Inferring gene module activity is key to understanding transcriptomic dysregulation in case-control studies. Most existing gene set analysis methods focus on differences between groups without considering the complex geometry of the data. We introduce GEDO, a graph and topology-based method that infers gene module activity through a transition score, quantifying the shift from healthy controls to diseased individuals. When applied to bulk RNA-seq data from Sjögren's disease patients and healthy controls (PRECISESADS cohort), and a breast cancer dataset from The Cancer Genome Atlas, GEDO was be
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Sjögren's disease is a systemic autoimmune disease characterised by secretory gland dysfunction that lacks effective systemic treatment. We aimed to replicate the findings of the RepurpSS-I trial and determine the efficacy and safety of leflunomide and hydroxychloroquine combination therapy as a first conventional treatment for Sjögren's disease.
METHODS: This randomised, placebo-controlled, double-blind, phase 2b trial (RepurpSS-II) was done at University Medical Center Utrecht, The Netherlands. Eligible patients were adults aged 18-75 years with an European Alliance of Associati
СтатьяРандомизированное исследованиеКлиническое исследование II фазыПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dry eye disease (DED) is a common complication following cataract-surgery, potentially impairing visual recovery. Low-level light therapy (LLLT) has emerged as a noninvasive approach to improve ocular surface status. This study evaluated the perioperative effects of LLLT on ocular surface modulation by correlating clinical outcomes with tear biomarker dynamics and developing predictive models to identify patients most likely to benefit from LLLT. Of the 98 patients initially randomized, 88 were included in the final analysis, with 44 allocated to the LLLT group and 44 to the sham treatment gro
СтатьяРандомизированное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Thrombocytopaenia, anasarca, fever, reticulin fibrosis, renal dysfunction and organomegaly (TAFRO) syndrome has been reported to be associated with anti-SS-A antibodies, which activate type I interferon (IFN) signalling. We propose a subclassification of TAFRO syndrome based on the anti-SS-A antibody status, with the aim of identifying effective treatment strategies.
METHODS: We reviewed TAFRO syndrome cases from the PubMed/MEDLINE databases from January 1977 to October 2024. The information on concomitant autoimmune diseases, the presence of anti-SS-A antibodies, serum IgG levels
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION/AIMS: Immune-mediated necrotizing myopathy (IMNM) is an autoimmune myositis which is characterized by severe muscle fiber necrosis and refractoriness to immunotherapies. Overlap between myositis and other autoimmune disorders is well-recognized; however, the coexistence of IMNM and Sjögren disease (SjD) is rare. We investigated the clinicopathological features of anti-signal recognition particle antibody-positive IMNM associated with SjD.
METHODS: We retrospectively reviewed previously reported cases and analyzed the clinical and pathological features of two patients: a 68-year-o
СтатьяКлинический случайПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Orbit is a complex and intricate structure composed of conical bony walls, globe, lacrimal apparatus, soft tissues, optic nerve and cranial nerves III to VI. High-resolution MRI delineates these delicate anatomical structures in orbit, and emerging radiologic techniques including cone beam CT and photon counting CT have shown potentials for added benefit in orbital imaging. Multiple different imaging modalities including US, CT, MRI, and PET play complementary roles; US excels in superficial structures; CT shines in bone assessment; MR offers better tissue characterization; PET can add biochem
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sjögren's disease (SjD) is an autoimmune disorder characterized by lymphocytic infiltration of exocrine glands. Although B cells producing anti-Ro60 autoantibodies are frequently found in salivary gland lesions, the antigen specificity of CD4+ T cells has remained unclear. Given accumulating evidence for T cell involvement in local autoantibody production, we comprehensively investigated Ro60 reactivity among lesion-infiltrating CD4+ T cells. Over 200 T cell receptors (TCRs) enriched in salivary glands from Japanese and Caucasian patients with SjD were screened using a TCR reporter system, ide
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Orofacial diseases are closely linked to systemic health, yet their genetic architecture and causal relationships remain incompletely understood. Here we show that integrative genomic analyses of 21 orofacial diseases in the UK Biobank, combining genome-wide, transcriptome-wide, rare variant association studies and Mendelian randomization, identify 48 novel loci and prioritize 160 putative causal genes. Among these, a synonymous variant in ALDH1A2 associated with periodontitis, encoding a key enzyme in retinoic acid synthesis, reduces translational efficiency, as shown by CRISPR-Cas9 editing.
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Sjögren's Disease (SjD) is a systemic autoimmune disease that is associated with a significant reduction in health-related quality of life (HRQoL). The goal of this study was to better understand HRQoL using a multi-national and rigorously defined SjD population according to 2016 ACR/EULAR classification criteria.
METHODS: The Outcome Measures in Rheumatology Clinical Trials (OMERACT) Sjögren's Disease Working Group conducted three regionally based focus groups (United States, Australia/China, the Netherlands) for adult patients with SjD who met classification criteria. The focus
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Dry eye is a common ocular surface disorder resulting from tear deficiency or excess tear evaporation. This protocol will be implemented for a study designed to determine the effectiveness of a mobile self-care application on objective clinical test results and subjective symptoms in patients with dry eye disease.
METHODS: The first stage will include the development of a mobile self-care application using the Python framework of Flask technology and SQLite database in the backend, and the Flutter framework of Dart for the bot technology in the front end. The second stage will be
СтатьяПротокол клинического исследованияПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pleomorphic adenoma of the lacrimal gland is a benign epithelial neoplasm and can rarely undergo cystic degeneration, mimicking other conditions with similar radiological findings. It commonly presents as a slow growing, painless mass in the outer upper eyelid, characterised by exophthalmos, ptosis, diplopia and reduced ocular movements. Here, we present one such case of a male in his mid-30s presenting with a painless, progressive fullness in the left upper eyelid with mild proptosis and restricted ocular movements which was initially suspected to be due to an underlying dermoid cyst owing to
СтатьяКлинический случайПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Lymphoid interstitial pneumonia (LIP) is a rare form of Interstitial Lung Disease (ILD), often associated with Sjögren Disease (SjD). However, the clinical-serologic characteristics of SjD-LIP remain poorly characterized. Our objective was to describe the clinical course and outcome of SjD-associated LIP and to compare this subgroup with other SjD-ILD patterns.
METHODS: SjD patients with High-resolution Computed Tomography (HRCT)-confirmed ILD followed in Pisa Rheumatology Unit (January 2019-November 2024) were retrospectively enrolled. ILD patterns were classified through multidi
СтатьяСравнительное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: To determine optimal cut-off values for first and average non-invasive tear break-up time (NIBUT-f and NIBUT-av, respectively) in dry eye disease (DED), as well as evaluate their correlation with other tests.
MATERIALS AND METHODS: This retrospective study included 46 patients with DED and 35 healthy controls. All subjects were assessed using the Ocular Surface Disease Index questionnaire. NIBUT measurements and meibography images were obtained using the Sirius topography device. The conventional diagnostic tests Schirmer-I, tear break-up time (TBUT), ocular surface staining (OSS)
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background and Objectives: Sjögren's disease (SjD) is a chronic autoimmune disorder in which the immune system attacks the glands that produce tears and saliva, leading to symptoms such as dry eyes and dry mouth. If left untreated, SjD can also cause inflammation and damage to other parts of the body, including the skin, lungs, kidneys, and nervous system, and increase the risk of developing lymphoma. The human leukocyte antigen (HLA) class II molecule HLA-DR3 is strongly associated with SjD. Materials and Methods: To investigate how post-translational modifications (PTMs) influence the presen
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ocular amyloidosis is rare, and lacrimal gland involvement is even more uncommon. We present a case of bilateral lacrimal gland enlargement, diagnosed as amyloidosis through histopathological examination. Further evaluation revealed elevated serum free light chains with a positive difference between involved and uninvolved free light chains in electrophoresis, whereas all other investigations showed no evidence of systemic involvement. Although systemic amyloidosis was not identified, the presence of abnormal free light chains necessitates careful longitudinal surveillance. To the best of our
СтатьяКлинический случайПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Mechanistic heterogeneity is a major obstacle to the development of effective treatment for Sjögren's disease, and there is a pressing need to stratify Sjögren's disease according to precision medicine principles. Aberrant activation of the type 1 interferon (IFN) pathway represents a leading candidate pathway, but a causal role of elevated IFNα in driving Sjögren's disease has yet to be established. We aimed to examine the role of IFNα in driving a Sjögren's disease endotype and relevance to precision medicine principles.
METHODS: We used data from the UK Primary Sjögren's Syndro
СтатьяМногоцентровое исследованиеНаблюдательное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: G protein-coupled receptors (GPCRs) participate in various pathophysiological processes in Sjögren's disease (SjD); in particular, autoantibodies against muscarinic acetylcholine receptor 3 (M3R) inhibit the secretion of saliva and tears by exocrine glands. We aimed to identify autoantibodies targeting other muscarinic receptors in SjD and assess their potential functional relevance to signalling pathways.
METHODS: Autoantibodies against all muscarinic acetylcholine receptor subtypes were investigated in the serum of patients with SjD (n = 347) using enzyme-linked immunosorbent as
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sjögren syndrome (SS), traditionally regarded as a sicca-predominant condition, is now recognized as a systemic autoimmune disease characterized by type I interferon activation, B-cell hyperactivity, and periepithelial lymphocytic infiltration. This conceptual shift has prompted changes in terminology, with "SS" increasingly replaced by "Sjögren disease (SjD)" and "secondary SS" by "associated SjD," reflecting the concept of polyautoimmunity and ensuring equal clinical standing. In this review, we trace the historical evolution of SS classification criteria and examine their limitations in rea
Полный текст найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: To evaluate the comparative value of traditional clinical features and novel immune-inflammatory indices in assessing disease activity in primary Sjögren's Disease (SjD), and to construct a robust classification model for moderate-to-severe disease activity using a machine learning approach.
METHODS: This cross-sectional study included 18,738 SjD patients from the Chinese Rheumatism Data Center (CRDC) multicenter prospective cohort. Spearman rank correlation and local polynomial regression (LOESS) were used to explore the relationship between systemic inflammatory indices and the
СтатьяМногоцентровое исследованиеСравнительное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RATIONALE: Ocular surface inflammation is a key component of dry eye disease (DED). Topical cyclosporine A (CsA) is commonly used to treat DED. However, uncertainty remains regarding its benefits and harms, despite extensive clinical evaluation. This updates a Cochrane review published in 2019.
OBJECTIVES: To assess the benefits and harms of topical CsA in the treatment of dry eye disease.
SEARCH METHODS: We used CENTRAL, MEDLINE, Embase, two other databases, and two trial registers, together with reference checking, to identify studies included in the review. The latest search date was 17 M
СтатьяСистематический обзорМетаанализПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования