Результаты поиска

Identification and Characterization of c-di-GMP Metabolic Enzymes of Leptospira interrogans and c-di-GMP Fluctuations After Thermal Shift and Infection.

Leptospirosis is a widespread zoonotic disease caused by pathogenic Leptospira species. The most common species, Leptospira interrogans, can … ression patterns. Most of the putative DGCs and PDEs possess enzymatic activities, as determined by riboswitch-based dual-fluorescence reporters in vivo or HPLC in vitro. Furtherer analysis of subdomains from GGDEF-containing proteins revealed that the ability to synthesize c-di-GMP was lost when the GAF domain from LA1483 and PAS domain from LA2932 were del …

Tuning Gene Activity by Inducible and Targeted Regulation of Gene Expression in Minimal Bacterial Cells.

Functional genomics studies in minimal mycoplasma cells enable unobstructed access to some of the most fundamental processes in biology. Conventional transposon bombardment and gene knockout approaches often fail to reveal functions of genes that are essential for viability, where lethality precludes phenotypic characterization. Conditional inactivation of genes is effective for characterizing functions central to cell growth and division, but tools are limited for this purpose in mycoplasmas. Here we demonstrate systems for inducible repression of gene expression based on clustered regularly

The intracellular sRNA transcriptome of Listeria monocytogenes during growth in macrophages.

Small non-coding RNAs (sRNAs) are widespread effectors of post-transcriptional gene regulation in bacteria. Currently extensive information exists on the sRNAs of Listeria monocytogenes expressed during growth in extracellular environments. We used deep sequencing of cDNAs obtained from fractioned RNA (<500 nt) isolated from extracellularly growing bacteria and from L. monocytogenes infected macrophages to catalog the sRNA repertoire during intracellular bacterial growth. Here, we report on the discovery of 150 putative regulatory RNAs of which 71 have not been previously described. A total of

Development of a conditional plasmid for gene deletion in non-model Fusobacterium nucleatum strains.

Fusobacterium nucleatum is an opportunistic pathogen with four subspecies: nucleatum (FNN), vincentii (FNV), polymorphum (FNP), and animalis … smid, is controlled by an inducible system combining an fdx promoter with a theophylline-responsive riboswitch. This system allows plasmid replication in host cells upon induction and plasmid loss when the inducer is removed, forcing chromosomal integration via homologous recombination in the presence of the antibiotic thiamphenicol. We validated this approa …

MneA and TerC exhibit distinct roles in manganese detoxification and virulence in Vibrio parahaemolyticus.

Vibrio parahaemolyticus is a significant zoonotic pathogen that severely threatens global public health and aquaculture. Manganese (Mn) acts as a cofactor for numerous enzymes and is crucial for bacterial oxidative stress resistance and virulence. However, excessive Mn is toxic, prompting bacteria to develop diverse Mn detoxification mechanisms. Herein, two genes (mneA and terC) located downstream of the Mn-sensing yybP-ykoY riboswitch were identified in V. parahaemolyticus. The expression of mneA and terC is specifically induced by Mn. The mneA deletion mutant (ΔmneA) exhibited impaired growt…

Modulation of carbon-to-nitrogen ratio shapes the microbial ecology in a methanol-fed recirculating marine denitrifying reactor.

BACKGROUND: Nitrate (NO3 -) can accumulate in closed-circuit ecosystems to a toxic level. Adding heterotrophic denitrification process to th … distinct from those of planktonic pure cultures of strain GP59, and that the expression of several riboswitches and xoxF would be involved in these differences. CONCLUSIONS: When the biofilm community is well established in the reactor, it can withstand changes in C/N with limited impact on the denitrification performance. The increase in the proportion of …

Recent advances in developing small molecules targeting RNA.

RNAs are underexploited targets for small molecule drugs or chemical probes of function. This may be due, in part, to a fundamental lack of understanding of the types of small molecules that bind RNA specifically and the types of RNA motifs that specifically bind small molecules. In this review, we describe recent advances in the development and design of small molecules that bind to RNA and modulate function that aim to fill this void.

RNA Drugs and RNA Targets for Small Molecules: Principles, Progress, and Challenges.

RNA-based therapies, including RNA molecules as drugs and RNA-targeted small molecules, offer unique opportunities to expand the range of therapeutic targets. Various forms of RNAs may be used to selectively act on proteins, transcripts, and genes that cannot be targeted by conventional small molecules or proteins. Although development of RNA drugs faces unparalleled challenges, many strategies have been developed to improve RNA metabolic stability and intracellular delivery. A number of RNA drugs have been approved for medical use, including aptamers (e.g., pegaptanib) that mechanistically ac

Breakthroughs in Medicinal Chemistry: New Targets and Mechanisms, New Drugs, New Hopes-5.

Breakthroughs in Medicinal Chemistry: New Targets and Mechanisms, New Drugs, New Hopes is a series of Editorials which is published on a biannual basis by the Editorial Board of the Medicinal Chemistry section of the journal Molecules [...].

Совпадение в полном тексте источника
… Directly Targeting Riboswitches with Small Molecules to Regulate Gene Expression: Identification of PreQ1 Riboswitches Ligands Highlighted by Simona Collina Riboswitches are regulatory, noncoding RNA aptamers that regulate gene expression by binding to specific small molecules. … In their study, Schneekloth and co-workers discovered a new class of small molecules that bind directly to PreQ 1 riboswitches. …

Гомоцитистейн, питание и Гут Микробиота: всеобъемлющий обзор текущих данных и понимания.

Гомоциштейн, содержащий серную аминокислоту, является промежуточным продуктом во время метаболизма метатонина, жизненно важной аминокислоты. Возвышенная концентрация гомоцистайна в плазме, названной гипергомоцистистемией, в значительной степени связана с возникновением нескольких заболеваний, включая диабет, множественный склероз, остеопороз, рак и нейродегенеративные расстройства, такие как слабоумие, болезни Альцгеймера и Паркинсона. Сообщалось о взаимодействии между метаболическими путями гомоциштейна и кишечной микробиотой, а также о конкретных микробных сигнатурах у лиц, страдающих гиперг

Совпадение в полном тексте источника
… Since most riboswitch-associated metabolites can be found in both the serum and fecal metabolome, the riboswitches might directly influence the host abundance of a wide range of molecules [ 114 ]. … Riboswitches have been reported to regulate several cellular processes, including sulfur metabolism [ 115 , 116 , 117 , 118 , 119 , 120 , 121 , 122 ]. An increasing amount of evidence focuses on the riboswitches that sense SAM and SAH [ 122 , 123 , 124 , 125 ]. …

Структурные механизмы связывания и активации контактного фторфора RhoBAST.

Флуоресцентный аптамер RhoBAST, который связывает и активирует фторфоре-квахер, содержащий тетраметилродамин-динитроанилин с высокой аффективностью, супер-высокой яркостью, удивительной фотостабильностью и быстрообменными кинетиками, демонстрирует отличные результаты в суперразрешении изображений РНК. Здесь мы определим кокристальную структуру RhoBAST в комплексе с тетраметилродамином-динитроанилином, чтобы прояснить молекулярную основу активации лиганда и флуоресцентной активности. Строение имеет асимметричную архитектуру типа "А" для RhoBAST с полуоткрытым связующим карманом, скрывающим ксан

Совпадение в полном тексте источника
… riboswitches 53 . … Mg2+ Shifts ligand-mediated folding of a riboswitch from induced-fit to conformational selection. J. Am. Chem. Soc. 2015;137:14075–14083. doi: 10.1021/jacs.5b09740. 53. Xu L, Xiao Y, Zhang J, Fang X. Structural insights into translation regulation by the THF-II riboswitch. …

Развитие микробиотерапии: роль синтетической биологии в инженерных микробных сообществах для точной медицины.

В последние годы исследования в области микробиотических исследований и синтетической биологии были посвящены изучению новых подходов к микробным манипуляциям в терапевтических целях. Тем не менее, по этому аспекту имеется фрагментированная информация с ключевыми идеями, разбросанными по различным дисциплинам, таким, как молекулярная биология, генетика, биоинженерия и медицина. Цель этого обзора заключается в создании преобразующего потенциала синтетической биологии в плане развития исследований и лечения микробиоме, что имеет значительные последствия для здравоохранения, сельского хозяйства и

Совпадение в полном тексте источника
… TABLE 2 Overview of synthetic promoters, inducible/repressible enzymes, and RNA-Based regulatory elements (riboswitches and ribozymes). … Discovering riboswitches: the past and the future. Trends Biochem. Sci. 48, 119–141. 10.1016/j.tibs.2022.08.009 Kearse M., Moir R., Wilson A., Stones-Havas S., Cheung M., Sturrock S., et al. (2012). …

Миксобактериальная реакция на воздействие метильясмоната свидетельствует о вкладе в набор микропрепараторов на заводы.

Химические обмены между растениями и микробами в пределах ризобиомы имеют решающее значение для развития общинной структуры. Такие летучие корневые экюды, как фитохормоновый метилжасмонат (MeJA), способствуют принятию различных мер реагирования в связи со стрессом на растения, и они были причастны к тому, чтобы играть определенную роль в поддержании микробных сообществ. Миксобактерия является компетентным хищником растительных патогенов и, как правило, считается полезной для ризобиомов. Хотя было предложено использовать миксобактерию растений для защиты от патогенов, не известно о каких-либо с

Совпадение в полном тексте источника
… Also of note, a bacterial riboswitch that employs an HMP-PP-binding aptamer has been recently identified and implicated in bacterial regulation of thiamine biosynthesis ( Atilho et al., 2019 ). … The regulatory impact of HMP-PP accumulation and its potential to modulate bacterial riboswitches could also contribute to the broad transcriptional impact of MeJA exposure. …

Adeno-associated virus as a delivery vector for gene therapy of human diseases.

Adeno-associated virus (AAV) has emerged as a pivotal delivery tool in clinical gene therapy owing to its minimal pathogenicity and ability to establish long-term gene expression in different tissues. Recombinant AAV (rAAV) has been engineered for enhanced specificity and developed as a tool for treating various diseases. However, as rAAV is being more widely used as a therapy, the increased demand has created challenges for the existing manufacturing methods. Seven rAAV-based gene therapy products have received regulatory approval, but there continue to be concerns about safely using high-dos

Совпадение в полном тексте источника
… Post-transcriptional regulation: Another strategy is the use of riboswitches, which are non-coding RNAs that can bind specific metabolites and control gene expression. 122 Riboswitches occur naturally, and the principles of ligand-mediated gene regulation are being exploited by engineering aptazymes … Using riboswitches over other regulatory systems has the advantages of being compatible with FDA-approved drugs, the small size of the RNA, and little or no immunogenicity. …

Адаптация эукариот-подобных PRS к прокариот-подобным tRNAPro.

Синтеты Проли-ТРНА (ПРОРС) уникальны среди аминоачил-тРНК (ААРС) two различные структурные архитектуры различных организмов: прокариота-подобные (П-тип) и эукариоте/археон-подобные (Е-тип). Интересно, что Бакиллус Тюрингьенси гавань обоих типов, сосуществует P-тип (BtProRS1) и E-тип PRS (BtProRS2). Несмотря на свои различия, оба фермента формально выражаются и функционируют в vivo. По аналогии с BtProRS1, BtPRS2 выборочно заряжает TRNAPro типа P и демонстрирует более высокий допуск к галоугинону, чем каноническая PRS. Однако эти two Изозимы признают основные идентификационные элементы типа P t

Совпадение в полном тексте источника
… The Bacillus subtilis tyrZ gene encodes a highly selective tyrosyl-tRNA synthetase and is regulated by a MarR regulator and T box riboswitch. J. Bacteriol. 2015; 197:1624–1631. 47. Nakamura Y., Ito K.. Control and function of lysyl-tRNA synthetases: diversity and co-ordination. Mol. …

Three- размерная структура комплекса Palbociclib-HIV TAR.

Мы представляем структуру HIV-1 элемент реакции на трансактивацию (TAR), связанный с киназным ингибитором palbociclib, однозначным лигандом nM и ингибитором с низким значением nM комплекса супер удлинения. Маленькая молекула перестраивает РНК, чтобы создать глубокий связующий карман в новой структуре ТАР. Он заменяет A22 на "интермолекулярную пару" с U40, создавая постоянно сложенную пару. 11 спираль, которая включает в себя three :: новые три базы, включая саму A22 и нуклеотиды UCU. Мутация нуклеотидов в связующем кармане или небольшие модификации малой молекулы, отменяющей связующую способно

Совпадение в полном тексте источника
… RNA has been targeted pharmaceutically for many decades: natural product antibiotics bind to and inhibit the bacterial ribosomal RNA [ 7 – 9 ], and structural biology has demonstrated that the complex tertiary structures of the ribosome, ribozymes, and riboswitches contain druggable binding pockets [ …

Нанотехнология в области гематологии: усиление терапевтической эффективности с помощью нанопчастей.

Фон и цели Гематологические заболевания, такие, как лейкемия, лимфома и множественная миелома, вносят значительный вклад в глобальный диагноз рака. Несмотря на прогресс в традиционных методах лечения, таких, как химиотерапия и иммунотерапия, эти методы лечения сталкиваются с ограничениями, включая неконкретную адресность, побочные эффекты и резистентность к лекарствам. Цель этого обзора заключается в изучении потенциала нанотехнологии, в частности наночастиц (НФ), для улучшения терапевтических последствий для этих раковых заболеваний путем расширения поставок наркотиков и снижения токсичности.

Совпадение в полном тексте источника
… O., “Computational Design of RNA Libraries for In Vitro Selection of Aptamers.” in Artificial Riboswitches, ed. Ogawa A. (Humana Press, 2014), 1–15. (Methods in Molecular Biology; vol. 1111), 10.1007/978-1-62703-755-6_1. 119. …

The use of RNA-based treatments in the field of cancer immunotherapy.

Over the past several decades, mRNA vaccines have evolved from a theoretical concept to a clinical reality. These vaccines offer several advantages over traditional vaccine techniques, including their high potency, rapid development, low-cost manufacturing, and safe administration. However, until recently, concerns over the instability and inefficient distribution of mRNA in vivo have limited their utility. Fortunately, recent technological advancements have mostly resolved these concerns, resulting in the development of numerous mRNA vaccination platforms for infectious diseases and various t

Using ncRNAs as Tools in Cancer Diagnosis and Treatment-The Way towards Personalized Medicine to Improve Patients' Health.

Although the first discovery of a non-coding RNA (ncRNA) dates back to 1958, only in recent years has the complexity of the transcriptome started to be elucidated. However, its components are still under investigation and their identification is one of the challenges that scientists are presently facing. In addition, their function is still far from being fully understood. The non-coding portion of the genome is indeed the largest, both quantitatively and qualitatively. A large fraction of these ncRNAs have a regulatory role either in coding mRNAs or in other ncRNAs, creating an intracellular

Совпадение в полном тексте источника
… present and the approximate year(s) of first discovery): small nuclear RNA (snRNA, 1977), transfer RNA-derived small RNA (tsRNA, 1977-79), ribozymes (1980), Y RNA (1981), antisense RNA (1981-86), interfering RNA (1990), Xist (1992), small nucleolar RNA (snoRNA, 1992), microRNA (miRNA, 1993), Tsix (1999), riboswitches …

Small molecule metabolites: discovery of biomarkers and therapeutic targets.

Metabolic abnormalities lead to the dysfunction of metabolic pathways and metabolite accumulation or deficiency which is well-recognized hallmarks of diseases. Metabolite signatures that have close proximity to subject's phenotypic informative dimension, are useful for predicting diagnosis and prognosis of diseases as well as monitoring treatments. The lack of early biomarkers could lead to poor diagnosis and serious outcomes. Therefore, noninvasive diagnosis and monitoring methods with high specificity and selectivity are desperately needed. Small molecule metabolites-based metabolomics has b