Structural variants (SVs) are increasingly recognized as key drivers of bacterial evolution, yet their role has not been explored thoroughly. This is due to limitations in traditional short-read sequencing and linear reference-based analyses, which can miss complex structural changes. Tuberculosis (TB), a disease caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb), remains a major global health concern. In this study, we harness long-read sequencing technologies and genome graph tools to construct a Mtb pangenome reference graph (PRG) from 859 high-quality, diverse, long-read assemblies. To enable accu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prior and concurrent Mycobacterium tuberculosis infection are among the most important susceptibility factors for nontuberculous mycobacterial infection in Asia. Here we model this process in zebrafish with a primary Mycobacterium marinum infection followed by a secondary M. abscessus infection. We demonstrate preferential growth of secondary M. abscessus infection inside primary M. marinum granulomas. Granuloma-resident secondary M. abscessus is protected from macrophage-mediated immune control and antibiotic therapy. We find other opportunistic pathogens Mycobacterium smegmatis, Aspergillus
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Spinal infections (SI) are on the rise due to an aging population and the prevalence of more invasive procedures. This study aims to systematically review the microbiological spectrum of SI to enhance diagnostic accuracy and inform effective antibiotic treatment strategies. The last search was conducted on May 9th, 2024, from databases including EMBASE, PubMed, and Web of Science. The outcome variable is infection rate, and the detection method used should be blood culture, tissue culture, or molecular biology method. Two researchers independently extracted research data and evaluated its qual
СтатьяСистематический обзорМетаанализПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tuberculosis (TB), caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb), remains a global health threat with poorly understood immune mechanisms. This exploratory study employed single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) on peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from 3 active TB (ATB) patients and 2 healthy controls (HC) to dissect immune cell dysfunction and communication networks. Data were processed using CellRanger, Seurat, and Harmony for quality control, batch correction, and clustering, with cell types annotated via marker genes and SingleR. Functional analyses included cytotoxicity, antigen pres
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Adherence to tuberculosis (TB) treatment is essential in improving treatment outcomes and reducing TB-related mortality. People living with HIV (PLWH) are at a higher risk of developing and dying from TB. This systematic review aims to identify barriers and enablers affecting TB treatment adherence among people with HIV/TB coinfection.
METHODS: A systematic search of the literature was carried out in January 2023 across four databases including MEDLINE, EMBASE, CINAHL, and the Cochrane Database of Systematic Reviews. The search strategy incorporated both subject keywords and MeSH
СтатьяСистематический обзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The persistent spread of multiple drug-resistant tuberculosis (MDR-TB) is one of the most pressing and challenging issues facing the global TB control efforts. Standard first-line treatment for MDR TB is nearly ineffective for patients infected with strains of the disease that are resistant to isoniazid and rifampicin.
OBJECTIVE: To assess the magnitude of poor MDR-TB treatment outcomes among MDR-TB patients at the MDR-TB clinic, tertiary Hospital, Southwest, Ethiopia.
METHODS: A retrospective cross-sectional study was conducted at the MDR-TB clinic, Mattu Karl Comprehensive Spec
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mycobacterium tuberculosis (Mtb) is an intracellular pathogen responsible for tuberculosis (TB), a disease that remains the leading infectious cause of death worldwide. Several host cell proteins have been reported to play a significant role in regulating Mtb infection and replication. Among these, TRIM proteins are a large family of E3 ubiquitin ligases that have been described as being involved in host defence against Mtb, by controlling two important cellular processes: autophagy and the inflammatory response. Autophagy is a highly conserved cellular process deputed to the degradation of da
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate diagnosis of Bovine Tuberculosis (bTB) in cattle is important for success of eradication programmes, but the current reliance on the single intradermal comparative cervical tuberculin (SICCT) test is not achieving disease eradication in all jurisdictions, including Northern Ireland (NI). In this study, a novel Phagomagnetic separation (PhMS)-qPCR assay to rapidly detect viable Mycobacterium bovis in bovine blood samples was evaluated. A total of 149 heart blood samples were collected from cattle at exsanguination point of the slaughter line at a NI abattoir between June and August 202
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Plasmacytoid dendritic cells are essential immune system components, critical in antiviral and antibacterial defense. Although plasmacytoid dendritic cells are typically present in small numbers in the peripheral blood, bone marrow, and lymph nodes, their expansion within the lymph nodes accompanied by CD10 expression is a relatively uncommon phenomenon.
CASE PRESENTATION: A 54-year-old Chinese female had experienced recurrent lymphadenopathy for over 2 years. She was diagnosed with Mycobacterium chimaera infection more than 1 year before presentation, and her condition was assess
СтатьяКлинический случайПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The prevalence of tuberculosis (TB) in elderly populations is increasing, primarily due to age-related comorbidities that affect treatment tolerance and clinical outcomes.
AIM: This study investigated the incidence and types of adverse drug reactions (ADRs) in aging individuals with active pulmonary TB addressed by first-line anti-TB drugs and to assess their impact on clinical outcomes.
METHODS: A retrospective analysis was conducted on 375 elderly individuals with active pulmonary TB. The incidence and types of ADRs to anti-TB drugs were assessed, and quality of life (QOL) was
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Tuberculosis remains one of the world's deadliest infectious diseases. The pathophysiology of the two manifestations of Mycobacterium tuberculosis infection, pulmonary TB (PTB) and extrapulmonary TB (EPTB) is still not fully understood. Understanding the metabolic profile of both disease manifestations in patients is important for developing therapeutic approaches and molecular diagnosis.
OBJECTIVE: The current study aimed to elucidate differences in the gut metabolic profile of PTB and EPTB patients compared to healthy controls (HCs).
METHOD: We used an untargeted approach thr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mycobacterium tuberculosis (Mtb) remains an epidemiological concern due to heterogeneous outcomes in tuberculosis (TB) pathology and the lack of mechanistic understanding of early immune events. Type I interferons (IFNs) in TB are generally described as pathological. However, evidence also suggests a protective role in vaccination and adjunctive to chemotherapy. Understanding Type I IFN signaling in Mtb-host interactions is therefore critical as it is among the earliest signatures of progressive infection. Crosstalk between Type I and II IFN signaling during TB may also be key to disease outco
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Talaromyces marneffei (TM) is an opportunistic fungus causing life-threatening disseminated infections in immunocompromised individuals. While classically associated with HIV, TM is increasingly reported in HIV-negative patients, often misdiagnosed due to nonspecific manifestations. CASE PRESENTATION: A 38-year-old HIV-negative Chinese woman with a history of thyroid cancer presented with a three-month history of fever, cough, weight loss, and subcutaneous masses. Imaging revealed diffuse pulmonary nodules and osteolytic bone destruction. She was initially misdiagnosed with tubercu
СтатьяКлинический случайПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Spinal tuberculosis (STB), the most common bone and joint tuberculosis, often causes spinal deformity and impairs quality of life. While microRNAs (miRNAs) regulate various disease pathogenesis, their expression and function in STB remain poorly understood.
METHODS: 100 STB patients (observation group) from Ningxia Medical University Affiliated Hospital (Jan 2021-Dec 2024) and 100 healthy controls were enrolled. miRNA high-throughput sequencing of 3 samples per group identified differentially expressed miRNAs, validated via known STB signaling pathways. Real-time fluorescence quan
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Tuberculosis (TB) affects around 10 million people globally every year. The death rate from TB disease is substantial (almost 50%) if treatment is not received. In 2023, Sudan’s tuberculosis incidence is estimated at 134 cases per 100,000 population, with a 95% confidence interval of 125 to 145 cases per 100,000. The current tuberculosis mortality rate in Sudan is estimated at 25.0 deaths per 100,000 individuals. Several previous studies established an association between different cytokine genetic variants and TB across different ethnic groups. To our knowledge, no published studi
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alcohol consumption significantly exacerbates tuberculosis (TB) transmission and severity, creating a critical public health problem by increasing susceptibility and reducing treatment efficacy. To address this, our study develops a novel compartmental model that integrates, for the first time, the dynamics of distinct alcohol use patterns with TB disease progression and key interventions like alcohol protection and TB vaccination. The primary objective was to analyze this co-dynamic system and identify optimal control strategies. Using mathematical modeling, sensitivity analysis, and optimal
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIMS: The incidence of septic arthritis is rising due to an increase in joint surgeries and life expectancy. Limited data exist on the characteristics and risk factors associated with septic arthritis of the shoulder. This study aimed to describe the clinical characteristics and identify predictors of unfavourable outcomes in affected patients.
METHODS: This retrospective cohort study included patients aged > 19 years diagnosed with septic arthritis of the shoulder between June 2007 and June 2023 at a tertiary hospital in Korea. Patients who did not receive treatment at this hospital or had M
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Spinal tuberculosis is the most common form of extra pulmonary tuberculosis. While cervical involvement, known as cervical Pott's disease, has traditionally been considered rare, its incidence is increasing. However, comprehensive data on its clinical presentation, diagnostic methods, treatment options, and outcomes remain limited. This review consolidates evidence on cervical spine tuberculosis, offering insights into its epidemiology, therapeutic strategies, and outcomes.
METHODS: A systematic search of PubMed/MEDLINE and Google Scholar was conducted following the Preferred Repo
СтатьяСистематический обзорМетаанализПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Due to the higher prevalence of sputum scarce pulmonary tuberculosis (TB) and extrapulmonary TB among people with HIV compared to HIV-negative people, diagnosis of HIV-associated TB cannot rely solely on sputum-based methods. We estimated the TB diagnostic yield of urine Xpert MTB/RIF Ultra (Ultra) and its prognostic significance among inpatients with HIV.
METHODS: Adults admitted with HIV in Ghana between October 2019 and November 2021 were enrolled if they had a positive WHO 4-symptom screen, advanced HIV, or severe illness according to WHO criteria for people with HIV. Urine sa
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Failure to achieve sputum culture conversion after two months of treatment (M2) for pulmonary tuberculosis (TB) is associated with treatment failure. We aimed to identify the determinants of persistent culture-positive sputum at M2.
METHODS: We performed an ancillary study of the multicentric randomized trial FAST-TB, which enrolled adult patients with smear-positive rifampicin-susceptible pulmonary TB in France in 2014-2018.
RESULTS: Among the 203 patients enrolled in the FAST-TB study, 177 were evaluated at M2, including 104 with sputum culture: 82 (79 %) culture-negative, an
СтатьяМногоцентровое исследованиеРандомизированное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.