alpha-Synuclein is an intrinsically disordered protein that appears in aggregated forms in the brains of patients with Parkinson's disease. The conversion from monomer to aggregate is complex, and aggregation rates are sensitive to changes in amino acid sequence and environmental conditions. It has previously been observed that alpha-synuclein aggregates faster at low pH than at neutral pH. Here, we combine NMR spectroscopy and molecular simulations to characterize alpha-synuclein conformational ensembles at both neutral and low pH in order to understand how the altered charge distribution at
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alport Syndrome is a genetic disease characterized by breakdown of the glomerular basement membrane (GBM) around blood vessels in the kidney, leading to kidney failure in most patients. It is the second most inherited kidney disease in the US, and many other symptoms are associated with the disease, including hearing loss and ocular lesions. Here we probe the molecular level structure-property relationships of this disease using a bottom-up computational materiomics approach implemented through large-scale molecular dynamics simulation. Since the GBM is under constant mechanical loading due to
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The control of the structure of oxide-supported metal nanoparticles is crucial in determining their properties and possible applications. Here, building principles are derived for predicting the epitaxies of metal nanoparticles on square-symmetry oxide surfaces. Unusual phases are found for an appropriate choice of the metal-oxide pair, where nanoparticles with hcp structure are stabilized for fcc metals such as Ni, Pd, and Pt, or for Co in a size range in which Co has typically nonhcp arrangements. These predictions are supported by a comparison with available experimental data on Ni/MgO(100)
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Molecular dynamics (MD) simulations and quantum mechanical electronic structure calculations are used to investigate the nature and dynamics of the phenol-benzene complex in the mixed solvent, benzene/CCl4. Under thermal equilibrium conditions, the complexes are continuously dissociating and forming. The MD simulations are used to calculate the experimental observables related to the phenol hydroxyl stretching mode, i.e., the two dimensional infrared vibrational echo spectrum as a function of time, which directly displays the formation and dissociation of the complex through the growth of off-
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fragmentation reactions upon electron attachment to 5-fluorouracil with CH2R substituents at N1 have been evaluated by means of density functional calculations. The present results show that electron attachment to R = F, HC=O or CN derivatives follows a stepwise pathway with radical anions as intermediates. For these compounds, the most stable species formed is the pi radical anion which bears an unpaired spin density at the C6=C5-C4=O pi-conjugated system of the uracil ring. Cleavage of the N1-CH2R or N1CH2-R bond of these intermediates proceeds through the mixing of the pi and sigma states b
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Machine learning electron densities enabled fast quantum chemistry but suffered from a fidelity gap in downstream tasks due to integration errors and unbalance on uniform grids. We introduce MARGR, an adaptive framework that refines the grid only in the critical regions. We analyze its efficiency through theory and benchmark it on molecular property calculations, demonstrating that adaptive grid refinement achieves an accuracy comparable to high-resolution uniform grids at substantially reduced computational cost.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Deployed by both hosts and pathogens, β-pore-forming proteins (β-PFPs) rupture membranes and lyse target cells. Soluble protein monomers oligomerize on the lipid bilayer where they undergo dramatic structural rearrangements, resulting in a transmembrane β-barrel pore. Advances in electron cryo-microscopy (cryoEM) sample preparation, image detection, and computational algorithms have led to a number of recent structures that reveal a molecular mechanism of pore formation in atomic detail.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A new series of PPARgamma ligands based on barbituric acid (BA) has been designed employing virtual screening and molecular docking approach. To validate the computational approach, designed molecules were synthesized and evaluated in in vitro radioligand binding studies. Out of the total 14 molecules, 6 were found to bind to the murine PPARgamma with IC(50) ranging from 0.1 to 2.5 microM as compared to reference standard, pioglitazone (IC(50)=0.7 microM).
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA molecules were once regarded merely as intermediates in the transmission of genetic information from DNA, but are now emerging as key players in complex cellular regulation. Driven by the recent discovery of diverse functions of non-coding and coding RNAs, a deep understanding of RNA structure, and ultimately their interaction has become essential for both basic and applied research in RNA biology, including drug discovery efforts targeting RNA. However, its inherent structural instability and variability have made experimental analyses, such as X-ray crystallography and NMR, challenging a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although deep learning has transformed protein structure prediction, the controlled generation of functional and experimentally tractable protein structures remains a major challenge in structural bioinformatics. Diffusion models offer a versatile approach to generating protein backbones, motif-conditioned scaffolds, all-atom structures and biomolecular interaction geometries, while accommodating explicit structural and functional constraints. This review focuses on coordinate- and residue-frame-based diffusion approaches for generating protein structures, paying particular attention to geomet
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Proteases are widely studied hydrolases as "green technologies" for degrading structures within complex matrices, although combining different classes poses challenges for catalytic stability. To the best of our knowledge, this is the first study to specifically evaluate the biochemical control of Cryptosporidium spp. oocysts using plant- and microbial-derived proteases. This study evaluated the compatibility and sanitizing potential of the microbial serine protease subtilisin Carlsberg (HPF-1SCA) and the plant cysteine protease papain (1PPP), both individually and in a 15% (w/v) combination,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Plant mitochondrial genomes are difficult to analyze because of their structural dynamism and frequent annotation errors. To address these challenges, we first constructed a high-confidence mitochondrial reference library for Rhodiola by integrating transcriptomic evidence, public sequence resources, and experimental validation. This curated resource defined 30 mitochondrial protein-coding genes (PCGs), including corrected exon-intron boundaries and validated 5'-terminal variants in ccmC, ccmFn, and nad9. Leveraging this curated dataset, we developed the RhoMitoAnnotator, which integrates thre
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Major advances in Plasmodium sequencing approaches, bioinformatic pipelines, and data analysis tools have provided valuable insights into malaria epidemiology from parasite genomic data. However, translating genetic data into actionable information for decision-makers remains a challenge. Significant barriers limit the integration of these advances into a functional data analysis ecosystem that produces standardized, interpretable results for use by national malaria control programs. The Plasmodium Genomic Epidemiology network convened 18 subject matter experts across 15 institutions at the Re
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protein function relies on accurate and densely packed constellations of amino acids within the active site. The high density in the active site optimizes activity but reduces tolerance to mutations, thereby frustrating efforts to engineer or design new or dramatically improved activity. Introducing new activities may therefore require simultaneous multipoint mutations. Still, in a phenomenon known as epistasis, the outcome of combinations of mutations can differ significantly-and even reverse-the impact of the individual mutations, limiting predictability. To address these challenges we previ
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Advances in the prediction of the 3D structures of most known proteins through machine learning have achieved unprecedented accuracies. However, although these computed models are remarkably good, they still challenge accuracy at the atomic level. The Occluded Surface (OS) algorithm is widely used for atomic packing analysis. But it lacks implementations in high-level languages.
RESULTS: We introduce FIBOS, an R and Python package incorporating the OS methodology with enhancements. We show how FIBOS can be used to atomically compare experimental structures and AlphaFold prediction
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
High levels of N-formyl peptide MT-ND6 in serum are significantly associated with disease severity and mortality in critically ill patients, including those with sepsis and severe acute pancreatitis. Selective removal of MT-ND6 in blood to reduce inflammation and tissue damage may be an important immunomodulatory strategy. In the present study, we designed peptide ligands that could bind to MT-ND6 with high affinity. Molecular docking, MD, and MM-PBSA were used to investigate the affinity and stability of peptide/MT-ND6 complexes. To examine the usefulness of affinity ligands for MT-ND6, three
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We performed experiments to elucidate the conformations of a single centimeter-sized bead chain through the mechanical vertical agitation under different crowding levels mediated by granular spheres. The bead chain adopted various conformations, such as a compact toroid, swelled toroid, rod-like shape, and random coil, depending on the solution conditions and experimental parameters like the crowding level and strength of the mechanical agitation. The characteristic conformations generated in macroscopic real-world experiments at several tens of centimeters exhibited similarity with those of a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The widespread presence of pharmaceutical compounds in the environment raises increasing concerns about their ecological impacts, particularly on non-target organisms. This study investigates the biochemical and physiological effects of midazolam, a clinically used benzodiazepine, on Galleria mellonella larvae as a model organism. In this study, the effects of dietary midazolam on metabolic enzyme activity, biochemical parameters and antioxidant levels in G.mellonella were determined. Results indicated significant alterations in enzyme levels, including increased levels of aspartate transferas
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nicotine App is a publicly accessible web-based simulator for the pharmacokinetics and pharmacodynamics of human smoking or vaping. The simulator exploits observations that nicotine has nearly equal concentrations in the plasma, cerebrospinal fluid, and endoplasmic reticulum, with time delays of just a few seconds. The simulations describe 2 nicotine-dependent processes. First, nicotine activates nicotinic acetylcholine receptor (nAChR) channels on the plasma membrane. Second, nicotine pharmacologically chaperones nAChRs, with an EC50 much lower than that for channel activation. Beyond the sco
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Withanolides are a class of naturally occurring C-28 ergostane steroidal lactones with an abundance of biological activities, and their members are promising candidates for antineoplastic drug development. The ADMET properties of withanolides are still largely unknown, and in silico predictions can play a crucial role highlighting these characteristics for drug development, shortening time and resources spent on the development of a drug lead. In this work, ADMET properties of promising antitumoral withanolides were assessed. Each chemical structure was submitted to the prediction tools: Swiss
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования