INTRODUCTION: Post-traumatic stress disorder (PTSD), is associated with an elevated risk of neurodegenerative disorders, but the molecular mechanism was not wholly identified. Aberrant methylation status and miRNA expression pattern have been identified to be associated with PTSD, but their complex regulatory networks remain largely unexplored.
METHODS: The purpose of this study was to identify the key genes/pathways related to neurodegenerative disorder development in PTSD by evaluating epigenetic regulatory signature (DNA methylation and miRNA) using an integrative bioinformatic analysis. W
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: OAS1(2'-5'-oligoadenylate synthetase 1) is a member of the Interferon-Stimulated Genes which plays an important role in the antiviral process. In recent years, the role of OAS1 in tumors has attracted attention, and it was found to be associated with prognosis in several tumors. However, the mechanism by which OAS1 affects tumors is unclear and pan-cancer study of OAS1 is necessary to better understand its implication in cancers.
METHODS: The expression, prognostic value, genetic alteration, alternative splicing events of OAS1 in pan-cancers were analyzed using TCGA, GTEx, HPA,
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neuronal ceroid lipofuscinosis (NCL) is a group of neurodegenerative disorders whose molecular mechanisms remain largely unknown. Omics approaches are among the methods that generate new information on modifying factors and molecular signatures. Moreover, omics data integration can address the need to progressively expand knowledge around the disease and pinpoint specific proteins to promote as candidate biomarkers. In this work, we integrated a total of 62 proteomic and transcriptomic datasets originating from humans and mice, employing a new approach able to define dysregulated processes acr
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Exposure to sub-inhibitory concentrations (sub-MICs) of antibiotics could induce the biofilm formation of microorganisms, but its underlying mechanisms still remain elusive. In the present work, biofilm formation by Salmonella Typhimurium M3 was increased when in the presence of tetracycline at sub-MIC, and the highest induction was observed with tetracycline at 1/8 MIC. The integration of RNA-sequencing and untargeted metabolomics was applied in order to further decipher the potential mechanisms for this observation. In total, 439 genes and 144 metabolites of S. Typhimurium M3 were significan
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Systemic lupus erythematosus and primary Sjogren's syndrome are complex systemic autoimmune diseases that are often misdiagnosed. In this article, we demonstrate the potential of machine learning to perform differential diagnosis of these similar pathologies using gene expression and methylation data from 651 individuals. Furthermore, we analyzed the impact of the heterogeneity of these diseases on the performance of the predictive models, discovering that patients assigned to a specific molecular cluster are misclassified more often and affect to the overall performance of the predictive mode
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acute myeloid leukemia (AML) is marked by unchecked expansion of undifferentiated myeloid cells. Although oncogenic fusions such as MLL-AF9 can initiate disease, the early steps of leukemogenesis and the role of cell-intrinsic regulators remain unclear. We previously showed that the Polycomb-associated factor Phf19 is required for hematopoietic stem cell (HSC) maintenance and state control in mice and that its loss (Phf19KO) impairs HSC function. To define Phf19's role in transformation, we expressed MLL-AF9 in Phf19KO hematopoietic cells and performed integrated multiomic analyses. Phf19 dele
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Parkinson's disease (PD) involves selective degeneration of midbrain dopaminergic neurons (mDANs), yet the regulatory networks governing their development remain incompletely understood. ZFHX4 has been linked to neurodevelopment across species and shows reduced expression in the PD midbrain. Through integrative analysis of our multiomic data of mDAN differentiation, we show that ZFHX4 is a super-enhancer-controlled transcription factor induced during mDAN specification. Importantly, ZFHX4 is necessary but not sufficient for mDAN differentiation. Genome-wide profiling of ZFHX4 binding revealed
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The clinical efficacy of nanomedicines is often limited by hepatic sequestration, yet the endogenous programs determining this clearance state remain incompletely understood. Here we identify the gut microbiota as a regulator of nanomedicine biodistribution through bile-acid-associated programming of Kupffer cell phagocytic state. Using germ-free mice, microbial perturbation, faecal microbiota transplantation and multiomic profiling, we show that metronidazole remodels the gut microbial ecology and reprograms Kupffer cells into a reduced-uptake state, thereby suppressing hepatic clearance and
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Post-mitotic neurons undergo a protracted maturation period as they extend axons to their targets, form synapses, and refine electrophysiological properties. We use temporal single-nucleus multiome sequencing to map molecular underpinnings of maturation in mouse skeletal motor neurons (SMNs). Our data show that SMNs undergo transcriptional changes as they mature, but more strikingly, we find that diversity within SMNs changes dramatically as they transition from axon targeting to forming functional circuits. Embryonic SMNs comprise dozens of transcriptional subclusters representing known motor
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Breast cancer remains a leading cause of death worldwide. Although chemotherapy reduces primary and metastatic tumour burden, persisting drug-tolerant tumour cell populations, known as minimal residual disease (MRD), pose a significant risk of recurrence and therapy resistance. In this study, we describe the spatiotemporal organisation of therapy response and MRD in BRCA1;p53-deficient mouse mammary tumours and human clinical samples. By integrating single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics, and imaging mass cytometry across multiple treatment timepoints, we characterise dynamic inte
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Glycosuria, whether genetically induced or triggered by SGLT2 inhibitors, activates compensatory glucose-producing pathways that limit glucose lowering in type 2 diabetes. To define these pathways, we studied renal Glut2 knockout mice, which progressively lose Slc5a2 (encoding SGLT2) expression yet maintain normoglycemia despite marked urinary glucose loss. Metabolic profiling and isotope tracing revealed coordinated adaptations in mannose and glutamine metabolism during glycosuria. Skeletal muscle reduced glucose utilization and instead oxidized mannose, while whole-body glycolysis declined,
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Liver transplantation : official publication of the American Association for the Study of Liver Diseases and the International Liver Transplantation Society2026eng
Rejection remains a major cause of allograft injury and loss in liver transplantation (LT). Mechanisms mediating clinical liver allograft rejection remain elusive, limiting the development of new immunosuppressive drugs and biomarker panels for monitoring rejection for decades. Herein, multiomic data and systems immunology were combined to define the "rejectome" of T-cell-mediated rejection (TCMR) in 98 pediatric LT recipients. Spatial proteomics of liver biopsies revealed enrichment of HLADR high and PD1T-cell and B-cell subtypes in TCMR. Two peripheral PD1+ T-cell subsets shared expression p
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Variation in APOE, notably the ε4 allele, profoundly shapes risk and severity of late-onset Alzheimer's disease (AD), yet how it remodels human microglial states remains unresolved. We combine spatially resolved proteomic profiling with single-nuclear multiomic analyses to define microglial organization across APOE3/3 and APOE4/4 genotypes in AD. Quantifying condition-associated variation across the cellular manifold reveals a continuous landscape of microglial states. APOE4/4 shifts cells toward terminal states marked by loss of homeostatic identity, metabolic disruption, and incomplete acqui
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genetic alterations alone cannot account for the diverse phenotypes of cancer cells. Even cancers with the same driver mutation show significant transcriptional heterogeneity and varied responses to therapy. However, the mechanisms underpinning this heterogeneity remain underexplored. Here, we find that novel enhancer usage is a common feature in acute lymphoblastic leukemia (ALL). In particular, KMT2A::AFF1 ALL, an aggressive leukemia with a poor prognosis and a low mutational burden, exhibits substantial transcriptional heterogeneity between individuals. Using single-cell multiome analysis a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Large B cell lymphomas (LBCL) are clinically and biologically heterogeneous lymphoid malignancies with complex microenvironments that are central to disease etiology. Here, we have employed single-nucleus multiome profiling of 232 tumor and control biopsies to characterize diverse cell types and subsets that are present in LBCL tumors, effectively capturing the lymphoid, myeloid, and non-hematopoietic cell compartments. Cell subsets co-occurred in stereotypical lymphoma microenvironment archetype profiles (LymphoMAPs) defined by; (1) a sparsity of T cells and high frequencies of cancer-associa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Polygenic risk scores (PRSs) predict an individual's genetic risk for complex diseases, yet their utility in elucidating disease biology remains limited. We introduce scPRS, a graph neural network-based framework that computes single-cell-resolved PRSs by integrating reference single-cell chromatin accessibility profiles. scPRS outperforms traditional PRS approaches in genetic risk prediction, as demonstrated across multiple diseases including type 2 diabetes, hypertrophic cardiomyopathy, Alzheimer disease and severe COVID-19. Beyond risk prediction, scPRS prioritizes disease-critical cells an
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Spatial omics technologies enable analysis of gene expression and interaction dynamics in relation to tissue structure and function. However, existing computational methods may not properly distinguish cellular intrinsic variability and intercellular interactions, and may thus fail to reliably capture spatial regulations. Here, we present Spatial Interaction Modeling using Variational Inference (SIMVI), an annotation-free deep learning framework that disentangles cell intrinsic and spatial-induced latent variables in spatial omics data with rigorous theoretical support. By this disentanglement
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Therapeutics blocking PI3K/mTOR complex 1 (mTORC1) are commonly used for tumor treatment, and at times achieve major responses, yet minimal residual disease (MRD) persists, leading to tumor relapse. We developed multiple MRD models both in vitro (rapamycin persistent, RP) and in vivo after mTORC1 inhibition. All 11 RP/MRD cell lines showed complete growth and signaling insensitivity to rapamycin but variable sensitivity to bi-steric mTORC1 inhibitors, with MtorS2035 mutations identified in 4 of 7 RP cell lines. Multiomic analyses identified a pronounced shift toward oxidative phosphorylation a
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the general population, aging is associated with an increase in systemic inflammation and chronic disease burden. However, in systemic lupus erythematosus (SLE), older age is uniquely associated with a decrease in disease activity, suggesting a distinct relationship between aging and inflammation. Using a multiomic approach, we compared aging-related changes in the peripheral blood immune profiles of 287 patients with SLE and 928 healthy controls. In patients with SLE, aging correlated with lower expression of interferon (IFN)-stimulated genes (ISGs) across multiple cell types, decreased pl
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent breakthroughs in the genetic manipulation of mitochondrial DNA (mtDNA) have enabled precise base substitutions and the efficient elimination of genomes carrying pathogenic mutations. However, reconstituting mtDNA deletions linked to mitochondrial myopathies remains challenging. Here, we engineered mtDNA deletions in human cells by co-expressing end-joining (EJ) machinery and targeted endonucleases. Using mitochondrial EJ (mito-EJ) and mito-ScaI, we generated a panel of clonal cell lines harboring a ∼3.5 kb mtDNA deletion across the full spectrum of heteroplasmy. Investigating these cell
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования