Characterizing host response patterns to porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) infection at the protein level is essential for capturing rapid-response events and elucidating the pathogenesis mechanisms of porcine epidemic diarrhea (PED). However, the specificity and dynamicity of the tissue-based proteome in the localized region of infected intestines remain elusive. In this study, we conducted a spatiotemporal comparative proteomics to quantify cellular proteins in jejunal and colon tissues throughout the stages of PEDV infection. By integrating multidimensional host proteomics, we obtained…
СтатьяСравнительное исследованиеПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The recent successes of HER2-targeting agents, even in tumors characterized by FDA-approved molecular testing as HER2-negative or non-amplified, have underscored the limitations of current diagnostic approaches for accurately identifying patients with actionable HER2/EGFR activation/phosphorylation. We therefore performed a multi-omic investigation integrating clinical next-generation sequencing with a CLIA-certified reverse-phase protein array (RPPA) assay and laser microdissection-enriched tumor samples to characterize ERBB2/HER2 at the DNA, RNA, protein, and phosphoprotein level in patients
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The increasing scale and complexity of proteomics data demand robust, scalable, and interpretable quality control (QC) frameworks to ensure data reliability and reproducibility. Here, we present pmultiqc, an open-source Python package that standardizes and generates web-based QC reports across multiple proteomics data analysis platforms. Built on top of the widely adopted MultiQC framework, pmultiqc offers specialized modules tailored to mass spectrometry workflows, with full initial support for quantms, DIA-NN, MaxQuant/MaxDIA, FragPipe, and mzIdentML/mzML-based pipelines. The package compute…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ensuring robust quality control (QC) remains a major challenge in quantitative proteomics, particularly in detecting and managing outliers. Deep learning offers powerful representational capacity for ultra-high-dimensional data but often suffers from overfitting in small-sample scenarios. To address this, we propose memory-constrained outlier detection (MCOD), a deep anomaly detection framework that directly processes MaxQuant outputs and achieves competitive recall at high precision levels, which suggests a reduced risk of overlooking true outliers. MCOD integrates two innovations: (i) a memo…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Distinguishing early melanoma from borderline, atypical, or biologically intermediate melanocytic lesions remains one of the most consequential and urgent diagnostic challenges in dermato-oncology, since melanoma causes nearly 95% of skin cancer deaths. This narrative review establishes the biological relevance and evaluates the clinical maturity of mass spectrometry-based proteomics, with particular emphasis on spatially resolved approaches, as a powerful strategy to address this critical diagnostic gap. We position spatial proteomics within the broader landscape of DNA-, RNA-, and protein-ba…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The use of non-Saccharomyces yeasts species in sequential fermentation with Saccharomyces cerevisiae has gained increasing attention due to their biotechnological and sustainability potential in the wine industry. Species such as Starmerella bacillaris, when used in combination with Saccharomyces cerevisiae, have been shown to significantly enhance wine aroma complexity, elevate glutathione and glycerol levels, and reduce ethanol and acetic acid concentrations. Moreover, sequential fermentation increases the release of yeast cell wall components, particularly mannoproteins and polysaccharides,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Astaxanthin is the most representative bioactive substance of Antarctic krill. However, the intrinsic stabilization mechanism mediated by endogenous soluble protein fractions in krill muscle has yet to be elucidated at the molecular level. In this study, the binding capacity of different solubilizing fractions to astaxanthin was significantly different (p < 0.05). The linear, non-saturating binding curves of fractions B, D, and F suggested a typical non-specific, multi-site surface adsorption mechanism. Electrophoretic protein profiles of the six solubilized fractions were readily distinguisha
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Traumatic brain injury (TBI), a leading cause of death and disability, is the largest non-genetic, non-aging-related contributor to cognitive impairments. Currently, there are limited effective therapies to protect neurons after acute brain injury. Our results suggest that intranasal-delivered (IN) elovanoid (ELV) shortly after TBI elicits neuroprotection that involves synaptic and mitochondrial pathways that mediate neuroprotection. Using a single-cell multiome approach, we found an upregulation of genes involved in synaptic integrity. Furthermore, we discovered that ELVs improve synaptosomal
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neuropathic pain (NP) arises from maladaptive changes in peripheral and central nociceptive circuits, yet molecular alterations spanning the entire pain neuraxis remain poorly understood. Neuroinflammation is increasingly recognized as a central mechanism in NP chronification, yet the region-specific molecular events linking immune activation to affective pain processing remain inadequately defined. In this study, we employed high-resolution LC-HRMS-based quantitative proteomics to investigate chronic constriction injury (CCI)-induced molecular alterations in the sciatic nerve (SN), spinal cor…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIMS: This study aims to identify predictive plasma protein biomarkers for anti-tuberculosis drug-induced liver injury (ATB-DILI) and develop machine learning models for pre-treatment risk stratification.
METHODS: In this retrospective nested case-control study, proteomic profiling of pre-treatment plasma from 24 patients (12 ATB-DILI, 12 controls) identified differentially expressed proteins, which were validated by ELISA in an independent cohort (35 ATB-DILI, 37 controls). Multiple machine learning algorithms were implemented to develop clinical prediction models and evaluate the prognostic
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: YSGSF has shown therapeutic potential in PMOP, but its molecular mechanism remains unclear.
OBJECTIVE: This study aimed to identify the protein targets and regulatory pathways underlying the therapeutic effects of YSGSF against PMOP.
METHODS: Thirty female SD rats were randomly assigned to sham-operated, OVX model, and treatment groups (n = 10 per group). After 12 weeks of intervention, femoral morphology was evaluated by hematoxylin and eosin staining. Femoral proteins from five rats per group were analyzed using data-independent acquisition quantitative proteomics. DEPs were id…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding region-specific proteoform profiles in the brain is crucial for deciphering neural function and identifying therapeutic targets. Zebrafish (Danio rerio) is a valuable vertebrate model for neuroscience research due to its substantial conservation of brain structure and function with that of mammals. We present a label-free quantitative top-down proteomics (TDP) analysis of distinct zebrafish brain regions using microdissection and capillary zone electrophoresis-tandem mass spectrometry (CZE-MS/MS). We analyzed four anatomically distinct regions─telencephalon (Tele), combined haben…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ischemic stroke remains a leading cause of death and long-term disability, yet effective treatments that promote recovery beyond the acute phase are lacking. Neuregulin-1 (NRG-1) has shown potent neuroprotective and anti-inflammatory properties in preclinical stroke models, with evidence of enhanced neuronal regeneration when administered after injury. To investigate the spatial mechanisms underlying its neuroregenerative therapeutic effects, we examined brain proteomic responses to post-ischemic NRG-1 treatment in mice using NanoString Digital Spatial Profiling (DSP). Adult C57BL/6 mice were
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Despite the introduction of genome sequencing (GS) for rare disease diagnostics, a genetic cause is not identified in most patients. Here, we explored the potential of proteomics to improve the diagnostic yield in 424 patients with rare diseases from the 100,000 Genomes Project (100kGP) without a genetic diagnosis. Serum proteomic profiling was performed using the Olink Explore 1536 assay (N = 1463 proteins). For 13 patients without genetic diagnoses, detection of lower serum protein "outliers" (z-score < -2) led to confirmed genetic diagnoses by resolving variants of uncertain significance or…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND AND AIMS: Metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease (MASLD) is linked to obesity, metabolic syndrome, and insulin … expression unaffected by leptin, insulin, or glucose treatment.
CONCLUSION: This first comparative proteomics study identified shared and unique pathways in IR disorders. MASLD and LD share features, suggesting similar drivers of liver disease progression. Key liver-derived proteins differ between MASLD, INSR, and LD because of unique disorder features. We …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Invasive aspergillosis (IA), a life-threatening fungal infection predominantly caused by Aspergillus fumigatus, has emerged as a … ntial for fungal cell wall remodeling, were identified as potential antigen targets via subtractive proteomics. From these, 13 optimal T-cell and 10 ideal B-cell epitopes were selected to develop two vaccine constructs, designated WLaf1 and WLaf2. Both vaccine constructs exhibited favorable physicochemical stability, antigenicity, and non-allergenicity. Mole …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Atopic dermatitis (AD) is increasingly recognized as a systemic inflammatory disease associated with increased cardiovascular risk, yet the mechanisms linking AD to atherosclerosis and clinically relevant biomarkers of early vascular involvement remain poorly defined. We characterized the circulating proteomic profile of moderate-to-severe AD and identified biomarkers associated with subclinical atherosclerosis. In this cross-sectional study, serum samples from patients with AD (n=34), psoriasis (n=34), and healthy controls (n=20) were analyzed using proteomic panels targeting inflammatory and
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE AND METHODS: Polyendocrine metabolic ovarian syndrome (PMOS) affects 10% to 26% of adolescent females. Yet, its pathogenesis is poorly understood. Proteomics is a valuable tool to explore biological pathways underpinning PMOS and identify novel diagnostic/monitoring biomarkers. We undertook deep-phenotyping discovery proteomic profiling (nanoflow 2-dimensional liquid chromatography-quadrupole time-of-flight mass spectrometry with alternating low- and elevated-energy acquisition) on urine samples from a subset of a longitudinal adolescent PMOS cohort (n = 40). We compared the urinary pr…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE OF REVIEW: Allogeneic hematopoietic cell transplantation (allo-HCT) is complicated by life-threatening conditions whose prompt diagnosis is essential yet frequently delayed. This review examines proteomic approaches to biomarker discovery for the most common posttransplant complications, emphasizing methodological reliability and translational status.
RECENT FINDINGS: Proximity extension assay (PEA) and aptamer-based platforms now permit simultaneous quantification of thousands of proteins from microliter plasma volumes. For acute graft-versus-host disease (GVHD), validated plasma pan
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gitelman syndrome (GS) is an autosomal recessive tubulopathy caused by SLC12A3gene mutations. While electrolyte disturbances are well-define … ellular acidification rate (ECAR), and expression of key oxidative phosphorylation proteins. Plasma proteomics revealed a significant downregulation of mitochondrial oxidative phosphorylation, TCA cycle, and fatty acid oxidation proteins in HOM individuals. In the cellular model, the mutation recapitulated this signature, showing reduced expression of core r …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования