Glioblastoma is one of the most common types of brain tumors and is a major health issue. The treatment remains a significant concern despite the significant advancements in chemotherapy, radiotherapy, and surgery, as the survival rate of the patients is still very low. To address this issue, our study aimed to identify potential biomarkers associated with glioblastoma by analyzing gene expression data related to the disease. A dataset with the accession number (GSE68848), containing the samples of glioblastoma patients and healthy individuals, was retrieved from the Gene Expression Omnibus (G
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell transcriptomic data analysis faces challenges in deciphering spatial embeddings due to high dimensionality, noise, and limitations in existing computational frameworks. Existing studies highlight the transformative potential of graph-based models in revealing hidden biological insights by integrating diverse single-cell data, while acknowledging ongoing challenges in scalability and computational efficiency that drive research to optimize these architectures and improve their graph-specific operations. Here, we introduce SCTGE (Single-Cell Transformer-based Graph Embeddings), a nov
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The COVID-19 pandemic highlighted the urgent necessity for effective therapeutic agents targeting SARS-CoV-2. The study focuses on predicting the bioactivity of small molecules against the polyprotein 1ab of SARS-CoV-2, a crucial target for antiviral therapeutics. Using data from the ChEMBL database (CHEMBL4523582), 3747 compounds were curated with IC50 values, following a stringent preprocessing and standardization protocol. Molecular fingerprints, including PubChem and Morgan fingerprints, were employed for feature generation, resulting in 1905 descriptors. Performed the Feature importance a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Identification of peptide immunogens in a pathogen proteome can help to develop diagnostic kits, therapeutics, and preventive vaccines. Traditional methods for identifying such peptides are often laborious, time-consuming, and resource intensive, resulting in limited efficiency and scalability. Given the extensive size and diversity of viral proteomes, the use of state-of-the-art computational tools has become essential for identifying immunogenic fragments. This study presents MHCmet, a deep learning tool for identifying such peptide fragments that bind human MHC class I receptors. The key in
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Simian immunodeficiency virus (SIV), the evolutionary precursor of HIV, mirrors HIV in viral organization, transmission patterns, and disease progression in rhesus macaques. Because of these parallels, SIV serves as a practical model for exploring preventative strategies. This study aimed to examine SIV accessory proteins-Nef, Vif, Vpr, and Vpx-for their potential utility in vaccine construction using computational immunology and bioinformatics tools. Multiple epitope prediction platforms were employed to screen viral proteins and identify immunogenic regions meeting the criteria for antigenic
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Microbiology has been greatly advanced by the incorporation of Artificial Intelligence (AI) by improving the classification, isolation and detection of microorganisms in several fields where microbial exploration is carried out. With the ability to process large volumes of data from genomic sequences, biochemical profiles and imaging, AI enables faster and more accurate microbial identification than conventional techniques. In microbiome study, AI decodes complex microbial communities in environments, the human body and air by identifying unknown species and their ecological roles. AI is a val
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Topological indices are numerical values obtained from molecular structures that help to describe and predict the properties of chemical compounds. In this work, we analyze the structural and physicochemical characteristics of ten anti-hypertensive drug molecules by reverse Sombor indices. This is the first work to systematically compute eight reverse Sombor degree-based topological indices for molecular graphs of anti-hypertensive drug compounds. The use of the reverse vertex degree concept allows the analysis to go beyond conventional degree-based descriptors, capturing complementary structu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Developing effective cancer treatments requires identifying novel therapeutic agents with high biological activity. Fucoidan, a sulfated polysaccharide from brown algae, is a promising natural scaffold for anticancer drug development. In this study, oversulfated fucoidans (SFU and SFU-1) were derived from natural fucoidans (FU and FU-1), and the effects of this structural modification on anticancer efficacy were investigated comprehensively. Chemical characterizations of FU/FU-1 and SFU/SFU-1 were performed, and a systematically generated experimental dataset across multiple cancer cell lines
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent quantum chemical studies have revealed that a wide range of organic reactions exhibit post-transition-state bifurcation (PTSB), in which a single transition state (TS) leads directly to two or more distinct products along barrierless downhill pathways. Such TSs are commonly referred to as ambimodal TSs. In contrast, conventional intrinsic reaction coordinate (IRC) calculations typically connect the TS to only one of the possible products and therefore fail to identify alternative non-IRC products. To assess the ambimodal character of TSs in PTSB reactions, we analyzed relaxed pathways c
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA rearrangements contribute to the formation of new chromosomes, which are often the foundation of speciation. Deciphering the order of DNA rearrangements facilitates the reconstruction of evolutionary trajectories from extant to ancestral chromosomes, a task that is computationally NP-hard. Here, a mathematically rigorous chromosome-rearrangement model is integrated with the "Chromosomal Inversion Path Exploration via Monte-Carlo Tree Search (CIPE-MCTS)" framework in a deeply coupled manner. This integration yields a robust analytical framework that ensures both global optimality and comput
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neuroblastoma (NB) exhibits profound clinical and molecular heterogeneity, highlighting the need for reproducible biomarkers for disease stratification. This study aimed to identify robust stage-associated gene signatures through integrative machine learning (ML) and cross-platform validation. Four independent NB microarray datasets were integrated to perform a multi-cohort meta-analysis. Differentially expressed genes (DEGs) were identified using Linear Models for Microarray Data (limma), followed by feature selection through three orthogonal ML models - Random Forest (RF), eXtreme Gradient B
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Structures built for or generated from Molecular Dynamics simulations can often have problems such as wrong chiralities, bad parameter assignment, steric clashes, and/or distorted geometries. It is important to be able to detect such problems in a rapid and automated way since such issues can prevent subsequent simulations from running successfully. Here we detail a structure check procedure which focuses on checking for some of the more common structural issues, including atomic overlaps, distorted bonds, and ring intersections, as well as the strategies for parallelizing the check procedure
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Skin aging is predominantly associated with the progressive breakdown of the dermal extracellular matrix (ECM), leading to visible manifestations such as wrinkle development caused by repetitive facial muscle movements and a gradual reduction in collagen and elastin synthesis. This degeneration is intensified by external factors including ultraviolet exposure, tobacco use, and nutritional imbalance, which interfere with major intracellular signaling pathways-namely TGF-β, TNF-α, MAPK, PI3K/AKT, and NF-κB-that collectively regulate inflammatory responses, oxidative stress, and ECM remodeling. P
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Charge-aware molecular dynamics provides access to dynamically evolving effective atomic charges alongside conventional structural quantities. Here, we introduce a charge-derived polarization fingerprint framework for characterizing local polarization-active environments in BaTiO 3 using trajectories generated with a charge-aware neuroevolution potential ( q -NEP). Local TiO 6 environments are described using structural quantities, including Ti off-centering and Ti-O bond asymmetry, together with charge-derived descriptors such as the local TiO 6 dipole magnitude, charge asymme
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Partial atomic charges are indispensable tools in chemistry, materials science, and atomic-scale modeling of materials, yet they are not uniquely defined. In this work, we introduce a new charge-assignment model-the Dipole-Projected Overlap Density (DPOD) charges-and assess it systematically against several other schemes: Mulliken (M), Löwdin (L), electrostatic-potential-fitted (ESP), Weighted Löwdin (WL), also introduced here, and Mulliken-Dipole (MD) on which DPOD builds. Using Kohn-Sham DFT electron densities for a diverse test set of 37 molecules, we evaluate the ability of each scheme to:
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cancer continues to be a significant worldwide health concern, mostly resulting from modifications in genetic material at the molecular level. The research introduces a hybrid system that integrates raw gene-level multi-omics features with pathway-derived hypergraph embeddings to prioritize glioblastoma genes. The proposed pipeline aggregates gene-level expression, mutation, and copy-number features; constructs a gene-pathway hypergraph from curated pathway memberships; and trains an attention-based hypergraph encoder (HAGNet) to produce structure-aware gene embeddings, evaluated by an XGBoost
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Gegen Qinlian Decoction (GQD) has shown preclinical antidepressant-like effects, but the disease-relevant signalling architecture of its putative targets remains unclear.
AIMS: We aimed to prioritise a candidate signalling axis connecting putative GQD targets with depressive disorder-related human molecular evidence.
METHODS: Putative GQD targets were integrated with disease knowledgebases, blood transcriptomics, co-expression analysis, Mendelian randomisation, protein-protein interaction topology and single-nucleus transcriptomics of the human prefrontal cortex. Robustness was e
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
L-3,4-dihydroxyphenylalanine (L-DOPA), a key phytochemical with therapeutic significance in Parkinson's disease management, is naturally abundant in Vicia faba L. (Faba bean) tissues. The present study developed and optimized a green extraction protocol for L-DOPA from Faba bean leaf tissues using a systematic multi-factor experimental design encompassing extraction medium (11 levels), solid-to-liquid (S/L) ratio (1:25-1:100 w/v), pre-treatment method (sonication vs. rotospin), and extraction time (10-30 min). A total of 792 observations were generated in biological triplicates. Four machine l
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Compared to non-triple-negative breast cancer (Non-TNBC), triple-negative breast cancer (TNBC) exhibits significantly poorer prognosis. Previous research has confirmed that the PI3K/AKT pathway is closely associated with prognosis in breast cancer patients. Yet, it remains unclear whether this pathway is implicated in the prognostic differences observed between TNBC and Non-TNBC.
METHODS: After downloading raw transcriptomic datasets from the GEO database and removing batch effects, we performed an integrated analysis to delineate how key genes drive the poor prognosis of TNBC. Fu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Triple-negative breast cancer (TNBC) lacks actionable targets and rapidly develops resistance; therefore, we used an integrative in silico approach to functionally characterise C11orf42 and assess its therapeutic relevance. Sequence and structural analyses revealed that C11orf42 is a ∼36.4 kDa soluble cytosolic protein composed of a conserved TED domain (residues 14-213; mean pLDDT ≈ 89) and a flexible intrinsically disordered C-terminal region (residues ∼232-333). Intrinsic disorder supports conformational flexibility; however, specific functional roles (e.g., protein-protein interaction scaf
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования