RNA helicase DHX9 is a multi-functional protein governing transcriptional modulation, RNA processing, R-loop balance, and genome stability. SUMOylation is a post-translational modification that adds a critical regulatory layer to protein function by diversifying subcellular localization, stability, enzymatic activity, and protein-protein interactions. This protocol describes a basic but detailed approach for the analysis of DHX9 SUMOylation. We demonstrate that accurate site identification, specifically at Lysine 120 (K120), is the prerequisite for defining the molecular mechanism of this modi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ribonucleases can cleave RNAs internally in endoribonucleolytic mode or remove one nucleotide at a time from either the 5' or 3' end through exoribonuclease action. To show the direct implication of an RNase in a specific pathway of RNA maturation or decay requires the setting up of in vitro assays with purified enzymes and substrates. This chapter complements the previous Chap. 24 on assays of ribonuclease action in vivo by providing detailed protocols for the assay of B. subtilis RNases with prepared substrates in vitro.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present Seg-TTO, a novel framework for zero-shot, open-vocabulary semantic segmentation (OVSS), designed to excel in specialized domain tasks. While current open-vocabulary approaches show impressive performance on standard segmentation benchmarks under zero-shot settings, they fall short of supervised counterparts on highly domain-specific datasets. We focus on segmentation-specific test-time optimization to address this gap. Segmentation requires an understanding of multiple concepts within a single image while retaining the locality and spatial structure of representations. We propose a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fibrillarin is an evolutionarily conserved methyltransferase found in Archaea, algae, yeast, animals, and plants. It catalyzes the 2'-O-methylation (2'-O-Me) of ribosomal RNAs (rRNAs), small nucleolar RNAs (snoRNAs), small nuclear RNAs (snRNAs), and transfer RNAs (tRNAs) as well as the glutamine methylation (Qme) in histone H2A. Fibrillarin interacts with specific accessory proteins and snoRNA guides to perform 2'-O-Me, although it can also act independently in the case of Qme. Additionally, fibrillarin has been reported to exhibit ribonuclease activity and interact with long non-coding RNAs t
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DEAD-box RNA helicases are widespread ATP-driven enzymes that reshape RNA structures and RNA-protein complexes during many steps of RNA metabolism. In bacteria, DEAD-box RNA helicases support cellular growth and responses to stress by contributing to ribosome biogenesis, RNA degradation, and translation initiation. Growing evidence indicates that several DEAD-box RNA helicases can also form liquid-liquid phase-separated condensates that concentrate RNA and partner proteins. This behavior adds a new layer of control to RNA regulation, although the molecular factors that promote or tune liquid-l
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ribonucleases remodel RNAs to render them functional or to initiate their degradation. Our laboratory studies these pathways in detail using a variety of techniques, ranging from the isolation of RNAs in various RNase mutants to determine their implication in maturation or decay pathways by Northern blot, to proving their direct roles in RNA cleavage reactions using purified enzymes and in vitro-transcribed RNA. In this chapter, we provide in-depth protocols for the techniques we regularly use in the laboratory to assay RNase activity in vivo, with detailed notes on optimization of these metho
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Linking sensor molecules (e.g., antibodies) to an AFM tip converts it into a biosensor by which single target molecules (e.g., antigens) can be detected and localized on the sample surface. Moreover, the mechanism of interaction can be studied by force spectroscopy if purified target molecules are linked to an ultra-flat surface, such as mica or silicon (nitride). Rapid imaging of the binding sites and force spectroscopy studies are greatly facilitated if 6-10 nm long polyethylene glycol (PEG) chains are used as flexible tethers between the sensor molecule and the tip. Here, we describe a set
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Regularly updated global estimates are needed to monitor progress in cervical cancer screening, a key pillar of WHO's strategy to eliminate cervical cancer. We aimed to update estimates of cervical cancer screening coverage in 194 WHO member states and eight associated countries and territories for 2022, including the first global assessment of human papillomavirus (HPV) test-based screening adoption and roll-out.
METHODS: In this review and synthetic analysis, we used an established method to estimate standardised cervical cancer screening coverage in 2022. We used programme and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Medical implants are frequently used to treat musculoskeletal and dental conditions, with titanium materials standing out for their high biocompatibility. Atomic force microscopy (AFM), as an imaging and force spectroscopy tool, has emerged as a valuable technique to investigate cell-implant interactions at the nanoscale level. Here, we describe different AFM-based methodologies for the structural and nanomechanical characterization of titanium-based materials to be used as implant scaffolds in tissue engineering. These new applied methodologies may help on validating the osteointegrative pote
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transcriptional fusions to the lacZ gene from Escherichia coli can be used to study gene expression. Here, we describe protocols for using a miniTn5 derivative to generate random insertions of the lacZY operon in the genome of Salmonella enterica serovar Typhimurium, to analyze the expression of transcriptional lac fusions under different conditions, and to identify the genomic location of some fusions.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Analyses of virulence functions of Salmonella enterica demand generation of plasmids for complementation of mutated genes, expression of tagged alleles of effector proteins of the type III secretion systems, or fusions to reporter genes for investigation of regulation of expression, or protein localization and fate after translocation into host cells. Here, a simple and versatile approach for generation of plasmids from modular DNA fragments is described. The Modular Cloning approach is based on Gibson assembly and uses standardized overlap sequences that enable various combinations and reuse
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The rise of multidrug resistance (MDR) poses a significant challenge to global health, reducing the effectiveness of conventional antibiotics. The World Health Organization (WHO) classifies Salmonella as a priority pathogen due to its global burden in foodborne disease and the escalating threat of MDR strains. Bacteriophages (phages) are gaining attention as alternatives to traditional antibiotics. Their strict host specificity has potential applications in both therapeutic and food safety contexts. However, the first step toward practical application is the successful isolation of phages from
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Polymerase chain reaction (PCR) is a molecular-based technology that has revolutionized diagnostics and characterization of pathogens, thus affecting how we understand the disease landscape. This technology has been found amenable to application on various strategies for management and control of infectious diseases. The main advantage with PCR technologies, when applied optimally, is the high sensitivity, specificity, efficiency, and short-turn-around time for results, thus rendering the strategy attractive to researchers in infectious diseases and public health. In this chapter, we describe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Salmonella motility plays an essential role in environmental survival and virulence, enabling cells to access nutrients, colonize host tissues, evade host immune responses, and persist in diverse environments. These movements, driven by peritrichous flagella, allow bacteria to swim through liquids and swarm across surfaces, making motility a valuable phenotypic indicator in microbiological characterization. This chapter describes quantitative protocols for assessing swimming and swarming motility on semisolid agar media. Procedures include media preparation, culture standardization, bacterial
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Atomic force microscopy (AFM) is not only a high-resolution imaging technique but also a sensitive tool able to study biomechanical properties of biosamples (biomolecules, cells) in native conditions-i.e., in buffered solutions (culturing media) and stable temperature (mostly 37°C). Micromechanical transducers (cantilevers) are often used to map surface stiffness geometry, elastic, and contact parameters of living cells; however, they can also be used to monitor time course of dynamic forces (beating), their rate, and other biomechanical properties of cardiomyocyte contractility. Here we descr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AlphaFold 3 (AF3) extends deep learning-based structural prediction beyond proteins to other biomolecules, but its reliability for RNA and protein:RNA complexes remains uncertain. This chapter examines AF3's applicability to these targets from both theoretical and practical perspectives. RNA differs fundamentally from proteins in ways that challenge AF3's framework: RNA structures are more conformationally heterogeneous and more condition-dependent. Furthermore, RNA-related training data in the Protein Data Bank are scarce and lack the diversity of protein data, limiting both structural predic
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: This study presents a structured narrative review of lower urinary tract (LUT) complications following prostate cancer (PCa) radiotherapy and proposes an organ-based clinical framework for their evaluation and management.
MATERIALS AND METHODS: A structured narrative review was conducted using PubMed/MEDLINE, Scopus, and Web of Science, including studies published between January 2000 and December 2025 and supplemented by seminal studies in radiation biology and reconstructive urology. Search terms included prostate cancer, radiotherapy, radiation cystitis, bladder dysfunction, ureth
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA remodeling proteins (RRPs) are key regulators of RNA metabolism, often exerting broad, pleiotropic effects on the cellular transcriptome. Deep RNA sequencing (RNA-seq) has become a standard approach for investigating these effects on a global scale, particularly for identifying patterns of differential gene expression or splicing associated with RRP activity. In this chapter, we outline best-practice guidelines for designing and executing RNA-seq experiments, integrating bench and computational steps into a rigorous workflow. Data generated through this process provide a strong foundation
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The 3'→5' RNA helicase YTHDC2 is a posttranscriptional regulator of gene expression in reproductive cells, where it is essential for the progression of meiosis. But a detailed understanding of its molecular mechanism is currently lacking. Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing is a well-established method for transcriptome-wide identification of the positions of protein-RNA interactions and has played a critical role in studies of RNA-binding proteins. In this chapter, we present an optimized protocol for performing YTHDC2 CLIP in mouse testes to id
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Stress granules (SGs) are cytoplasmic, membrane-less ribonucleoprotein (RNP) granules that form in response to cellular stress following the inhibition of translation initiation. Their assembly, composition, and crosstalk with processing bodies (P-bodies) are mediated by protein-protein, RNA-protein, and RNA-RNA interactions. DEAD/DEAH-box RNA helicases are key regulators of stress granules. Here, we present standardized protocols for (i) immunofluorescence of stress granule and P-body scaffold proteins and helicases, (ii) single-molecule RNA fluorescence in situ hybridization (smRNA FISH), an
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования