The microbiome of wild Mus musculus (house mouse), a globally distributed invasive pest that resides in close contact with humans in urban centers, is largely unexplored. Here, we report analysis of the fecal virome of house mice in residential buildings in New York City, NY. Mice were collected at seven sites in Manhattan, Queens, Brooklyn, and the Bronx over a period of 1 year. Unbiased high-throughput sequencing of feces revealed 36 viruses from 18 families and 21 genera, including at least 6 novel viruses and 3 novel genera. A representative screen of 15 viruses by PCR confirmed the presen
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Next-generation ancient DNA technologies have the potential to assist in the analysis of degraded DNA extracted from forensic specimens. Mitochondrial genome (mitogenome) sequencing, specifically, may be of benefit to samples that fail to yield forensically relevant genetic information using conventional PCR-based techniques. This report summarizes the Armed Forces Medical Examiner System's Armed Forces DNA Identification Laboratory's (AFMES-AFDIL) performance evaluation of a Next-Generation Sequencing protocol for degraded and chemically treated past accounting samples. The procedure involves
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
After conventional molecular and serologic testing failed to diagnose the cause of illness, deep sequencing identified spotted fever group Rickettsia DNA in a patient's blood sample. Sequences belonged to R. honei, the causative agent of Flinders Island spotted fever. Next-generation sequencing is proving to be a useful tool for clinical diagnostics.
Клинический случайСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Targeted sequencing of discrete gene sets is a cost effective strategy to screen subjects for monogenic forms of disease. One method to achieve this pairs microfluidic PCR with next generation sequencing. The PCR step of this pipeline creates challenges in accurate variant calling. This includes that most reads targeting a specific exon are duplicates that have been amplified from the PCR step. To reduce false positive variant calls from these experiments, previous studies have used threshold-based filtering of alternative allele depth ratio and manual inspection of the alignments.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The scabies mite, Sarcoptes scabiei, is a parasitic arachnid and cause of the infectious skin disease scabies in humans and mange in other animal species. Scabies infections are a major health problem, particularly in remote Indigenous communities in Australia, where secondary group A streptococcal and Staphylococcus aureus infections of scabies sores are thought to drive the high rate of rheumatic heart disease and chronic kidney disease.
RESULTS: We sequenced the genome of two samples of Sarcoptes scabiei var. hominis obtained from unrelated patients with crusted scabies located
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Molluscum contagiosum is a viral infection of the epidermis characterized by skin-colored papules or nodules frequently with a central depression. Atypical variants may occur, primarily in immunosuppressed individuals. We here report a case of »giant Molluscum contagiosum« in an immunocompetent child. The patient was presented with a fairly smooth nodule of 2 cm in diameter on the ring finger. Molluscipoxvirus-like virus particles were detected by electron microscopy from the nodule, but since the clinical picture was not compatible with MC, next generation sequencing was performed in order to
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Sofosbuvir (SOF) exhibits a high barrier to resistance, with no S282T NS5B substitution or phenotypic resistance detected in phase 3 registration studies.
METHODS: Here, emergence of the NS5B variants L159F and V321A and possible association with resistance was evaluated in 8 studies of SOF (NEUTRINO, FISSION, POSITRON, FUSION, VALENCE, PHOTON-1, PHOTON-2, and P7977-2025) and 5 studies of combination ledipasvir (LDV) and SOF (LDV/SOF; LONESTAR, ELECTRON [LDV/SOF arms], ION1, ION2, and ION3), using deep sequencing.
RESULTS: Deep sequencing detected L159F in 15% (53 of 353) and V32
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: McArdle disease is one of the most common glycogen storage disorders. Although the exact prevalence is not known, it has been estimated to be 1 in 100,000 patients in the United States. More than 100 mutations in PYGM have been associated with this disorder. McArdle disease has significant clinical variability: Some patients present with severe muscle pain and weakness; others have only mild, exercise-related symptoms.
METHODS: Next-generation sequencing data allow estimation of disease prevalence with minimal ascertainment bias. We analyzed gene frequencies in two cohorts of patient
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: In view of the therapeutic benefits resulting from early intervention for Fabry disease, our team has implemented an enzyme-based newborn screening in Taiwan since 2008. However, we found that most heterozygous females cannot be detected. To improve the screening efficiency, a more effective method for GLA gene genotyping is necessary.
METHODS: As the suspected mutations are limited to only 29 different spots in Taiwanese, a panel of Sequenom iPLEX assay was designed for rapid screening of GLA variations. To determine the accuracy and sensitivity of this assay, previously diagnose
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Multiple tick saliva proteins, the majority of which are unknown, confer tick resistance in repeatedly infested animals. The objective of this study was to identify the 24-48 h fed Amblyomma americanum tick saliva immuno-proteome. The 24-48 h tick-feeding phase is critical to tick parasitism as it precedes important events in tick biology, blood meal feeding and disease agent transmission. Fed male, 24 and 96 h fed female phage display cDNA expression libraries were biopanned using rabbit antibodies to 24 and 48 h fed A. americanum female tick saliva proteins. Biopanned immuno-cDNA
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Within many research areas, such as transcriptomics, the millions of short DNA fragments (reads) produced by current sequencing platforms need to be assembled into transcript sequences before they can be utilized. Despite recent advances in assembly software, creating such transcripts from read data harboring isoform variation remains challenging. This is because current approaches fail to identify all variants present or they create chimeric transcripts within which relationships between co-evolving sites and other evolutionary factors are disrupted. We present VTBuilder, a tool f
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
There is a need for techniques capable of identifying the antigenic epitopes targeted by polyclonal antibody responses during deliberate or natural immunization. Although successful, traditional phage library screening is laborious and can map only some of the epitopes. To accelerate and improve epitope identification, we have employed massive sequencing of phage-displayed antigen-specific libraries using the Illumina MiSeq platform. This enabled us to precisely identify the regions of a model antigen, the meningococcal NadA virulence factor, targeted by serum antibodies in vaccinated individu
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ancient human remains of paleopathological interest typically contain highly degraded DNA in which pathogenic taxa are often minority components, making sequence-based metagenomic characterization costly. Microarrays may hold a potential solution to these challenges, offering a rapid, affordable, and highly informative snapshot of microbial diversity in complex samples without the lengthy analysis and/or high cost associated with high-throughput sequencing. Their versatility is well established for modern clinical specimens, but they have yet to be applied to ancient remains. Here we report ba
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alport syndrome (ATS) is a progressive hereditary nephropathy characterized by hematuria and/or proteinuria with structural defects of the glomerular basement membrane. It can be associated with extrarenal manifestations (high-tone sensorineural hearing loss and ocular abnormalities). Somatic mutations in COL4A5 (X-linked), COL4A3 and COL4A4 genes (both autosomal recessive and autosomal dominant) cause Alport syndrome. Somatic mosaicism in Alport patients is very rare. The reason for this may be due to the difficulty of detection. We report the case of a boy and his mother who presented with A
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA sequence regulates complex reactions and protein-DNA interactions, yet sequence effects remain poorly understood due to the lack of direct, high-throughput approaches to study sequence-dependence at the single-molecule level. Here, we introduce Single-molecule Phenotyping and In-Situ Sequencing (SPIN-Seq), a DNA-based, protein-free method that links functional and structural properties of a single DNA molecule with the sequence of that same molecule. After performing functional assays on immobilized DNA molecules, SPIN-Seq uses sequencing-by-transient-hybridization on the same surface and
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Accurate detection of mosaic and somatic structural variants (SV) provides early diagnostic and therapeutic evidence for cancers. Although long-read whole-genome sequencing leads to more accurate SV detection than short-read sequencing, existing long-read SV callers only look at alignment against a single reference genome and are susceptible to systematic false discovery caused by germline differences between the individual genome and the reference genome. In this study, we develop a new SV filtering method that jointly considers the alignment against a pangenome and the de novo as
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Rapid and accurate whole-genome sequencing (WGS) is increasingly important for detecting antimicrobial resistance and virulence determinants in clinical microbiology. Although short-read platforms remain widely used, long-read sequencing technologies have gained relevance due to their ability to resolve complex genomic regions.
METHODS AND RESULTS: We analyzed 92 draft genomes generated from 23 clinical methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolates to compare Oxford Nanopore Technologies sequencing protocols using R9.4.1 (Kit V10) and R10.4.1 (Kit V14) flow cells und
СтатьяСравнительное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Analysis of DNA co-immunoprecipitated with proteins of interest has been foundational to our understanding of chromatin and its regulation. Despite the emergence of crosslink-free techniques such as CUT&RUN and CUT&TAG, Chromatin Immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP) remains a method of choice for profiling of protein binding at individual DNA sites and, when combined with sequencing (ChIP-seq), across the genome. ChIP-seq can provide insights into transcription factor binding sites, histone modification patterns and chromatin structure, and has broad applications in the study of c
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования