol applied to Ewing sarcoma cell lines, as well as possible modifications.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Analytical chemistry, and particularly mass spectrometry (MS), plays a central role in the molecular characterization of biological and environmental samples. These data are essential for understanding the molecular mechanisms underlying healthy aging, disease onset and progression, and the complex chemical composition of environmental systems. Over the past decades, MS has undergone unprecedented technological advancements. Current state-of-the-art instruments enable the thorough characterization of deep proteomes at the single-cell level and achieve comprehensive coverage of metabolites and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene expression and knockdown systems are powerful tools for studying the function of single genes and their interactions within pathways. Plasmid transfection and viral transduction have revolutionized the field of molecular biology and paved the way for various gene-editing strategies such as TALEN, Zink finger nucleases, and ultimately CRISPR. In Ewing sarcoma (EwS), almost as many genes are repressed by the expression of EWSR1-FLI1 as are upregulated by the fusion oncogene. Here, we present a useful point-by-point protocol for generating transgene expression systems in EwS that allow (cond
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CRISPR-based technologies have transformed experimental biology by enabling precise, efficient, and programmable manipulation of the genome and epigenome. This chapter provides a comprehensive and practical guide to genetic and epigenetic editing using CRISPR technology, with a particular focus on applications in Ewing sarcoma cell models. We describe strategies for CRISPR-mediated gene knockout (CRISPR KO) via nonhomologous end joining (NHEJ), precise gene knock-in (CRISPR KI) through homology-directed repair (HDR), and reversible transcriptional modulation using CRISPR interference (CRISPRi)
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The EWSR1::FLI1 (EF1) chimeric transcription factor is pathognomonic in Ewing Sarcoma (EwS) and is often the sole oncogenic mutation harbored by EwS tumors. Disrupting the function of EF1 to study its role in tumor biology using small molecules has proven challenging. Here, we describe complementary strategies to incorporate inducible protein degrons into the endogenous EWSR1::FLI1 locus in patient-derived EwS cells. These systems enable precise control over the timing and level of EF1 protein abundance as well as downstream functional analyses.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tumor models allowing for the in vivo investigation of molecular mechanisms driving tumor progression and metastasis are important to develop novel strategies for cancer treatment. Unfortunately, for Ewing sarcoma, no adequate genetic animal models are currently available, although there is progress in zebrafish. Nevertheless, mouse xenotransplantation models are the state-of-the-art to model Ewing sarcoma in vivo. Here, we describe an alternative Ewing sarcoma xenotransplantation model in embryonic and larval zebrafish. This zebrafish model offers live imaging and easy compound testing opport
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The chorioallantoic membrane (CAM) assay provides a rapid, cost-effective, and ethically advantageous in vivo model to investigate tumor growth, angiogenesis, invasion, and metastasis. The CAM of the developing chicken embryo forms a highly vascularized and naturally immunodeficient environment that supports the implantation and proliferation of human or murine cells without the need for immunosuppression. This chapter presents a detailed and standardized protocol for performing tumor xenografts and metastasis analyses on the CAM, including optimized conditions for egg handling, embryo viabili
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ewing sarcoma (EwS) is a paradigmatic fusion-driven cancer in which oncogenic FET::ETS transcription factor fusions orchestrate complex regulatory, epigenomic, transcriptional, and proteomic programs. Despite extensive molecular profiling, biological insight, and translational progress, EwS are strongly shaped by how data are generated, structured, and shared across heterogeneous initiatives. Fragmented cohorts, uneven molecular depth, and limited longitudinal sampling influence both integrative analyses and systems-level interpretation. This chapter is organized around this structural reality
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Developing new effective therapies for Ewing sarcoma (EwS) is crucial to improving patient outcomes, especially in cases of metastatic or recurrent disease. In various stages of drug discovery and especially early preclinical development, cell viability assays are often used to assess the antitumor efficacy of compounds of interest. Here, we review and provide guidelines for the application of resazurin- and ATP-based cell viability assays for drug sensitivity screening in EwS. This includes dose-response drug screening to identify metrics such as potency and to compare sensitivity across mult
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Advances in data acquisition tools, particularly mass spectrometry-based techniques, have made high-throughput methods like proteomics and phosphoproteomics increasingly accessible. However, the volume and complexity of the data require specialized computational tools for analysis and interpretation to extract meaningful insights. Here, we describe the use of rROMA software to analyze pathway and kinase activity in proteomic and phosphoproteomic datasets. rROMA is an open-source package available on Github at: www.github.com/sysbio-curie/rROMA . As a case study, we applied rROMA to breast canc
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Reporter gene assays allow for examining the influence of regulatory DNA sequences on the transcription of target genes. In Ewing sarcoma, the study of these DNA sequences is paramount because the disease's main driver mutation is a fusion transcription factor that binds distinct motifs compared with its wild-type constituents. Here, we describe a workflow for analyzing the enhancer activity of regulatory DNA sequences using transfection-based dual-luciferase reporter assays in Ewing sarcoma cell lines. To this end, we provide a protocol for cloning genomic sequences into a firefly luciferase-
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Regularly updated global estimates are needed to monitor progress in cervical cancer screening, a key pillar of WHO's strategy to eliminate cervical cancer. We aimed to update estimates of cervical cancer screening coverage in 194 WHO member states and eight associated countries and territories for 2022, including the first global assessment of human papillomavirus (HPV) test-based screening adoption and roll-out.
METHODS: In this review and synthetic analysis, we used an established method to estimate standardised cervical cancer screening coverage in 2022. We used programme and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Hearing loss is associated with poorer health, depression, cognitive decline, and perhaps, with increased mortality risk. Whether hearing aids ameliorate this association is not well understood. We conducted a meta-analysis with a replication study to examine associations between hearing loss, current use of hearing aids, and mortality.
METHODS: Hearing threshold data, all-cause mortality, and cardiovascular disease (CVD)-related mortality (available across datasets) were analysed using individual participant data (IPD) meta-analysis of three combined population-based studies: Blu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Microscale thermophoresis (MST) is an innovative technique for quantitatively analyzing molecular interactions in free solution at the microliter scale, requiring only minimal sample volumes. It relies on the thermophoretic movement of molecules or molecule-ligand complexes along temperature gradients, enabling the sensitive detection of changes in size, charge, hydration shell, or conformation associated with binding events. This high sensitivity allows the determination of equilibrium dissociation constants in the nanomolar to micromolar range. In this study, MST was used to characterize int
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DEAD-box RNA helicases (DDXs) are a family of enzymes that participate in nearly all aspects of cellular RNA metabolism by remodeling RNA structures. Among them, DDX3X plays key roles in diverse physiological processes, including the translational regulation of gene expression, and its malfunction is frequently associated with the onset of disease. To elucidate the molecular mechanisms of DDX3X, solution nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy provides unique insights into its RNA-binding properties, dynamic behavior, and intermolecular interactions, complementing conventional structural
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования