The quantitative description of drug molecules through their molecular structures is central to computational studies of drugs. This paper presents a machine learning-driven quantitative structure-property relationship (QSPR) model linking graph-based structural descriptors to the physicochemical properties of anti-blood cancer drugs. A dataset of 13, anti-blood cancer drug molecules was characterized using six degree-based topological indices: the first Zagreb, second Zagreb, Sombor, reduced Sombor, harmonic, and Randić indices. These graph-derived descriptors were used as molecular features
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cancer is a multifactorial disease and remains a significant problem owing to its complex nature. There is an urgent need to identify and design hybrid anticancer drugs that achieve a desired biological effect by combining two or more pharmacophores into a single molecule. Herein, we utilized MOLHYBRID program to generate a chemical library of 46740 unique molecules based on known anticancer pharmacophores and targeting the cancer protein, using the crystal structure of the B-Raf V600E oncogenic mutant in complex PLX4033 (vemurafenib) (PDB ID: 3OG7). The B-Raf V600E mutant is prevalent cancer-
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protein conformational motion depends on geometric and chemical constraints in side-chain packing. Thermal forces and incomplete packing produce "breathing" motions that allow internal rearrangement. Packing dynamics therefore inform protein allostery, conformational change, and folding. While Voronoi tessellation is a promising approach to this end, its application to proteins has been mainly focused on static structures. Here, the Voro++ library is adopted to investigate time-dependent amino acid packing in molecular dynamics trajectories of a titin immunoglobulin domain at 300 and 400 K. Tr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Drought stress presents a formidable threat to global rice cultivation, triggering complex molecular responses that impact plant growth and productivity. To decipher the underlying gene expression dynamics, we performed a comprehensive meta-analysis of transcriptomic datasets derived from drought-tolerant rice genotypes. Via microarray data from three independent studies, we identified a set of consistently expressed differentially expressed genes (DEGs) under drought conditions. Integration of functional annotation tools, including GO and KEGG pathway enrichment, revealed key biological proce
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Internal ribosome entry site (IRES) is a cap-independent translation element widely used in circular RNA-based protein expression. Current IRES identification relies heavily on labor-intensive experiments, and existing computational methods based on machine learning or CPU-based deep learning suffer from limited accuracy and efficiency.
METHODS: Here, we present IRESGet, a Transformer-based model for IRES sequence prediction. The model was trained and validated on datasets curated from published literature and public databases. Among five feature encoding strategies, RNA-FM achieve
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate prediction of NMR chemical shifts in transition metal complexes remains challenging due to the wide range of coordination environments and complex electronic structures of these systems. In this work, we present a machine learning approach (ML) for rapid and accurate prediction of 1 H $$ {}^1\mathrm{H} $$ NMR shifts in zinc complexes across multiple solvent environments. We systematically selected a diverse set of zinc complexes from the transition metal quantum mechanics (tmQM) database using K-means clustering on SOAP descriptors, and performed DFT NMR calculations across five
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Immune thrombocytopenia (ITP) is characterized by increased platelet clearance and decreased platelet production. Hematopoietic stem and progenitor cell (HSPCs) abnormalities are a key mechanism of ITP, contributing to megakaryocyte defects and aberrant lymphocyte differentiation. Ningxue Shengban Decoction (NXSBD) has proven to be an effective therapeutic option for ITP.
AIM: This study aimed to explore the therapeutic mechanism of NXSBD in ITP.
METHOD: First, we evaluated the therapeutic effect of NXSBD on thrombocytopenia. T-lymphocyte subsets were analyzed by flow cytometry,
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The explicit first solvation shell remains a pivotal challenge in quantum chemical studies of solution-phase systems. A surface coverage-based protocol to construct explicit solvation environment is presented, in which the number and arrangement of solvent molecules emerge from the percentage of Solvent Accessible Surface (SAS) surrounding the solute rather than being user-defined. This strategy is implemented in a computational tool to ensure reproducibility. Phloroglucinol (PG) in ethanol is analyzed to validate this approach, comparing in vacuum, implicit solvent, and explicit ethanol syste
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biofilms are spatially structured microbial communities in which local physiological conditions vary across depth, potentially shaping DNA stress responses, repair pathways, and genome-plasticity-associated cellular states. However, the spatial organization of these transcriptional programs within individual bacterial biofilms remains poorly understood. Here, we re-analyzed public RAINBOW-seq spatial transcriptomic data from Escherichia coli BW25113 biofilms (GSE197541) using a curated 73-gene panel encompassing SOS response, stress response, biofilm matrix, conjugation- and competence-associa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Breast cancer is a complex disease comprising multiple deregulated signaling pathways, oxidative stress, metabolic rewiring, and resistance to therapy. The multi-target therapeutic efficacy of β-sitosterol against breast cancer was studied using an integrated approach that combined network pharmacology, molecular docking, molecular dynamics simulations, and ADMET. Out of which 98 common targets were identified between β-sitosterol and breast cancer, wherein PPARG, TNF, ABL kinase, HIF1A, ESR1, PGR, PPARA, MAPK8, AR, and ESR2 are the key hub genes. The enrichment analysis showed that β-Sitoster
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Immunotoxins represent promising therapeutics; they can be used as allergen-specific therapies. Der p1 is a major allergen produced by the house dust mite Dermatophagoides pteronyssinus responsible for allergic asthma and other allergic diseases. In spite of clinical relatedness, no therapies have been approved at the molecular level. This work is established to identify potential inhibitors against Der p1 via a multi-tiered in silico approach. A library of FDA-approved drugs of 2855 drugs was evaluated using AI-driven QSAR models built from molecular descriptors to pIC50. Top-ranked (93 drugs
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Optimizing reagent and catalyst molecules remains a fundamental yet resource-intensive task in organic chemistry, which our group previously streamlined by developing the "virtual ligand strategy." This in silico optimization framework approximates the electronic and steric effects of phosphine ligands using a mathematical model that enables rational-design principles to be extracted by numerically optimizing the corresponding parameters. Herein, this concept is extended and a new model that accounts for the reactivities of phosphines as reagents or organocatalysts is developed. The model repr
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Insecticides research must explore alternative pathways to identify small compounds that satisfy the needs of farmers in both developing and developed countries. Reducing the cost of these inputs is essential to increasing agricultural production and mitigating food insecurity. In this study, a multi-stage computational screening of 407615 natural products were conducted, utilizing filters for volatility (MW < 350Da), Protein-Ligand Interaction Fingerprint (PLIF) similarity to a tacrine reference, and a commercial cost threshold of less than 8USD/g. Out of 16 finalists evaluated in vitro, two
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The investigation of the extended drug release of the 5-fluorouracil (5FU) molecule through a g-SiC₂ sheet has become a significant area of interest with the emergence of novel nanomaterials. The present study utilizes density functional theory to explore the potential for controlled and sustained drug delivery. The calculations involved the assessment of topological and electronic properties, charge transfer (CT), adsorption energies (Eads), and the release behavior of 5FU@g-SiC₂. The most stable configuration exhibited Eads of -1.624 eV. To comprehensively evaluate the interaction characteri
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ectopic pregnancy (EP) remains a major cause of maternal morbidity and mortality during the first trimester, affecting approximately 1-3 % of all pregnancies and often necessitating invasive surgery when medical therapy fails. Methotrexate (MTX), a dihydrofolate reductase (DHFR) inhibitor, is the current gold standard for medical management, yet its limitations include treatment failure rates of 10-20 % and significant systemic toxicity. This study aimed to design and evaluate novel AI-fragmented MTX derivatives as improved DHFR inhibitors for EP. The three-dimensional structure of DHFR was re
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Schizophrenia is still a large psychiatric problem worldwide, therefore much study into the structural, electronics and pharmacokinetic properties of therapeutic drugs used in its treatment are needed. The present study has been performed by employing Density Functional Theory (DFT) calculations, molecular electrostatic potential (MEP) mapping, analytical Fukui function evaluation, ADMET profiling and molecular docking in an effort to comprehensively evaluate eight important antipsychotic drugs. DFT studies highlighted important electronic features. Global reactivity descriptors indicated a hi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Schizophrenia (SCZ), major depressive disorder (MDD), and bipolar disorder (BD) are highly prevalent psychiatric disorders characterized by substantial clinical overlap and biological heterogeneity, complicating diagnosis and therapeutic stratification. The identification of robust, minimally invasive biomarkers remains a critical unmet need. In this study, we applied an integrative systems biology framework to identify convergent and disorder specific blood and tissue based molecular signatures across SCZ, MDD, and BD. Disorder associated genes were systematically curated from multiple biomed
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the present research work, graph theory has been used to represent the molecular structures of antiviral drugs corresponding to the influenza strain treatment using degree-based topological descriptors and Laplacian energy to understand their structural and physicochemical behavior. The graph theory-based descriptors are used to construct the quantitative structure property relationship and provide input to an ANN model used to predict various physicochemical properties among the selected antiviral drugs. The comparison shows that the ANN model outperforms the Linear Regression model by dem
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The prediction of conformational B-cell epitopes (BCEs) is crucial for vaccine development and therapeutic antibody design. However, reliable identification of BCEs remains challenging because epitope residues are spatially discontinuous and represent only a small fraction of antigen surface residues, leading to severe class imbalance and high false-positive rates. In this study, we propose GCAT-BCE, a hybrid graph neural network that integrates graph convolutional networks (GCN) and graph attention network (GAT) for conformational BCE prediction. To reduce prediction noise, buried residues ar
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lippia alba (Mill.) N. E. Brown, an aromatic shrub belongs to the Verbenaceae family widely applied in traditional remedies and pharmaceutical applications. The current study aims to analyse the chemical composition of L. alba leaf essential oil (LALEO) using GC-MS and to assess its in vitro biological activities, including anti-oxidant, anti-inflammatory, acetylcholinesterase inhibitory, and tyrosinase inhibitory effects along with in silico molecular docking against Cox 2(Cyclooxygenase-2) and human acetylcholinesterase (AChE). The LALEO was extracted using Clevenger type apparatus. GC-MS an
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования