Infrared spectra of some unoriented films of DNA contained CrCl3, K2Cr2O7 and Cr2(SO4)3 have been obtained at relative humidities (r.h.) 0 to 93%. Chromium cations were shown to interact with phosphoric groups of DNA molecules. Cr2(SO4)3 or K2Cr2O7 content exceeds 0.1 Cr/P, the sugar-phosphate backbone of the double helix becomes irregular and nucleic bases unstacked, i.e. denaturation of DNA occurs. A very small amount of the salt, less than 0.01 Cr/P contained in DNA films prevents the conformational transition of the double helix from the B to A form induced by r.h. decreasing. The efficien
Аннотация на английскомСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ZBP1 senses foreign nucleic acids in the unusual, left-handed Z-conformation via binding through its Zα1 and Zα2 domains and initiates cell death pathways that enable viral clearance. dsDNA and dsRNA can adopt Z-conformations; however, both typically require chemical modifications or protein binding to induce Z-form conversion and stabilization. ZBP1 has been previously shown to bind and convert B-DNA to the Z-conformation and was assumed to be able to convert A-RNA as well, despite the lack of experimental validation. Here, we use NMR and other biophysical and biochemical experiments to chara
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Extracellular vesicles (EVs) contain cell-type-specific signatures and have been proposed as biomarkers in various diseases. However, due to their small dimensions, quantification and size distribution, the biophysical characterization of these particles is challenging and still controversial. The diffraction-limiting effect limits acquiring spectral data on EV samples in the mid-IR range, making it impossible to capture images and spectra at the nanoscale by conventional vibrational spectroscopy methods. Here, we employed atomic force microscopy-infrared nanospectroscopy (AFM-IR) technique to
СтатьяСравнительное исследованиеПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In all organisms adenylate kinases (Adks) play a vital role in cellular energy metabolism and nucleic acid synthesis. Due to differences in catalytic properties between the Adks found in prokaryotes and in the cytoplasm of eukaryotes, there is interest in targeting this enzyme for new drug therapies against infectious bacterial agents. Here we report the 2.1A resolution crystal structure for the 220-residue Adk from Burkholderia pseudomallei (BpAdk), the etiological agent responsible for the infectious disease melioidosis. The general structure of apo BpAdk is similar to other Adk structures,
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Severe acute respiratory syndrome (SARS) is a highly contagious disease, caused by SARS coronavirus (SARS-CoV), for which there are no approved treatments. We report the discovery of a potent inhibitor of SARS-CoV that blocks replication by inhibiting the unwinding activity of the SARS-CoV helicase (nsp13). We used a Förster resonance energy transfer (FRET)-based helicase assay to screen the Maybridge Hitfinder chemical library. We identified and validated a compound (SSYA10-001) that specifically blocks the double-stranded RNA (dsRNA) and dsDNA unwinding activities of nsp13, with 50% inhibito
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nucleic acids are potent triggers for innate immunity. Double-stranded DNA and RNA adopt different helical conformations, including the unusual Z-conformation. Z-DNA/RNA is recognised by Z-binding domains (ZBDs), which are present in proteins implicated in antiviral immunity. These include ZBP1 (also known as DAI or DLM-1), which induces necroptosis, an inflammatory form of cell death. Using reconstitution and knock-in models, we report that mutation of key amino acids involved in Z-DNA/RNA binding in ZBP1's ZBDs prevented necroptosis upon infection with mouse cytomegalovirus. Induction of cel
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Scrapie, bovine spongiform encephalopathy (BSE), and the Creutzfeldt-Jakob disease (CJD) belong to a group of lethal neurodegenerative disorders in mammals. Prion diseases or transmissible spongiform encephalopathies (TSEs) are characterized by the accumulation of an abnormal isoform (PrPSc) of the host-encoded cellular prion protein (PrPC) in the brain. The infectious agent, the 'prion,' is believed to be devoid of informational nucleic acid and to consist largely, if not entirely, of PrPSc. The PrP isoforms contain identical amino acid sequences yet differ in their overall secondary structur
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A long member of the highly repeated long interspersed DNA family L1Md (for L1 in Mus domesticus) has integrated by transposition into a target site which lies between the two adult beta globin genes of mouse. DNA hybridization and nucleotide sequence analysis show that this target site, which is part of the single copy DNA flanking the globin genes, is interrupted by the L1 element in one chromosome but is uninterrupted in both allelic and ancestral chromosomes. Other large DNA rearrangements of the region between the two adult beta globin genes are also associated with these allelic chromoso
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Enterovirus D68 (EV-D68) causes severe respiratory diseases and acute flaccid myelitis (AFM), for which no licensed vaccines or therapeutics are currently available. Neutralizing antibodies (nAbs) block infection via binding capsid epitopes. This review summarizes the EV-D68 antigenic structure, nAb mechanisms (receptor blockade and conformational disruption), therapeutic prospects of nAbs, and vaccine progress (inactivated, virus-like particle [VLP], and nucleic acid). Key challenges, like antigenic drift and blood-brain barrier (BBB) penetration, are also highlighted to guide countermeasure
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Riboswitches are RNA-based genetic control elements that provide a unique mechanism of gene regulation. They function without the participation of proteins and are believed to represent ancient regulatory systems on the evolutionary timescale. To expand the search for novel riboswitches of significant interest, such as eukaryotic riboswitches beyond the purine riboswitch class, the integration of machine learning into RNA design offers considerable potential to improve the effectiveness of traditional search methods. Many riboswitch aptamers that could be targeted in such searches are larger t
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Small-angle X-ray scattering (SAXS) provides important information about global biomolecular solution structures yet is resolution limited. Extension to higher scattering angles through wide-angle X-ray scattering (WAXS) extends the resolution of solution measurements to single ångströms; however, interpretation of WAXS profiles is challenging. Here we establish a practical framework for interpreting WAXS measurements in terms of repeated real-space distances and specific structural motifs in nucleic acids. We compare experimentally measured scattering profiles from two 25-base-pair DNA duplex
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA 3D structure prediction often encounters entanglements, computational artifacts that complicate structural models, resulting in their exclusion from further studies despite the potentially accurate prediction of regions outside the entanglement. This study presents a protocol aimed at resolving such issues in RNA models while preserving the overall 3D fold and structural integrity. By employing the SPQR coarse-grained model and short Molecular Dynamics simulations, the protocol imposes energy terms that enable selective modifications to disentangle structures without causing significant di
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The formation of higher-order structures in natural biopolymers, such as polypeptides and nucleic acids, is governed by sequence specificity and monomer chemistry. Although nucleic acids can assemble into programmable nanostructures through base-pairing interactions, their chemical diversity is limited to four nucleobases. DNA amphiphiles overcome this limitation by introducing orthogonal interactions through non-nucleosidic modifications. These amphiphiles self-assemble into diverse morphologies, such as spheres, fibers, or sheets, with closely packed, parallel DNA strands on their exterior.
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dimethyl sulfoxide (DMSO) is a polar aprotic solvent used in a wide range of applications, including uses as a drug and in drug delivery, as a solvent for fluorescent dyes, and in enzymatic reactions that process DNA. Consequently, many assays contain low concentrations (≤10%) of DMSO. While it is well known that DMSO lowers the melting temperature of DNA, its effects on DNA conformations and mechanical properties below the melting temperature are unclear. Here, we use complementary single-molecule techniques to probe DNA in the presence of 0-60% DMSO. Magnetic tweezers force-extension measure
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Azamethiphos (AZA), an organophosphate pesticide, is well-known for its cholinesterase inhibition and associated toxic risks to non-target organisms. Its high-water solubility facilitates environmental contamination and persistence, increasing the risk of human exposure through bioaccumulation in agricultural products. This study investigates AZA's DNA-binding potential and underlying interaction mechanisms. Using in silico techniques, we analyzed AZA's interactions with DNA, revealing that hydrogen bonding plays a crucial role in stabilizing the AZA-DNA complex. The study found that AZA prefe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chiral-induced-spin-selectivity of electron transport and its interplay with DNA's mechanical motion are explored in a double stranded DNA helix with spin-orbit-coupling. The mechanical degree of freedom is treated as a stochastic classical variable experiencing fluctuations and dissipation induced by the environment as well as force exerted by nonequilibrium, current-carrying electrons. Electronic degrees of freedom are described quantum mechanically using nonequilibrium Green's functions. Nonequilibrium Green's functions are computed along the trajectory for the classical variable taking int
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The folding and unfolding of RNA stem-loops are critical biological processes; however, their computational studies are often hampered by the ruggedness of their folding landscape, necessitating long simulation times at the atomistic scale. Here, we adapted DeepDriveMD (DDMD), an advanced deep learning-driven sampling technique originally developed for protein folding, to address the challenges of RNA stem-loop folding. Although tempering- and order parameter-based techniques are commonly used for similar rare-event problems, the computational costs or the need for a priori knowledge about the
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The 4-aminoquinoline class of compounds includes the important antimalarial compounds amodiaquine and chloroquine. Despite their medicinal importance, the mode of action of these compounds is poorly understood. In a previous study we observed these compounds, as well as quinine and mefloquine, tightly bind the DNA cocaine-binding aptamer. Here, we further explore the range of nucleic acid structures bound by these compounds. To gauge a wide range of binding affinities, we used isothermal titration calorimetry to explore high affinity binding (nM to tens of μM) and NMR spectroscopy to assay wea
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Optically active liquid-crystalline dispersions (LCD) of nucleic acids, obtained by polymer- and salt-induced (psi-) condensation, e.g., by mixing of aqueous saline solutions of low molecular weight DNA (≤106 Da) and polyethylene glycol (PEG), possess an outstanding circular dichroism (CD) signal (so-called psi-CD) and are of interest for sensor applications. Typically, such CD signals are observed in PEG content from ≈12.5% to ≈22%. However, in the literature, there are very conflicting data on the existence of psi-CD in DNA LCDs at a higher content of crowding polymer up to 30-40%. In the pr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The interaction between metal ions, especially Mg2+ ions, and RNA plays a critical role in RNA folding. Upon binding to RNA, a metal ion that is fully hydrated in bulk solvent can become dehydrated. Here we use molecular dynamics simulation to investigate the dehydration of bound hexahydrated Mg2+ ions. We find that a hydrated Mg2+ ion in the RNA groove region can involve significant dehydration in the outer hydration shell. The first or innermost hydration shell of the Mg2+ ion, however, is retained during the simulation because of the strong ion-water electrostatic attraction. As a result, w
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования