The interaction between the receptor binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike protein (S1) and human ACE2 receptor is essential for viral entry into host epithelial cells and a key target for drug discovery. Here, we describe the evolution of a threomer, a base-modified version of threose nucleic acid (TNA), that binds to the S1 protein and inhibits its interaction with ACE2. The aptamer was isolated by in vitro selection using a DNA display strategy that linked each TNA molecule to its encoding double-stranded DNA template. Following iterative cycles of selection and amplification, lead c
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Traditional protein design is fundamentally constrained by known sequences and folds. To break free from these limitations, we introduce a new alternative: designing proteins directly from plain-language specifications. To achieve this, we trained MP4, a transformer-based model that maps natural language prompts to protein sequences, on a dataset of 3.2 billion points and 138k tokens. In a benchmark of 96 prompts representing a wide array of functions and contexts, MP4 excelled by simultaneously improving on three key metrics: sequence realism, predicted fold quality, and alignment to the requ
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The strong cytotoxicity of wild-type CcdB limits its use as a counter-selection marker, as leaky expression can cause unintended cell death. Here, we report the rational engineering of a tunable CcdB variant with minimal basal toxicity while retaining inducible lethality. Using a structure-aware deep learning-guided strategy, we prioritized mutations predicted to alter CcdB-DNA gyrase binding energetics and experimentally identified variants with reduced basal toxicity and retained inducible killing. Targeted validation identified CcdB_L96P, which significantly reduces basal toxicity while pre
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Despite phospholipid backbone divergence between Archaea (ether-isoprenoid/glycerol-1-phosphate membranes) and Bacteria/Eukarya (ester-fatty acid/glycerol-3-phosphate membranes), known as the "lipid divide", inositol headgroups are conserved across all domains. Inositol lipids from thermophilic archaea form exceptionally stable liposomes but are difficult to obtain at scale. Here, we engineered eukaryotic Saccharomyces cerevisiae for heterologous biosynthesis of unsaturated archaetidylinositol, revealing unexpected promiscuity of endogenous yeast enzymes toward archaeal substrates. Metabolic e
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Polyhydroxyalkanoates (PHAs) are bio-based polyesters with the potential to replace petroleum-based products. However, their thermal and mechanical properties are limited by the composition of the monomers used to make them. Current approaches to expanding monomer diversity require individualized pathway engineering for each targeted monomer, limiting the scalability of PHA design. In this work, we establish polyketide synthases (PKSs) as a modular and programmable platform for expanding PHA monomer diversity with variable chain length and branching. Using Pseudomonas putidaas a host, we integ
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cell-free gene expression in microcompartments constitutes a chassis for biotechnology and synthetic biology. Protein synthesis from low DNA concentrations, including a single copy per compartment, is essential for in vitro evolution of biomolecules and synthetic cells. However, insufficient protein yields from typically subpicomolar DNA inputs result in undetectable signals or inadequate activity of desired protein functions. Here we identify and largely mitigate yield-limiting bottlenecks of reconstituted in vitro transcription and translation (IVTT) at low DNA input. Systematic comparison o
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aromatic polyester microplastics are derived from a special type of engineering plastic. Therefore, effective management requires reliable qualitative discrimination and accurate quantitative detection, rather than simply measuring total microplastic concentrations. To address this challenge, we developed a cascading fluorescence sensing platform based on the sequential dual-enzyme mimicry of magnesium-iron layered double oxide (MgFe LDO) nanozymes. MgFe LDO first hydrolyzes aromatic polyesters into terephthalic acid (TPA), which is subsequently hydroxylated via its peroxidase-mimicking activi
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study presents the assembly of multiple CRISPR/Cas12a units by target-induced hybridization chain reaction (HCR), which is capable of highly sensitive electrochemical detection of target miRNA. The confinement effect of the HCR/Cas12a system is demonstrated, which shows significantly improved cleavage compared with the single Cas12a unit. The tetrahedral DNA nanostructure on the surface of the electrode supports the substrate for cleavage, which possesses the merits of excellent reactivity and accessibility. Because of the dual signal amplification, a low limit of detection down to 2.1 aM
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Analysis of low-abundance single-base mutations remains technically challenging because of the difficulty in distinguishing minor sequence variations from wild-type backgrounds. Herein, we report a self-locking DNAzyme (SLOD) biosensor that suppresses spontaneous activation through a thermodynamically stabilized intramolecular inactive conformation. Unlike conventional hairpin DNAzymes that rely on direct target-induced activation and often exhibit limited capability for single-base discrimination, the proposed SLOD platform operates through a decoupled mechanism in which single-base mutation
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sequence-specific detection of double-stranded DNA (dsDNA) under physiological conditions remains challenging because the complementary strand is inaccessible to conventional oligonucleotide probes, often requiring thermal denaturation or protein-assisted strand separation. Here, we developed a binary DNAzyme (BiDz) sensor for sequence-specific dsDNA detection at 37 °C. While the all-DNA BiDz failed to recognize dsDNA efficiently, incorporating alternating locked nucleic acid (LNA)/DNA residues into the analyte-binding arms enabled efficient strand invasion and markedly improved signal generat
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The catalogue of chemical modifications on DNA and RNA─from 5-methylcytosine (5mC) and its oxidized derivatives (5hmC, 5fC, 5caC), through oxidative damage lesions (8-oxoguanine, thymine glycol, FapyG, 5-hydroxyuracil), to the RNA epitranscriptomic mark N6-methyladenosine (m6A)─has outpaced our mechanistic understanding of how proteins read, write and erase these marks. Structural biology reveals a striking convergence: DNA glycosylases (UDG, hOGG1, TDG, AAG, MutY, NEIL, NTH1), methyltransferases (DNMT1, M.HhaI), TET dioxygenases and the m6A erasers FTO/ALKBH5 all employ a shared base-flipping
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The presence and persistence of pesticides represent a concern for public health due to their potential activity as endocrine disrupting chemicals (EDCs) by interfering with hormone synthesis and signaling, leading to severe effects on human well-being. This work investigates the activity of a series of pesticides detected in Italian surface and groundwater on two key molecular targets of the endocrine system: human aromatase (CYP19A1), responsible for the conversion of androgens into estrogens, and estrogen receptor α (ERα), essential for the estrogen-induced signaling pathway. Out of the eig
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The ultrafast recombination of plasmon-generated hot carriers (within ∼100 fs) has long prevented their productive use in catalysis. Here, we show that a DNA corona coated on gold nanorods (AuNRs) overcomes this barrier through chemical interface damping (CID): hot electrons generated by longitudinal plasmon excitation transfer directly into the DNA layer, creating charge-separated states that drive long-range catalysis within the corona phase. Using three complementary single-particle techniques, single-particle force spectroscopy, single-particle scattering spectroscopy, and single-particle
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
2-Deoxy-D-ribose-5-phosphate aldolase (DERA) is a useful biocatalyst, but its application is limited by poor thermostability. Here, a flexibility-guided engineering strategy was applied to Escherichia coli DERA (EcDERA) to improve thermostability while retaining catalytic performance. Molecular dynamics simulations were used to identify flexible regions for mutation design. Among the variants tested, D26P/Y233F showed the best overall performance. Its half-life at 60 °C increased from 103 to 363 min (3.5-fold), and its specific activity increased by 60.9% (17.28 vs 10.74 U·mg-1) compared with
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fungi relevant to food systems and biotechnology differ in physiology, yet their condition-specific intracellular proteomes have rarely been compared using a common workflow. We hypothesized that harmonized extraction and data-independent acquisition mass spectrometry would reveal distinct functional signatures across Trichoderma reesei, Pichia guilliermondii, and Hericium erinaceus. Overall, 199, 889, and 1456 proteins were identified, respectively, revealing species-associated differences in protein biosynthesis, bioenergetics, redox metabolism, carbohydrate catabolism, proteostasis, and RNA
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To discover novel fungicides, four series of oxadiazole-containing perillaldehyde derivatives bearing hydrazide/amide moieties were designed, synthesized and evaluated for antifungal activity against seven phytopathogens. Among them, a perillyl-1,3,4-oxadiazole-hydrazide derivative 6d exhibited the strongest activity against Monilinia fructicola (EC50: 0.10 mg/L), outperforming bixafen and carbendazim, and it displayed a favorable safety profile toward nontarget plants and animals. In vivo assays showed that 6d provided outstanding protective and curative effects on M. fructicola-infected peac
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
S-Allyl-l-cysteine (SAC) is a bioactive organosulfur compound from aged garlic that has attracted considerable interest for its health-promoting properties. Here, we developed a channel-guided engineering strategy to enhance SAC biosynthesis using the β-subunit of tryptophan synthase (TrpB). Genome mining guided by channel similarity-identified a thermostable Thermotoga maritima TrpB (TmTrpB) as a suitable scaffold with intrinsic activity toward allyl mercaptan. Engineering the tunnel-lining residues yielded a beneficial mutation, TmTrpB4T, which increased SAC production by 2.5-fold compared w
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To reduce chemical consumption in lignocellulosic biorefinery, we developed a densification pretreatment using Fenton's reagent followed by autoclave treatment (DLCA(ft)). This method integrates mechanical densification with catalytic oxidation. It reduces chemical dosage to an ultra-low 0.0289 g/g biomass, far below that of conventional oxidative pretreatments. Multi-scale characterization revealed that this method effectively disrupted the lignin-carbohydrate matrix without severe delignification, significantly enhancing biomass porosity and enzymatic digestibility. Consequently, DLCA(ft) pr
СтатьяОценочное исследованиеПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protoporphyrinogen oxidase (PPO) is a well-established target for herbicide discovery. However, the development of new PPO inhibitors featuring novel scaffolds remains highly desirable to address herbicide resistance and improve application performance. In this study, a scaffold-hopping strategy was employed to incorporate a benzoxazole motif into pyrimidinedione-based PPO inhibitor frameworks, leading to the design and synthesis of a series of benzoxazole-pyrimidinedione hybrids. Among the synthesized compounds, XII07 and XII08 showed herbicidal activity against selected dicotyledonous and mo
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Natural products are an important source of lead compounds for novel pesticide discovery. In this study, we investigated the phytotoxicity and mode of action of the phenolic natural product apocynin. Chlorophyll fluorescence analysis indicated that apocynin induces leaf lesions by blocking photosystem II (PSII) electron transport beyond the primary quinone acceptor QA. Molecular docking and isothermal titration calorimetry (ITC) identified the D1 protein as the molecular target of apocynin, pinpointing His215 and His272 as critical binding residues. Guided by this interaction model, we designe
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования