Predicting how protein mutations affect drug binding remains a major challenge, particularly when the mutations are distal from the binding site. In this study, we introduce a coupled simulation workflow that combines classical molecular dynamics (MD) with high-throughput quantum mechanical (QM) analysis to reveal the electronic structure signatures of mutation-induced drug resistance in the HIV-1 protease. Our workflow leverages GPU-accelerated MD to generate conformational ensembles, and performs in operando linear-scaling density functional theory (DFT) calculations on selected frames paral
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: The SLC6 transporter family serves as an important source of therapeutic targets, particularly in CNS disorders. Although advances in structural biology have rapidly expanded our knowledge of these transporters, rational drug design remains challenging due to their dynamic nature and a highly conserved orthosteric binding pocket. Consequently, in silico methods have become irreplaceable tools in the design of SLC6 inhibitors.
AREAS COVERED: This review summarizes computational methods applied to the discovery of SLC6 transporter inhibitors between January 2020 and August 2026. P
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A series of d-galactose-conjugated pyrimidine-based thioureas 8a-l was efficiently synthesized using an environmentally benign ionic liquid-microwave protocol. Optimal conditions employing [BMIM][BF4] under microwave irradiation (100 W) afforded excellent yields (up to 96%) within 60 s, with the ionic liquid showing good recyclability. The synthesized compounds were evaluated for antibacterial and antifungal activities against a broad panel of pathogenic microorganisms. Several derivatives exhibited potent antimicrobial effects, with MIC values comparable to or superior to reference drugs. Str
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Age-related skeletal muscle deterioration, referred to as sarcopenia, poses significant risks to astronaut health and mission success during spaceflight, yet its multisystem drivers remain poorly understood. While terrestrial sarcopenia manifests gradually through aging, spaceflight induces analogous musculoskeletal decline within weeks, providing an accelerated model to study conserved atrophy mechanisms. Here, we introduced an integrative framework combining cross-species genetic analysis with physiological modeling to understand mechanistic pathways in space-induced sarcopenia. By analyzing
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A series of benzimidazoles and its analogs (benzoxazoles and benzothiazoles) bearing a benzohydrazide-hydrazones moiety at the 2-position were designed and synthesized as potential acetylcholinesterase (AChE) inhibitors. Cholinesterase (ChE) inhibitory activity results showed that all compounds displayed good inhibition of AChE, whereas only some of the compounds were active against BChE. Among the title compounds, it was found that all benzimidazole series were selective towards AChE. Kinetic analysis and molecular modeling studies were conducted on the most active compounds, namely 1j for AC
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Solar cells hold the potential to meet the growing worldwide demand for clean and sustainable energy. Today most solar cells are based on silicon, yet new alternatives are continuously emerging. In particular, dye-sensitized solar cells (DSSCs) constitute low-cost electrochemical energy-harvesting devices. The design of new DSSCs with improved properties could be aided by computational techniques, in particular machine learning (ML) models. In this work, we therefore present the first global ML model based on nearly all entries (4351 out of 4426) in the DSSC Database (DSSCDB). Recognizing that
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Programmed cell death (PCD) plays a complex and critical role in the progression of colon adenocarcinoma (COAD). Elucidating PCD-related characteristics is expected to provide new insights for tumor subtyping, prognosis assessment, and personalized therapy.
METHODS: This study integrated multi-omics data from COAD and employed 10 clustering algorithms for molecular subtyping. Based on PCD-related genes, a Programmed cell death signature (PCDS) predictive model was constructed using 113 machine learning algorithms. The focus then shifted to the core gene of the model, TERT. Single-
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
1. This study investigated the phytochemicals responsible for xanthine oxidase (XO) inhibitory activity in Piper betle L. herb. In silico analysis was performed against the active sites of XO using 32 phytocompounds from P. betle along with the known inhibitor allopurinol used in avian gout treatment.2. Functions including docking score and GLIDE score, ADME analyses using QikProp module and toxicity assessment with ProTox-II server. Molecular dynamics simulations were performed for 100 ns with GROMACS software to evaluate the stability and fluctuations of the protein-ligand complexes.3. The r
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alzheimer's disease (AD), a progressive neurodegenerative disorder, characterized by the deposition of amyloid-β plaques in the hippocampus, leading to cognitive and behavioral impairments. This study investigated the neuroprotective outcome of Dapagliflozin (DAPA), a sodium-glucose cotransporter 2 inhibitor primarily used for glycemic control, which also exhibits notable anti-inflammatory, antioxidant, and neuroprotective properties. Using an aluminum chloride (AlCl3)-induced rat model of AD, the research evaluates behavioral, biochemical, and neuroinflammatory changes, particularly focusing
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) remains one of the most lethal malignancies, characterized by poor survival rates and limited therapeutic options. Oncogenic KRAS mutations are frequent in pancreatic cancer patients and are key drivers of tumorigenesis. Recent studies have underscored the essential role of extracellular signal-regulated kinase (ERK) in sustaining KRAS-mutant tumors and mediating resistance to KRAS-ERK-targeted therapies. However, the specific prognostic value of KRAS-ERK-associated genes in KRAS-mutant pancreatic cancer remains largely undefined. In this study, we perfo
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Soluble epoxide hydrolase (sEH) is a pivotal therapeutic target for inflammation management, as it regulates the hydrolysis of anti-inflammatory epoxy fatty acids (EpFAs). In this study, we investigated the sEH inhibitory potential of Toxicodendron vernicifluum (Stokes) F.A. Barkley heartwood. Bioactivity-guided fractionation of the ethanol extract identified the ethyl acetate-soluble fraction as the most active fraction (~ 60% inhibition at 50 µg/mL). Subsequent purification yielded 11 polyphenols, all of which are known compounds previously reported from this species. While these are known p
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ETHNOPHARMACOLOGICAL RELEVANCE: Cornua Cervi Degelatinatum (CCD) is traditionally used for wound healing, though its mechanisms remain unclear.
AIM OF STUDY: To evaluate the wound healing efficacy of the aqueous and ethanol extracts of CCD (CCE) and the CCD powder, and to elucidate their underlying molecular mechanisms.
MATERIALS AND METHODS: A full-thickness skin wound model was established to evaluate inflammatory and growth factor expression on days 2, 8, and 14. Histological evaluation was performed using H&E, Masson's trichrome, and Sirius red staining. CD31 and b-FGF expression was qua
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The isogenic, tumor-bearing Dark Agouti Mammary Adenocarcinoma (DAMA) model is commonly utilized in breast cancer research to evaluate mechanisms of, and interventions for chemotherapy-induced toxicity and tumor response. However, the biological subtype, immune landscape, and genomic profile of DAMA have remained uncharacterized. In this study, we comprehensively evaluated DAMA tumors naïve and exposed to methotrexate, assessing their histopathological, molecular, and genomic features. Our findings reveal that the DAMA model presents a platform to model the human triple-negative breast cancer
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Patients with severe asthma may benefit from targeted biological therapies. However, personalized therapy in children and adolescents with asthma, based on individual susceptibility to molecular mechanisms addressed by different biologicals is underdeveloped. Here, we established a functional in vitro model, to study the differential responses of asthma patients to omalizumab (an IgE targeting biological) therapy.
METHODS: White blood cells isolated from asthmatic children and adolescents were pre-treated with omalizumab. Next, basophil activation and degradation were used to as
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We report a molecular dynamics (MD) simulation study of the process of peeling off a single molecular chain from cellulose Iβ crystal models. This study serves as a model for crystal surface decrystallization. We combined two types of extended ensemble MD simulation methods: adaptive steered MD to define the chain peeling-off trajectory along the reaction coordinate and umbrella sampling MD to calculate the potential of the mean force and free-energy change along the chosen reaction coordinate. The crystal models were solvated with water, benzene, 10 wt % aqueous solution of NaOH, N,N-dimethyl
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Coumarins represent a distinctive class of non-classical carbonic anhydrase inhibitors that interact with the entrance region of the catalytic pocket rather than directly coordinating the catalytic Zn2+ ion. In this study, a series of glycosylated coumarins was synthesized through a copper-catalyzed multicomponent reaction involving propargyl glycosides, salicylaldehyde, and tosyl azide, providing efficient access to iminocoumarin-based glycosides derived from natural carbohydrates. The inhibitory activity of the synthesized compounds was evaluated against human carbonic anhydrase isoforms I,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Wounds are a common cause of skin infections, and natural products are widely explored for their therapeutic potential. This study investigated the wound-healing activity of Salvia greggii A.Gray (Lamiaceae). Aerial parts were collected and extracted using different solvents. Total phenolic and flavonoid contents were determined by Folin-Ciocalteu and colorimetric assays, respectively, while antioxidant activity was assessed using the DPPH method. Extracts were screened for cell viability, and the most active fractions were evaluated using a scratch assay in human gingival fibroblasts. An in v
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This work showcases a network‑toxicology strategy to uncover the osteotoxic effects and molecular pathways of polycyclic aromatic hydrocarbons, using BaP‑induced osteoporosis as a model. Potential targets of BaP were extracted from the Comparative Toxicogenomics Database (CTD) and ChEMBL, while osteoporosis-related targets were obtained from GeneCards. A total of 93 overlapping genes between osteoporosis-related targets and BaP-perturbed genes were identified. Subsequent protein-protein interaction (PPI) network analysis was constructed using STRING and visualized with Cytoscape. Seven core ge
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Breast cancer still ranks to be one of the primary causes of cancer-related death worldwide, underscoring the critical need for innovative targeted treatment agents with enhanced safety and efficacy. The current work examined Thienopyrimidinone-based derivatives as possible EGFR inhibitors for breast cancer treatment using an integrated computational drug discovery approach. An atom-based 3D-QSAR model was developed and statistically validated, exhibiting satisfactory predictive performance (R2 = 0.88 and Q2 = 0.55) and showed strong predictive numbers when checked contour maps. Hydrophobic an
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The biomass source, lobster shell waste, was converted into a useful biopolymer by acid-base treatment through a solid-state mechanochemical technique using ball milling. Cobalt(ii), copper(ii), and zinc(ii) metal ion-inserted, novel biologically active, water-soluble nitrogen-nitrogen-oxygen (N,N,O) polydentate donor hydrazide-grafted O-carboxymethyl chitosan (O-CMCS) Schiff base metal complexes were prepared. Computational studies, including 3D molecular modeling and selected bond lengths and bond angles of metal complexes, were carried out using the PerkinElmer ChemDraw Professional 16.0 so
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования