Deuterostomes generally share a functional digestive system involving the sequential steps of ingestion, digestion, absorption, and elimination along their one-way gut. Previous gene expression studies on pancreas-related exocrine digestive enzymes (XDEs), pancreas-related transcription factors (TFs), and ParaHox genes in the ascidian Ciona robusta showed non-contiguous and multi-regional pancreatic features along the Ciona gut. The combination of classical in situ hybridization and recent RNA-seq techniques in lancelets has allowed the fundamental features of the gut in basal chordates (lance…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The number of patients with eosinophilic chronic rhinosinusitis (ECRS) has been increasing in recent years in Japan. In ECRS, nasal polyps recur immediately after endoscopic sinus surgery. The molecular biological mechanism underlying the refractoriness of ECRS is unclear.
METHODS: Whole-transcriptome analysis with next-generation sequencing (RNA-seq) was conducted to investigate the molecular biological mechanism of ECRS. Real-time PCR, immunohistochemical staining, and immunofluorescence staining were performed to validate the results of RNA-seq.
RESULTS: RNA-seq analysis revea…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hormones secreted from the pituitary gland regulate important processes such as development, growth and metabolism, reproduction, water bala … In order to gain a broader mechanistic understanding of the eel pituitary gland, we have performed RNA-seq transcriptome profiling of the pituitary of prepubertal female silver eels. RNA-seq reads generated on the Illumina platform were mapped to the recently assembled European eel genome. The most abundant transcript in the eel pituitary codes for pro-o …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
T cells recognize their target cells through the T cell receptor (TCR). Combining gain-of-function, single-cell and optical high-content screens, we identified RNA-based mechanisms that selectively sensitize target cells to TCR-specific T cell cytotoxicity. First, CRISPR activation screens in melanoma cells identify functionally diverse regulators of TCR-specific cytotoxicity, including SAFB, KHDRBS1, MYC, CD44, WNT3A, WNT1 and others. Expressing sensitizing hits in cancer and virally infected cells restores TCR-specific cytotoxicity. Next, we developed in situ Perturb-seq for optical pooled g
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mitochondrial metabolism is fundamental to cardiac and skeletal muscle function due to the high adenosine triphosphate (ATP) demand required … skeletal muscle, leading to pronounced impairment of cardiac and muscular function. Heart-specific RNA-seq, ATAC-seq, and single-cell RNA-seq analyses revealed that Smarca4 deficiency reduces chromatin accessibility and suppresses the transcription of genes controlling mitochondrial biogenesis and oxidative phosphorylation. Consistently, high-resolution …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
High-altitude hypoxia acclimatization requires whole-body physiological regulation in highland immigrants, but the underlying genetic mechanism has not been clarified. Here we use sheep as an animal model for low-to-high altitude translocation. We generate multi-omics data including whole-genome sequences, time-resolved bulk RNA-Seq, ATAC-Seq and single-cell RNA-Seq from multiple tissues as well as phenotypic data from 20 bio-indicators. We characterize transcriptional changes of all genes in each tissue, and examine multi-tissue temporal dynamics and transcriptional interactions among genes. …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acute myeloid leukemia (AML) microenvironment exhibits cellular and molecular differences among various subtypes. Here, we utilize single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) to analyze pediatric AML bone marrow (BM) samples from diagnosis (Dx), end of induction (EOI), and relapse timepoints. Analysis of Dx, EOI scRNA-seq, and TARGET AML RNA-seq datasets reveals an AML blasts-associated 7-gene signature (CLEC11A, PRAME, AZU1, NREP, ARMH1, C1QBP, TRH), which we validate on independent datasets. The analysis reveals distinct clusters of Dx relapse- and continuous complete remission (CCR)-associated A…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
HIRA is a histone chaperone known to modulate gene expression through the deposition of H3.3. Conditional knockout of Hira in embryonic mous … ytes mimics some of these early events and is an accepted model of these early stages. We performed RNA-Seq and H3.3-HA ChIP-seq on both WT and Hira-null mESCs and early cardiomyocyte progenitors of both genotypes. Analysis of RNA-seq data showed differential down regulation of cardiovascular development-related genes in Hira-null cardiomyocytes compared …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Diabetic foot ulcers (DFU) is severe complications of diabetes mellitus, affecting 15–25% of diabetic patients and imposing substantial healthcare burdens. Lactylation has emerged as a critical regulator in inflammation and wound healing processes. However, the role of lactylation-related mechanisms in DFU pathogenesis remains poorly understood. We integrated the lactylation-related genes (LRGs) and systematically analysed the expression levels of these genes to characterize a gene signature related to DFUs through bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq (scRNA-seq) datasets. Single-cell RNA sequ…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Exosomes derived from mesenchymal stem cells (MSCs) are increasingly recognized as promising mediators of tissue regeneration. H … ntal ligament, and dental pulp tissue from the same extracted teeth, without MSC purification. Bulk RNA-seq was performed on the cells, and exosomes were collected from culture supernatants for miRNA-seq, small RNA-seq, and RNA-seq (n = 3 donors). Cell type-specific miRNA-mRNA regulatory axes were identified based on inverse expression patterns and confir …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To investigate estrogen receptor gene 1 (ESR1) and estrogen-driven transcription in human endometrial stromal cells.
DESIGN: RNA sequencing (RNA-seq) and Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease (Cut&Run) were performed on telomerase-immortalized human endometrial stromal cells with Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats-mediated ESR1 activation. Hi-C-based chromatin architecture analysis (H3K27ac HiChIP) was conducted in primary endometrial stromal cells.
SUBJECTS: Biopsies from two healthy, reproductive-aged volunteers with regular menstrual cycles an…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Macrophage infiltration and polarization are integral to the progression of heart failure and cardiac fibrosis after ischemia/reperfusion (IR). Interleukin 34 (IL-34) is an inflammatory regulator related to a series of autoimmune diseases. Whether IL-34 mediates inflammatory responses and contributes to cardiac remodeling and heart failure post-IR remains unclear.
METHODS: IL-34 knock-out mice were used to determine the role of IL-34 on cardiac remodeling after IR surgery. Then, immunofluorescence, flow cytometry assays, and RNA-seq analysis were performed to explore the underlyin…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Salmonella is a major bacterial pathogen associated with a large number of outbreaks of foodborne diseases. Many highly virulent … were constructed based on the genome. All these mutants and the wild-type strain were subjected to RNA-Seq analysis to reveal functional relationships of the two serogroup C1-specific genes.
RESULTS: Data from RNA-Seq indicated that deletion of SC0368 resulted in defects in motility through repression of σ28 in flagellar regulation Class 3. Consistent w …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
(1) Background: Modifications of histone methylation could alter chromatin structure and thereby have an impact on gene expressions. (2) Met … otein expression detection experiments were performed on the 25th day. Simultaneously, ATAC-seq and RNA-seq were used to test the mice's retinal tissues, and metabolomics detection and quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) were carried out. (3) Results: Compared with the rd10 group, in the treatment group, the function in the electror …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Retention of a subset of introns in spliced polyadenylated mRNA is emerging as a frequent, unexplained finding from RNA deep seq … ntially retained introns provides a strategy to enrich for alternatively spliced exons in mammalian RNA-seq data, when complemented by RNA-seq analysis of purified cells with experimentally perturbed RNA-binding proteins.
CONCLUSIONS: Our findings demonstrate that intron retention in mRNA is induced by specific RNA-binding proteins and suggest a biologic …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND/INTRODUCTION: Obesity acts as a critical modifiable risk factor for non-small cell lung cancer (NSCLC), while the key cellular and molecular drivers mediating their comorbid association remain poorly defined. Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) enables precise resolution of cell-specific transcriptomic features, making it an optimal tool for uncovering inter-disease regulatory patterns.
MATERIALS AND METHODS: scRNA-seq datasets for NSCLC (GSE198099, 2 tumor/2 normal samples) and obesity (GSE214982, 5 obese/4 lean samples) were obtained from GEO and processed using Seurat (v5.x).…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Acetyl tributyl citrate (ATBC) is a widely used plasticizer ubiquitously present in the environment. Long-term high-dose ATBC exposure has been associated with reproductive system damage, yet its toxic effects and underlying mechanisms in testicular seminoma remain unclear. This study aimed to investigate the impact of ATBC on the prognosis of testicular seminoma.
METHODS: We integrated network toxicology analysis, single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), bulk RNA-seq data, and clinical datasets to explore the prognostic role of ATBC-related genes in testicular seminoma. Bulk RNA…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bordetella pertussis causes the disease whooping cough through coordinated control of virulence factors by the Bordetella virulence gene system. Microarrays and, more recently, RNA sequencing (RNA-seq) have been used to describe in vitro gene expression profiles of B. pertussis and other pathogens. In previous studies, we have analyzed the in vitro gene expression profiles of B. pertussis, and we hypothesize that the infection transcriptome profile in vivo is significantly different from that under laboratory growth conditions. To study the infection transcriptome of B. pertussis, we developed…
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aberrant alterations in genome copy number, chromatin accessibility, and transcriptional programs all play pivotal roles in cancer. The Numbat algorithm has been widely adopted to perform copy number variation (CNV) inference from single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data. Here, we introduce Numbat-multiome that extends the capabilities of Numbat to perform CNV inference from both scRNA-seq and accessible chromatin profiles (through single-cell Assay of Transposase [Tn5]-Accessible Chromatin sequencing [scATAC-seq] data), either separately or in an integrated manner. Our approach unifies dat…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Rheumatoid arthritis (RA) is a complex autoimmune disease influenced by genetic and immune dysregulation. The causal roles of sp … data-based MR (SMR). Cell-type-specific expression was assessed using single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), and gene expression in RA synovial tissue was validated via bulk RNA-seq.
RESULTS: We identified 29 independent RA-associated loci, including 7 novel associations. Integrated MR and SMR analyses classified ERAP2 as a high-confidence causal gene, …
СтатьяМетаанализПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования