Edema Factor (EF) is one of three major toxins of anthrax. EF is an adenylyl cyclase that disrupts cell signaling by accelerating the conversion of ATP into cyclic-AMP. EF has a much higher catalytic rate than that of mammalian adenylyl cyclases (mACs). Crystal structures were obtained for mACs and EF, but the molecular basis for different catalytic activities remained poorly understood. In particular, the arrangement of the active site in EF is unclear in what concerns the number of ions present and the conformation of the substrate. Here, we use quantum mechanics-molecular mechanics simulati
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mutations in the gene for the lysosomal enzyme glucocerebrosidase (GCase) cause Gaucher disease and are the most common risk factor for Parkinson disease (PD). Analytical ultracentrifugation of 8 μM GCase shows equilibrium between monomer and dimer forms. However, in the presence of its co-factor saposin C (Sap C), only monomer GCase is seen. Isothermal calorimetry confirms that Sap C associates with GCase in solution in a 1:1 complex (Kd = 2.1 ± 1.1 μM). Saturation cross-transfer NMR determined that the region of Sap C contacting GCase includes residues 63-66 and 74-76, which is distinct from
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To prepare for future resistance, new methods are being explored for novel treatment of malaria. The current work uses high performance docking methods to model different substrates binding into the active sites of varying Homo sapien and Plasmodium peptidyl-prolyl cis/trans isomerase enzymes and compares their subsequent docking scores. This approach has shown that the substrates ILS-920 and WYE-592 will bind less-favourably with hFKBP12 and PfFKBP35 compared to a competing substrate rapamycin; however, the binding appears to be more favourable in PvFKBP35. This could suggest a possible targe
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A structural study of the adduct which 2-benzylsulfinylbenzoic acid forms with human carbonic anhydrase II is reported, showing a binding mode completely different from any other class of carbonic anhydrase inhibitors investigated so far; this carboxylate binds in a pocket situated out of the enzyme active site.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The synthesis and assembly of the active site [FeFe] unit of [FeFe]-hydrogenases require at least three maturases. The radical S-adenosyl-l-methionine HydG, the best characterized of these proteins, is responsible for the synthesis of the hydrogenase CO and CN(-) ligands from tyrosine-derived dehydroglycine (DHG). We speculated that CN(-) and the CO precursor (-):CO2H may be generated through an elimination reaction. We tested this hypothesis with both wild type and HydG variants defective in second iron-sulfur cluster coordination by measuring the in vitro production of CO, CN(-), and (-):CO2
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The coronavirus main protease (M(pro)) represents an attractive drug target for antiviral therapy of coronavirus (CoV) infections, including severe acute respiratory syndrome (SARS). The SARS-CoV M(pro) and related CoV proteases have several distinct features, such as an uncharged Cys-His catalytic dyad embedded in a chymotrypsin-like protease fold, that clearly separate these enzymes from archetypical cysteine proteases. To further characterize the catalytic system of CoV main proteases and to obtain information about improved inhibitors, we performed comprehensive simulations of the proton-t
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The 70 kDa heat shock proteins (Hsp70) are a family of molecular chaperones involved in protein folding, aggregate prevention, and protein disaggregation. They consist of the substrate-binding domain (SBD) that binds client substrates, and the nucleotide-binding domain (NBD), whose cycles of nucleotide hydrolysis and exchange underpin the activity of the chaperone. To characterize the structure-function relationships that link the binding state of the NBD to its conformational behavior, we analyzed the dynamics of the NBD of the Hsp70 chaperone from Bos taurus (PDB 3C7N:B) by all-atom canonica
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The commonly used beverage and psychostimulant caffeine is known to inhibit human acetylcholinesterase enzyme. This pharmacological activity of caffeine is partly responsible for its cognition enhancing properties. However, the exact mechanisms of its binding to human cholinesterases (acetyl and butyrylcholinesterase; hAChE and hBuChE) are not well known. In this study, we investigated the cholinesterase inhibition by the xanthine derivatives caffeine, pentoxifylline, and propentofylline. Among them, propentofylline was the most potent AChE inhibitor (hAChE IC₅₀=6.40 μM). The hAChE inhibitory
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Extracellular nucleotides affect female reproductive functions, fertilization, and pregnancy. The aim of this study was to investigate biochemical characteristics of ATP and ADP hydrolysis and identify E-NTPDases in myometrial cell membranes from Wistar albino rats. The apparent K (m) values were 506.4 ± 62.1 and 638.8 ± 31.3 μM, with a calculated V (max) (app) of 3,973.0 ± 279.5 and 2,853.9 ± 79.8 nmol/min/mg for ATP and ADP, respectively. The enzyme activity described here has common properties characteristic for NTPDases: divalent cation dependence; alkaline pH optimum for both substrates,
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Organophosphorus compounds (OPs) cause neurotoxic disorders through interactions with well-known target esterases, such as acetylcholinesterase and neuropathy target esterase (NTE). However, the OPs can potentially interact with other esterases of unknown significance. Therefore, identifying, characterizing and elucidating the nature and functional significance of the OP-sensitive pool of esterases in the central and peripheral nervous systems need to be investigated. Kinetic models have been developed and applied by considering multi-enzymatic systems, inhibition, spontaneous reactivation, th
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study measured the time courses of concentration changes following administration of the catalytic antioxidants Mn (III) tetrakis (4-benzoic acid) porphyrin (MnTBAP) and Mn (III) 3-methoxy N, N' bis (salicyclidene) ethylenediamine chloride (EUK-134) in blood and cerebrospinal fluid (CSF) of rats with a spinal cord injury (SCI) and sham controls. Parallel measurements were made for methylprednisolone, the only drug presently used clinically for treating SCI. The time courses kinetically characterized the agents in their stability, disposition, and ability to penetrate the blood-spinal cord
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Abstract In transsulfuration reaction catalyzed by rat mercaptopyruvate sulfurtransferase (MST), a stable persulfide is formed at the catalytic site cysteine Cys(247) as a reaction intermediate. The outer sulfur atom is donated by the substrate, thiosulfate, or by mercaptopyruvate. MST serves as a thioredoxin-dependent antioxidant possessing self-regulated enzymatic activity. After oxidation of persulfurated MST by treatment with hydrogen peroxide, mass spectrometric analysis showed that the outer sulfur atom of the persulfide is oxidized to form Cys-thiosulfenate (Cys-Sγ-SO(-)), Cys-thiosulfi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
High-resolution X-ray absorption spectroscopy with narrow-band X-ray emission detection, supported by density functional theory calculations (XAES-DFT), was used to study a model complex, ([Fe(2)(μ-adt)(CO)(4)(PMe(3))(2)] (1, adt = S-CH(2)-(NCH(2)Ph)-CH(2)-S), of the [FeFe] hydrogenase active site. For 1 in powder material (1(powder)), in MeCN solution (1'), and in its three protonated states (1H, 1Hy, 1HHy; H denotes protonation at the adt-N and Hy protonation of the Fe-Fe bond to form a bridging metal hydride), relations between the molecular structures and the electronic configurations were
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Small unextended molecules based on the diamidophosphate structure with a covalent carbon-to-phosphorus bond to improve hydrolytic stability were developed as a novel group of inhibitors to control microbial urea decomposition. Applying a structure-based inhibitor design approach using available crystal structures of bacterial urease, N-substituted derivatives of aminomethylphosphonic and P-methyl-aminomethylphosphinic acids were designed and synthesized. In inhibition studies using urease from Bacillus pasteurii and Canavalia ensiformis, the N,N-dimethyl derivatives of both lead structures we
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Glutaric acidemia type 1 is an inherited metabolic disorder which can cause macrocephaly, muscular rigidity, spastic paralysis and other progressive movement disorders in humans. The defects in glutaryl-CoA dehydrogenase (GCDH) associated with this disease are thought to increase holoenzyme instability and reduce cofactor binding. Here, the first structural analysis of a GCDH enzyme in the absence of the cofactor flavin adenine dinucleotide (FAD) is reported. The apo structure of GCDH from Burkholderia pseudomallei reveals a loss of secondary structure and increased disorder in the FAD-binding
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The in vitro reconstitution of molybdenum nitrogenase was manipulated to generate a chimeric enzyme in which the active site iron-molybdenum cofactor (FeMo-co) is replaced by NifB-co. The NifDK/NifB-co enzyme was unable to reduce N(2) to NH(3), while exhibiting residual C(2)H(4) and considerable H(2) production activities. Production of H(2) by NifDK/NifB-co was stimulated by N(2) and was dependent on NifH and ATP hydrolysis. Thus, NifDK/NifB-co is a useful tool to gain insights into the catalytic mechanism of nitrogenase. Furthermore, phylogenetic analysis of D and K homologs indicates that s
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In recent years, orotidine-5'-monophosphate decarboxylase (ODCase) has gained renewed attention as a drug target. As a part of continuing efforts to design novel inhibitors of ODCase, we undertook a comprehensive study of potent, structurally diverse ligands of ODCase and analyzed their structural interactions in the active site of ODCase. These ligands comprise of pyrazole or pyrimidine nucleotides including the mononucleotide derivatives of pyrazofurin, barbiturate ribonucleoside, and 5-cyanouridine, as well as, in a computational approach, 1,4-dihydropyridine-based non-nucleoside inhibitors
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although classical protein tyrosine phosphatase (PTP) superfamily members are cysteine-dependent, emerging evidence shows that many acid phosphatases (AcPs) function as histidine-dependent PTPs in vivo. These AcPs dephosphorylate phospho-tyrosine substrates intracellularly and could have roles in development and disease. In contrast to cysteine-dependent PTPs, they utilize histidine, rather than cysteine, for substrate dephosphorylation. Structural analyses reveal that active site histidine, but not cysteine, faces towards the substrate and functions as the phosphate acceptor. Nonetheless, dur
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human immunodeficiency virus (HIV) protease is a well-established drug target in HIV chemotherapy. However, continuously increasing resistance towards approved drugs inevitably requires the development of new inhibitors preferably showing no susceptibility against resistant HIV protease strains. Recently, symmetric pyrrolidine-3,4-bis-N-benzyl-sulfonamides have been developed as a new class of HIV-1 protease inhibitors. The most promising candidate exhibited a K(i) of 74 nM towards a wild-type protease. Herein, we report the influence of the active-site mutations Ile50Val and Ile84Val on these
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The mechanism of desensitization of the nitric oxide (NO) receptor (alpha1.beta1 isoform of soluble guanylyl cyclase, sGC) is not known. Models of the structure of alpha1.beta1, based on the x-ray crystal structure of adenylyl cyclase (AC) suggest the existence of a nucleotide-like binding site, in addition to the putative catalytic site. We have previously reported that mutating residues that coordinate Mg(2+)GTP (substrate) binding in alpha1.beta1 into those present in AC fully reverts GC activity to AC activity. The wild-type form of alpha1.beta1 (GC-wt) and the mutant form (AC-mut, alpha1R
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования